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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0864 | |||||||||||||||
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タイトル | MicroED structure of lysozyme at 1.73A determained using crystal lamellas prepared by focused ion beam milling | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.73 Å | |||||||||||||||
![]() | Zhou H / Luo Z / Li X | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Using focus ion beam to prepare crystal lamella for electron diffraction. 著者: Heng Zhou / Zhipu Luo / Xueming Li / ![]() 要旨: Electron diffraction provides a powerful tool to solve the structures of small protein crystals. However, strong interactions between the electrons and the materials limit the application of the ...Electron diffraction provides a powerful tool to solve the structures of small protein crystals. However, strong interactions between the electrons and the materials limit the application of the electron crystallographic method on large protein crystals with micrometer or larger sizes. Here, we used the focused ion beam (FIB) equipped on the scanning electron microscope (SEM) to mill a large crystal to thin lamella. The influences of the milling on the crystal lamella were observed and investigated, including radiation damage on the crystal surface during the FIB imaging, deformation of the thin crystal lamella, and variation in the diffraction intensities under electron radiation. These observations provide important information to optimize the FIB milling, and hence is important to obtain high-quality crystal samples for routine structure determination of protein crystals using the electron cryo-microscope. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 173.1 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 293.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lavMC ![]() 0865C ![]() 6lawC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X: 0.56419 Å / Y: 0.56419 Å / Z: 0.59202 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : lysozyme
全体 | 名称: lysozyme |
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要素 |
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-超分子 #1: lysozyme
超分子 | 名称: lysozyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Lysozyme C
分子 | 名称: Lysozyme C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.33116 KDa |
配列 | 文字列: KVFGRCELAA AMKRHGLDNY RGYSLGNWVC AAKFESNFNT QATNRNTDGS TDYGILQINS RWWCNDGRTP GSRNLCNIPC SALLSSDIT ASVNCAKKIV SDGNGMNAWV AWRNRCKGTD VQAWIRGCRL |
-分子 #2: ACETATE ION
分子 | 名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ACT |
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分子量 | 理論値: 59.044 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ACT: |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 37 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 4.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 0.057 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1200 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.73 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 78.99 Å / 単位格子 - B: 78.99 Å / 単位格子 - C: 37.89 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P 43 21 2 |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 121300 / Number structure factors: 11548 / Fourier space coverage: 89 / R sym: 0.281 / R merge: 0.281 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 60 / High resolution: 1.7 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.7 Å / 殻 - Low resolution: 1.76 Å / 殻 - Number structure factors: 1002 / 殻 - Phase residual: 1 / 殻 - Fourier space coverage: 79.1 / 殻 - Multiplicity: 9.7 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6lav: |