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万見
- EMDB-0513: Subtomogram average of S_layer structure on the outer membrane su... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0513
タイトルSubtomogram average of S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
マップデータS_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
試料
  • 複合体: S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
    • 複合体: hypothetical protein
生物種Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Nicastro D / Zhao XW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)OCE-1232840 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2019
タイトル: Morphological Plasticity in a Sulfur-Oxidizing Marine Bacterium from the SUP05 Clade Enhances Dark Carbon Fixation.
著者: Vega Shah / Xiaowei Zhao / Rachel A Lundeen / Anitra E Ingalls / Daniela Nicastro / Robert M Morris /
要旨: Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these ...Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these chemosynthetic bacteria survive across oxygen and sulfur gradients and how their mode of survival impacts the environment. Here, we use growth experiments, proteomics, and cryo-electron tomography to show that a SUP05 isolate, " Thioglobus autotrophicus," is amorphous in shape and several times larger and stores considerably more intracellular sulfur when it respires oxygen. We also show that these cells can use diverse sources of reduced organic and inorganic sulfur at submicromolar concentrations. Enhanced cell size, carbon content, and metabolic activity of the aerobic phenotype are likely facilitated by a stabilizing surface-layer (S-layer) and an uncharacterized form of FtsZ-less cell division that supports morphological plasticity. The additional sulfur storage provides an energy source that allows cells to continue metabolic activity when exogenous sulfur sources are not available. This metabolic flexibility leads to the production of more organic carbon in the ocean than is estimated based solely on their anaerobic phenotype. Identifying shifts in microbial metabolism across redox gradients will improve efforts to model marine oxygen minimum zone (OMZ) ecosystems. Here, we show that aerobic morphology and metabolism increase cell size, sulfur storage capacity, and carbon fixation rates in " Thioglobus autotrophicus," a chemosynthetic bacterium from the SUP05 clade that crosses oxic-anoxic boundaries.
履歴
登録2019年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 155
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0513.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0513.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 766.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.5 Å/pix.
x 40 pix.
= 220. Å		5.5 Å/pix.
x 70 pix.
= 385. Å		5.5 Å/pix.
x 70 pix.
= 385. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 155 / ムービー #1: 155
最小 - 最大151.28079 - 159.33499
平均 (標準偏差)154.22632 (±0.69535565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707040
Spacing707040
セルA: 385.0 Å / B: 385.0 Å / C: 220.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z707040
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.000385.000220.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707040
D min/max/mean151.281159.335154.226

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus aut...

全体名称: S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
要素
  • 複合体: S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
    • 複合体: hypothetical protein

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超分子 #1: S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus aut...

超分子名称: S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
株: EF1

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超分子 #2: hypothetical protein

超分子名称: hypothetical protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
株: EF1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: artificial sea water
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細T. autotrophicus strain EF1 cells were harvested by centrifuging at 39,000 x g, at 4 degree for 1 hour.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 1.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 1840
抽出トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 1840
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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