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万見
- EMDB-0509: Cryo-electron tomography of marine bacterium T. autotrophicus EF1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0509
タイトルCryo-electron tomography of marine bacterium T. autotrophicus EF1 strain, cultured under aerobic, depleted sulfur source condition
マップデータMarine bacteria T. autotrophicus
試料
  • 細胞: Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic condition, depleted sulfur source.
    • 複合体: PilQ
生物種Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nicastro D / Zhao XW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)OCE-1232840 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2019
タイトル: Morphological Plasticity in a Sulfur-Oxidizing Marine Bacterium from the SUP05 Clade Enhances Dark Carbon Fixation.
著者: Vega Shah / Xiaowei Zhao / Rachel A Lundeen / Anitra E Ingalls / Daniela Nicastro / Robert M Morris /
要旨: Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these ...Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these chemosynthetic bacteria survive across oxygen and sulfur gradients and how their mode of survival impacts the environment. Here, we use growth experiments, proteomics, and cryo-electron tomography to show that a SUP05 isolate, " Thioglobus autotrophicus," is amorphous in shape and several times larger and stores considerably more intracellular sulfur when it respires oxygen. We also show that these cells can use diverse sources of reduced organic and inorganic sulfur at submicromolar concentrations. Enhanced cell size, carbon content, and metabolic activity of the aerobic phenotype are likely facilitated by a stabilizing surface-layer (S-layer) and an uncharacterized form of FtsZ-less cell division that supports morphological plasticity. The additional sulfur storage provides an energy source that allows cells to continue metabolic activity when exogenous sulfur sources are not available. This metabolic flexibility leads to the production of more organic carbon in the ocean than is estimated based solely on their anaerobic phenotype. Identifying shifts in microbial metabolism across redox gradients will improve efforts to model marine oxygen minimum zone (OMZ) ecosystems. Here, we show that aerobic morphology and metabolism increase cell size, sulfur storage capacity, and carbon fixation rates in " Thioglobus autotrophicus," a chemosynthetic bacterium from the SUP05 clade that crosses oxic-anoxic boundaries.
履歴
登録2019年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_0509.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0509.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 991.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Marine bacteria T. autotrophicus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)26.5607 (±16.25997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1189-1080192
サイズ15401600422
Spacing16001540422
セルA: 8800.0 Å / B: 8470.0 Å / C: 2321.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z16001540422
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8800.0008470.0002321.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1080-1189192
NC/NR/NS16001540422
D min/max/mean-128.000127.00026.561

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic cond...

全体名称: Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic condition, depleted sulfur source.
要素
  • 細胞: Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic condition, depleted sulfur source.
    • 複合体: PilQ

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超分子 #1: Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic cond...

超分子名称: Thioglobus autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic condition, depleted sulfur source.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Cell does not store sulfur globules.
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
株: EF1

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超分子 #2: PilQ

超分子名称: PilQ / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: outer membrane pore complex
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)
株: EF1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: artificial sea water
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Cells were harvested by centrifugation at 39000xg at 4 degrees C for 1 hour.
Cryo protectantNo
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 1.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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