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万見
- EMDB-0789: Negatively stained reconstruction of a rubisco activase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0789
タイトルNegatively stained reconstruction of a rubisco activase
マップデータNegative stained 3D map of the rubisco activase
試料
  • 複合体: CBBQO type Rubisco activase
    • タンパク質・ペプチド: Rubisco activase
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Tsai Y / Liu D / Bhushan S / Mueller-Cajar O
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Czech Republic)MOE2016-T2-02-088, MOE2015-T2-1-078, MOE2017-T2-2-089 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Insights into the mechanism and regulation of the CbbQO-type Rubisco activase, a MoxR AAA+ ATPase.
著者: Yi-Chin Candace Tsai / Fuzhou Ye / Lynette Liew / Di Liu / Shashi Bhushan / Yong-Gui Gao / Oliver Mueller-Cajar /
要旨: The vast majority of biological carbon dioxide fixation relies on the function of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco). In most cases the enzyme exhibits a tendency to become ...The vast majority of biological carbon dioxide fixation relies on the function of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco). In most cases the enzyme exhibits a tendency to become inhibited by its substrate RuBP and other sugar phosphates. The inhibition is counteracted by diverse molecular chaperones known as Rubisco activases (Rcas). In some chemoautotrophic bacteria, the CbbQO-type Rca Q2O2 repairs inhibited active sites of hexameric form II Rubisco. The 2.2-Å crystal structure of the MoxR AAA+ protein CbbQ2 from reveals the helix 2 insert (H2I) that is critical for Rca function and forms the axial pore of the CbbQ hexamer. Negative-stain electron microscopy shows that the essential CbbO adaptor protein binds to the conserved, concave side of the CbbQ2 hexamer. Site-directed mutagenesis supports a model in which adenosine 5'-triphosphate (ATP)-powered movements of the H2I are transmitted to CbbO via the concave residue L85. The basal ATPase activity of Q2O2 Rca is repressed but strongly stimulated by inhibited Rubisco. The characterization of multiple variants where this repression is released indicates that binding of inhibited Rubisco to the C-terminal CbbO VWA domain initiates a signal toward the CbbQ active site that is propagated via elements that include the CbbQ α4-β4 loop, pore loop 1, and the presensor 1-β hairpin (PS1-βH). Detailed mechanistic insights into the enzyme repair chaperones of the highly diverse CO fixation machinery of Proteobacteria will facilitate their successful implementation in synthetic biology ventures.
履歴
登録2019年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0452
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 489.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stained 3D map of the rubisco activase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.19 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0452 / ムービー #1: 0.0452
最小 - 最大-0.07980231 - 0.36390454
平均 (標準偏差)0.004813181 (±0.02760975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ505050
Spacing505050
セルA=B=C: 209.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.194.194.19
M x/y/z505050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.500209.500209.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS505050
D min/max/mean-0.0800.3640.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CBBQO type Rubisco activase

全体名称: CBBQO type Rubisco activase
要素
  • 複合体: CBBQO type Rubisco activase
    • タンパク質・ペプチド: Rubisco activase

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超分子 #1: CBBQO type Rubisco activase

超分子名称: CBBQO type Rubisco activase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 0.27 kDa/nm

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分子 #1: Rubisco activase

分子名称: Rubisco activase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTATDSSILN QYLVGKEPFY QPQHDEVALF EAAYRKRLPV MVKGPTGCGK SRFVEFMAWR LGKPLVTVAC NEDMTAADLV GRWLLDKDGT RWQDGPLTVA ARYGAICYLD EIVEARQDTT VVIHPLTDHR RTLPLDKKGE LIRAHPDFQL VISYNPGYQS LMKDLKQSTK ...文字列:
MTATDSSILN QYLVGKEPFY QPQHDEVALF EAAYRKRLPV MVKGPTGCGK SRFVEFMAWR LGKPLVTVAC NEDMTAADLV GRWLLDKDGT RWQDGPLTVA ARYGAICYLD EIVEARQDTT VVIHPLTDHR RTLPLDKKGE LIRAHPDFQL VISYNPGYQS LMKDLKQSTK QRFTGFEFDY PNAELEAGIL VQETGVAPSI AAQLVTVAAT ARRLKGHGLD EGISTRLLVY AAMLMDDGVA PRAACRMALV QPITDDADIR ATLEHAIDMT FA MTDHPRD ASLPSRLAAY RKQLDCRFPR VGEVFSDCIA KASARLGPAG VSAYVDAARA LCKLGRGEEP VLIFLEEWPD VGAALGDGTL EMVMQMVQFM QRTPNGNAIG GFLQSLAPVS RALLSREQLG HYLNTLRDMM ERTTGSIHGH HQTHPSPGLP ELLRQAPTLL QSLTVDGLRN WVDYGVRNYL HHPERQKDFF SLQSADSRAV LQRERHGTLL ADVERKLDLY LRGLWQDSEV LVPYSTAFAT LRTPQPYYDA LGMRLPDVLD DLPGIGALDH YRAILAHMVG HRRWSTPQIA DNWSPFQRLA VEFFEDARID TLLIRTYPGL RTLFLALHPK PGEDACDPET TSCLRHRLAM LSRALLDPEH GYRNPVLHDF VDRFHGELAG GNADTATMAR LALDYVTTTR RQSDQFAKVH FADTEISYRD DNRGLWRFIE SGDEEEAFDA EQRKAPDLET QGLPPRHYPE WDYQSQSYRP DWVSLYEGLH ASAPAATIDQ LLLKHAALAK HLKRLLDLLK PQDKVRIRYQ EEGSELDLDV ALRSWIDFKS GSTPDPRINM SHRTAGRDIA VTLLLDLSES LNESVKTGGG DGQTVLQLSQ EAVSLLAWSI EQLGDPLAIA GFNSNTRHEV RYQHIKGFSE PWGDVVKGRL AALQAGYSTR MGAAMRHAGH YLATRKADKK LMLVLTDGRP SDVDVQDDRL LIEDARQAVN ELDRDGIFTY CISLDPHADA YVADIFGRQY TVIDHIARLP EKLPELFIAL TR

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH8.0, 50 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: The sample was applied to a carbon-coated TEM grid and stained with 2% (w/v) uranyl acetate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 60 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.25 µm / 倍率（補正後）: 49000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER

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画像解析

粒子像選択選択した数: 32879
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15386
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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