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- EMDB-0490: hTRiC-hPFD Class6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0490
タイトルhTRiC-hPFD Class6
マップデータhTRiC-hPFD Class6
試料
  • 複合体: hTRiC-hPFD
    • 複合体: hTRiC
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: hPFD
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
キーワードTRiC/CCT / PFD / CryoEM / Molecular Chaperone / Protein folding / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I assembly / RNA polymerase III assembly / prefoldin complex / positive regulation of cytoskeleton organization / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / RNA polymerase II core complex assembly / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body ...RNA polymerase I assembly / RNA polymerase III assembly / prefoldin complex / positive regulation of cytoskeleton organization / zona pellucida receptor complex / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / scaRNA localization to Cajal body / RNA polymerase II core complex assembly / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / tubulin complex assembly / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Folding of actin by CCT/TriC / intermediate filament cytoskeleton / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / negative regulation of amyloid fibril formation / RHOBTB1 GTPase cycle / protein folding chaperone complex / WD40-repeat domain binding / pericentriolar material / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / chaperone-mediated protein complex assembly / beta-tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / RHOBTB2 GTPase cycle / microtubule-based process / heterochromatin / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein folding chaperone / acrosomal vesicle / tubulin binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA 3'-UTR binding / cell projection / ATP-dependent protein folding chaperone / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / azurophil granule lumen / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / melanosome / G-protein beta-subunit binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / amyloid-beta binding / retina development in camera-type eye / cell body / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / microtubule / cytoskeleton / protein stabilization / cilium / cadherin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prefoldin subunit 3 / Prefoldin, subunit 4 / Prefoldin subunit 2 / Prefoldin beta-like / Prefoldin alpha-like / Prefoldin alpha subunit, archaea-type / Prefoldin subunit / Prefoldin subunit / Prefoldin / T-complex protein 1, alpha subunit ...Prefoldin subunit 3 / Prefoldin, subunit 4 / Prefoldin subunit 2 / Prefoldin beta-like / Prefoldin alpha-like / Prefoldin alpha subunit, archaea-type / Prefoldin subunit / Prefoldin subunit / Prefoldin / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Prefoldin subunit 6 / Prefoldin subunit 1 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / Prefoldin subunit 3 / T-complex protein 1 subunit beta ...Prefoldin subunit 6 / Prefoldin subunit 1 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / Prefoldin subunit 3 / T-complex protein 1 subunit beta / Prefoldin subunit 5 / T-complex protein 1 subunit eta / Prefoldin subunit 4 / Prefoldin subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Gestaut DR / Roh SH
資金援助 米国, European Union, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM074074 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)F32GM103124 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P01NS092525 米国
European Research Council (ERC)AdvG #233226European Union
European Research Council (ERC)AdvG #670821European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: The Chaperonin TRiC/CCT Associates with Prefoldin through a Conserved Electrostatic Interface Essential for Cellular Proteostasis.
著者: Daniel Gestaut / Soung Hun Roh / Boxue Ma / Grigore Pintilie / Lukasz A Joachimiak / Alexander Leitner / Thomas Walzthoeni / Ruedi Aebersold / Wah Chiu / Judith Frydman /
要旨: Maintaining proteostasis in eukaryotic protein folding involves cooperation of distinct chaperone systems. To understand how the essential ring-shaped chaperonin TRiC/CCT cooperates with the ...Maintaining proteostasis in eukaryotic protein folding involves cooperation of distinct chaperone systems. To understand how the essential ring-shaped chaperonin TRiC/CCT cooperates with the chaperone prefoldin/GIMc (PFD), we integrate cryoelectron microscopy (cryo-EM), crosslinking-mass-spectrometry and biochemical and cellular approaches to elucidate the structural and functional interplay between TRiC/CCT and PFD. We find these hetero-oligomeric chaperones associate in a defined architecture, through a conserved interface of electrostatic contacts that serves as a pivot point for a TRiC-PFD conformational cycle. PFD alternates between an open "latched" conformation and a closed "engaged" conformation that aligns the PFD-TRiC substrate binding chambers. PFD can act after TRiC bound its substrates to enhance the rate and yield of the folding reaction, suppressing non-productive reaction cycles. Disrupting the TRiC-PFD interaction in vivo is strongly deleterious, leading to accumulation of amyloid aggregates. The supra-chaperone assembly formed by PFD and TRiC is essential to prevent toxic conformations and ensure effective cellular proteostasis.
履歴
登録2019年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nr8
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈hTRiC-hPFD Class6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 408. Å		1.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 408. Å		1.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 408. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-0.61600906 - 1.7582473
平均 (標準偏差)-0.000000000051142 (±0.11677681)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.000408.000408.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.6161.758-0.000

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添付データ

-
追加マップ: hTRiC-hPFD Class6, unfiltered sum map

ファイルemd_0490_additional.map
注釈hTRiC-hPFD Class6, unfiltered sum map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: hTRiC-hPFD Class6, half map 1

ファイルemd_0490_half_map_1.map
注釈hTRiC-hPFD Class6, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: hTRiC-hPFD Class6, half map 2

ファイルemd_0490_half_map_2.map
注釈hTRiC-hPFD Class6, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : hTRiC-hPFD

全体名称: hTRiC-hPFD
要素
  • 複合体: hTRiC-hPFD
    • 複合体: hTRiC
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
      • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
    • 複合体: hPFD
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Prefoldin subunit 6

