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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0557 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for human coronavirus attachment to sialic acid receptors | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Betacoronavirus (ウイルス) / Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Tortorici MA / Walls AC / Lang Y / Wang C / Li Z / Koerhuis D / Boons GJ / Bosch BJ / Rey FA / de Groot R / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structural basis for human coronavirus attachment to sialic acid receptors. 著者: M Alejandra Tortorici / Alexandra C Walls / Yifei Lang / Chunyan Wang / Zeshi Li / Danielle Koerhuis / Geert-Jan Boons / Berend-Jan Bosch / Félix A Rey / Raoul J de Groot / David Veesler / 要旨: Coronaviruses cause respiratory tract infections in humans and outbreaks of deadly pneumonia worldwide. Infections are initiated by the transmembrane spike (S) glycoprotein, which binds to host ...Coronaviruses cause respiratory tract infections in humans and outbreaks of deadly pneumonia worldwide. Infections are initiated by the transmembrane spike (S) glycoprotein, which binds to host receptors and fuses the viral and cellular membranes. To understand the molecular basis of coronavirus attachment to oligosaccharide receptors, we determined cryo-EM structures of coronavirus OC43 S glycoprotein trimer in isolation and in complex with a 9-O-acetylated sialic acid. We show that the ligand binds with fast kinetics to a surface-exposed groove and that interactions at the identified site are essential for S-mediated viral entry into host cells, but free monosaccharide does not trigger fusogenic conformational changes. The receptor-interacting site is conserved in all coronavirus S glycoproteins that engage 9-O-acetyl-sialogycans, with an architecture similar to those of the ligand-binding pockets of coronavirus hemagglutinin esterases and influenza virus C/D hemagglutinin-esterase fusion glycoproteins. Our results demonstrate these viruses evolved similar strategies to engage sialoglycans at the surface of target cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0557.map.gz | 5.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0557-v30.xml emd-0557.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0557.png | 58.8 KB | ||
その他 | emd_0557_additional.map.gz | 123.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0557 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_0557_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acety...
全体 | 名称: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid |
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要素 |
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-超分子 #1: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acety...
超分子 | 名称: HCoV-OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with 9-O-acetyl sialic acid タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Betacoronavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike surface glycoprotein
分子 | 名称: Spike surface glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) |
分子量 | 理論値: 146.438312 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMA LKGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ D GDNKLQGL ...文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAVIGDLK CTSDNINDKD TGPPPISTDT VDVTNGLGTY YVLDRVYLNT TLFLNGYYPT SGSTYRNMA LKGSVLLSRL WFKPPFLSDF INGIFAKVKN TKVIKDRVMY SEFPAITIGS TFVNTSYSVV VQPRTINSTQ D GDNKLQGL LEVSVCQYNM CEYPQTICHP NLGNHRKELW HLDTGVVSCL YKRNFTYDVN ADYLYFHFYQ EGGTFYAYFT DT GVVTKFL FNVYLGMALS HYYVMPLTCN SKLTLEYWVT PLTSRQYLLA FNQDGIIFNA VDCMSDFMSE IKCKTQSIAP PTG VYELNG YTVQPIADVY RRKPNLPNCN IEAWLNDKSV PSPLNWERKT FSNCNFNMSS LMSFIQADSF TCNNIDAAKI YGMC FSSIT IDKFAIPNGR KVDLQLGNLG YLQSFNYRID TTATSCQLYY NLPAANVSVS RFNPSTWNKR FGFIEDSVFK PRPAG VLTN HDVVYAQHCF KAPKNFCPCK LNGSCVGSGP GKNNGIGTCP AGTNYLTCDN LCTPDPITFT GTYKCPQTKS LVGIGE HCS GLAVKSDYCG GNSCTCRPQA FLGWSADSCL QGDKCNIFAN FILHDVNSGL TCSTDLQKAN TDIILGVCVN YDLYGIL GQ GIFVEVNATY YNSWQNLLYD SNGNLYGFRD YITNRTFMIR SCYSGRVSAA FHANSSEPAL LFRNIKCNYV FNNSLTRQ L QPINYFDSYL GCVVNAYNST AISVQTCDLT VGSGYCVDYS KNGGSGGAIT TGYRFTNFEP FTVNSVNDSL EPVGGLYEI QIPSEFTIGN MVEFIQTSSP KVTIDCAAFV CGDYAACKSQ LVEYGSFCDN INAILTEVNE LLDTTQLQVA NSLMNGVTLS TKLKDGVNF NVDDINFSPV LGCLGSECSK ASSRSAIEDL LFDKVKLSDV GFVEAYNNCT GGAEIRDLIC VQSYKGIKVL P PLLSENQF SGYTLAATSA SLFPPWTAAA GVPFYLNVQY RINGLGVTMD VLSQNQKLIA NAFNNALYAI QEGFDATNSA LV KIQAVVN ANAEALNNLL QQLSNRFGAI SASLQEILSR LDALEAEAQI DRLINGRLTA LNAYVSQQLS DSTLVKFSAA QAM EKVNEC VKSQSSRINF CGNGNHIISL VQNAPYGLYF IHFSYVPTKY VTARVSPGLC IAGDRGIAPK SGYFVNVNNT WMYT GSGYY YPEPITENNV VVMSTCAVNY TKAPYVMLNT SIPNLPDFKE ELDQWFKNQT SVAPDLSLDY INVTFLDLLI KRMKQ IEDK IEEIESKQKK IENEIARIKK IKLVPRGSLE WSHPQFEK |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galac...
分子 | 名称: methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MJJ |
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分子量 | 理論値: 365.333 Da |
Chemical component information | ChemComp-MJJ: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 396 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |