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- EMDB-0678: apo human LAT1-4F2hc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0678
タイトルapo human LAT1-4F2hc complex
マップデータ
試料
  • 複合体: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
    • タンパク質・ペプチド: LAT1
    • タンパク質・ペプチド: 4F2hc
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan transmembrane transporter activity / alanine transport / L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / cellular response to L-arginine / thyroid hormone transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport ...L-tryptophan transmembrane transporter activity / alanine transport / L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / cellular response to L-arginine / thyroid hormone transmembrane transporter activity / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / amino acid import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-amino acid transmembrane transporter activity / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transport / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / neutral amino acid transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / external side of apical plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / xenobiotic transport / antiporter activity / response to muscle activity / anchoring junction / Basigin interactions / microvillus membrane / amino acid transport / positive regulation of interleukin-4 production / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / tryptophan transport / transport across blood-brain barrier / response to hyperoxia / cellular response to glucose starvation / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / liver regeneration / calcium ion transport / peptide antigen binding / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / cellular response to lipopolysaccharide / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yan RH / Zhao X / Lei JL / Zhou Q
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the human LAT1-4F2hc heteromeric amino acid transporter complex.
著者: Renhong Yan / Xin Zhao / Jianlin Lei / Qiang Zhou /
要旨: The L-type amino acid transporter 1 (LAT1; also known as SLC7A5) catalyses the cross-membrane flux of large neutral amino acids in a sodium- and pH-independent manner. LAT1, an antiporter of the ...The L-type amino acid transporter 1 (LAT1; also known as SLC7A5) catalyses the cross-membrane flux of large neutral amino acids in a sodium- and pH-independent manner. LAT1, an antiporter of the amino acid-polyamine-organocation superfamily, also catalyses the permeation of thyroid hormones, pharmaceutical drugs, and hormone precursors such as L-3,4-dihydroxyphenylalanine across membranes. Overexpression of LAT1 has been observed in a wide range of tumour cells, and it is thus a potential target for anti-cancer drugs. LAT1 forms a heteromeric amino acid transporter complex with 4F2 cell-surface antigen heavy chain (4F2hc; also known as SLC3A2)-a type II membrane glycoprotein that is essential for the stability of LAT1 and for its localization to the plasma membrane. Despite extensive cell-based characterization of the LAT1-4F2hc complex and structural determination of its homologues in bacteria, the interactions between LAT1 and 4F2hc and the working mechanism of the complex remain largely unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human LAT1-4F2hc alone and in complex with the inhibitor 2-amino-2-norbornanecarboxylic acid at resolutions of 3.3 Å and 3.5 Å, respectively. LAT1 exhibits an inward open conformation. Besides a disulfide bond association, LAT1 also interacts extensively with 4F2hc on the extracellular side, within the membrane, and on the intracellular side. Biochemical analysis reveals that 4F2hc is essential for the transport activity of the complex. Together, our characterizations shed light on the architecture of the LAT1-4F2hc complex, and provide insights into its function and the mechanisms through which it might be associated with disease.
履歴
登録2019年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2019年4月17日-
現状2019年4月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.024977867 - 0.061722185
平均 (標準偏差)0.00015564698 (±0.0024433602)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.296 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.296279.296279.296
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0250.0620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human LAT1-4F2hc complex bound with BCH

全体名称: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
要素
  • 複合体: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
    • タンパク質・ペプチド: LAT1
    • タンパク質・ペプチド: 4F2hc

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超分子 #1: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH

超分子名称: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: LAT1

分子名称: LAT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY M LEVYGSLP AFLKLWIELL IIRPSSQYIV ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY M LEVYGSLP AFLKLWIELL IIRPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE EAAKLVACLC VL LLTAVNC YSVKAATRVQ DAFAAAKLLA LALIILLGFV QIGKGDVSNL DPNFSFEGTK LDV GNIVLA LYSGLFAYGG WNYLNFVTEE MINPYRNLPL AIIISLPIVT LVYVLTNLAY FTTL STEQM LSSEAVAVDF GNYHLGVMSW IIPVFVGLSC FGSVNGSLFT SSRLFFVGSR EGHLP SILS MIHPQLLTPV PSLVFTCVMT LLYAFSKDIF SVINFFSFFN WLCVALAIIG MIWLRH RKP ELERPIKVNL ALPVFFILAC LFLIAVSFWK TPVECGIGFT IILSGLPVYF FGVWWKN KP KWLLQGIFST TVLCQKLMQV VPQET

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分子 #2: 4F2hc

分子名称: 4F2hc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHHV SQADI EFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE ...文字列:
MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHHV SQADI EFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE AAAAAK FTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LYRIGDLQAF QGHGAGN LA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVILDLTPNY RGENSWFS T QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDLQQILSL LESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPVFSYGD EIGLDAAALP GQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFSAGPG LFSYIRHWDQ N ERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLRFPY AALE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1247297
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 308781
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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