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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0823 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of human MCM8/9 complex | |||||||||
マップデータ | Use lower contour value for C terminal display | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Li J / Yu D / Liu L / Zeng H / Hu Z / Xu H / Liu B / Liang H / Ouyang Q / Liu Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Structural study of the N-terminal domain of human MCM8/9 complex. 著者: Jun Li / Daqi Yu / Lan Liu / Huanhuan Liang / Qi Ouyang / Yingfang Liu / 要旨: MCM8/9 is a complex involved in homologous recombination (HR) repair pathway. MCM8/9 dysfunction can cause genome instability and result in primary ovarian insufficiency (POI). However, the mechanism ...MCM8/9 is a complex involved in homologous recombination (HR) repair pathway. MCM8/9 dysfunction can cause genome instability and result in primary ovarian insufficiency (POI). However, the mechanism underlying these effects is largely unknown. Here, we report crystal structures of the N-terminal domains (NTDs) of MCM8 and MCM9, and build a ring-shaped NTD structure based on a 6.6 Å resolution cryoelectron microscopy map. This shows that the MCM8/9 complex forms a 3:3 heterohexamer in an alternating pattern. A positively charged DNA binding channel and a putative ssDNA exit pathway for fork DNA unwinding are revealed. Based on the atomic model, the potential effects of the clinical POI mutants are interpreted. Surprisingly, the zinc-finger motifs are found to be capable of binding an iron atom as well. Overall, our results provide a model for the formation of the MCM8/9 complex and provide a path for further studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0823.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0823-v30.xml emd-0823.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0823_fsc.xml | 5.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0823.png | 200.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0823 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0823 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0823_validation.pdf.gz | 348.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0823_full_validation.pdf.gz | 348.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0823_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0823_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0823 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0823 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Use lower contour value for C terminal display | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Minichromosome Maintenance (MCM) 8/9 Complex
全体 | 名称: Minichromosome Maintenance (MCM) 8/9 Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Minichromosome Maintenance (MCM) 8/9 Complex
超分子 | 名称: Minichromosome Maintenance (MCM) 8/9 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 3711 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 36496 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |