EMDB-0793: The cryo-EM map of virus like particle of human papillomavirus ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-0793

タイトル

The cryo-EM map of virus like particle of human papillomavirus type 16 in I3 symmetry

マップデータ

human papillomavirus 16

試料

ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

生物種

Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å

データ登録者

Zhu Y / Tai L / Sun F

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A triple-helix region of human collagen type II inhibits the infection of human papillomavirus: structures and mechanisms
著者: Zhu Y / Hua C / Tai L / Ye S / Zhang R / Sun F / Lu L / Jiang S

履歴

登録	2019年9月25日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年9月30日	-
マップ公開	2020年9月30日	-
更新	2020年9月30日	-
現状	2020年9月30日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.00241 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.00241 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_0793.png

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EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_0793.map.gz	120.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-0793-v30.xml emd-0793.xml	7.2 KB 7.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_0793_fsc.xml	25.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_0793.png	72.9 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0793	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_0793_validation.pdf.gz	79.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_0793_full_validation.pdf.gz	78.4 KB	表示
XML形式データ	emd_0793_validation.xml.gz	494 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0793	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	0794C 0795C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	30772 7136 20218 30415 30774 6423 9921 6919 30780 30781 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_0793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

human papillomavirus 16

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.32 Å/pix. x 720 pix. = 950.4 Å	1.32 Å/pix. x 720 pix. = 950.4 Å	1.32 Å/pix. x 720 pix. = 950.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.32 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00241 / ムービー #1: 0.00241
最小 - 最大	-0.008729978 - 0.019354885
平均 (標準偏差)	0.00014855931 (±0.0009793987)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	720	720	720
Spacing	720	720	720

セル

A=B=C: 950.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.32	1.32	1.32
M x/y/z	720	720	720
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	950.400	950.400	950.400
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	720	720	720
D min/max/mean	-0.009	0.019	0.000

-
全体 : Human papillomavirus type 16

全体	名称: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
要素	ウイルス: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus type 16

超分子	名称: Human papillomavirus type 16 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 333760 / 生物種: Human papillomavirus type 16 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SUBSPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 32.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2980
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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