+
超分子 #1: hTRiC-hPFD

超分子名称: hTRiC-hPFD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: hTRiC

超分子名称: hTRiC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#14
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: hPFD

超分子名称: hPFD / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Prefoldin subunit 1

分子名称: Prefoldin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.522427 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
AFTELQAKVI DTQQKVKLAD IQIEQLNRTK KHAHLTDTEI MTLVDETNMY EGVGRMFILQ SKEAIHSQLL EKQKIAEEKI KELEQKKSY LERSVKEAED NIREMLMA

UniProtKB: Prefoldin subunit 1

+
分子 #2: Prefoldin subunit 2

分子名称: Prefoldin subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.862538 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
SAEQVIAGFN RLRQEQRGLA SKAAELEMEL NEHSLVIDTL KEVDETRKCY RMVGGVLVER TVKEVLPALE NNKEQIQKII ETLTQQLQA KGKELNEFRE KHNI

UniProtKB: Prefoldin subunit 2

+
分子 #3: Prefoldin subunit 3

分子名称: Prefoldin subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.558005 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
VLKKLDEQYQ KYKFMELNLA QKKRRLKGQI PEIKQTLEIL KYMQKKKEST NSMETRFLLA DNLYCKASVP PTDKMCLWLG ANVMLEYDI DEAQALLEKN LSTATKNLDS LEEDLDFLRD QFTTTEVNMA RVY

UniProtKB: Prefoldin subunit 3

+
分子 #4: Prefoldin subunit 4

分子名称: Prefoldin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.142691 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
DQQKINKFAR NTSRITELKE EIEVKKKQLQ NLEDACDDIM LADDDCLMIP YQIGDVFISH SQEETQEMLE EAKKNLQEEI DALESRVES IQRVLADLKV QLYAK

UniProtKB: Prefoldin subunit 4

+
分子 #5: Prefoldin subunit 5

分子名称: Prefoldin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.579903 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
NLPQLEMLKN QLDQEVEFLS TSIAQLKVVQ TKYVEAKDCL NVLNKSNEGK ELLVPLTSSM YVPGKLHDVE HVLIDVGTGY YVEKTAEDA KDFFKRKIDF LTKQMEKIQP ALQEKHAMKQ AVMEMMSQ

UniProtKB: Prefoldin subunit 5

+
分子 #6: Prefoldin subunit 6

分子名称: Prefoldin subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.775323 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列:
VEKYQQLQKD LSKSMSGRQK LEAQLTENNI VKEELALLDG SNVVFKLLGP VLVKQELGEA RATVGKRLDY ITAEIKRYES QLRDLERQS EQQRETLAQL QQE

UniProtKB: Prefoldin subunit 6

+
分子 #7: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.061055 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ...文字列:
MEGPLSVFGD RSTGETIRSQ NVMAAASIAN IVKSSLGPVG LDKMLVDDIG DVTITNDGAT ILKLLEVEHP AAKVLCELAD LQDKEVGDG TTSVVIIAAE LLKNADELVK QKIHPTSVIS GYRLACKEAV RYINENLIVN TDELGRDCLI NAAKTSMSSK I IGINGDFF ANMVVDAVLA IKYTDIRGQP RYPVNSVNIL KAHGRSQMES MLISGYALNC VVGSQGMPKR IVNAKIACLD FS LQKTKMK LGVQVVITDP EKLDQIRQRE SDITKERIQK ILATGANVIL TTGGIDDMCL KYFVEAGAMA VRRVLKRDLK RIA KASGAT ILSTLANLEG EETFEAAMLG QAEEVVQERI CDDELILIKN TKARTSASII LRGANDFMCD EMERSLHDAL CVVK RVLES KSVVPGGGAV EAALSIYLEN YATSMGSREQ LAIAEFARSL LVIPNTLAVN AAQDSTDLVA KLRAFHNEAQ VNPER KNLK WIGLDLSNGK PRDNKQAGVF EPTIVKVKSL KFATEAAITI LRIDDLIKLH

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit alpha

+
分子 #8: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.736742 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: ADEERAETAR LTSFIGAIAI GDLVKSTLGP KGMDKILLSS GRDASLMVTN DGATILKNIG VDNPAAKVLV DMSRVQDDEV GDGTTSVTV LAAELLREAE SLIAKKIHPQ TIIAGWREAT KAAREALLSS AVDHGSDEVK FRQDLMNIAG TTLSSKLLTH H KDHFTKLA ...文字列:
ADEERAETAR LTSFIGAIAI GDLVKSTLGP KGMDKILLSS GRDASLMVTN DGATILKNIG VDNPAAKVLV DMSRVQDDEV GDGTTSVTV LAAELLREAE SLIAKKIHPQ TIIAGWREAT KAAREALLSS AVDHGSDEVK FRQDLMNIAG TTLSSKLLTH H KDHFTKLA VEAVLRLKGS GNLEAIHIIK KLGGSLADSY LDEGFLLDKK IGVNQPKRIE NAKILIANTG MDTDKIKIFG SR VRVDSTA KVAEIEHAEK EKMKEKVERI LKHGINCFIN RQLIYNYPEQ LFGAAGVMAI EHADFAGVER LALVTGGEIA STF DHPELV KLGSCKLIEE VMIGEDKLIH FSGVALGEAC TIVLRGATQQ ILDEAERSLH DALCVLAQTV KDSRTVYGGG CSEM LMAHA VTQLANRTPG KEAVAMESYA KALRMLPTII ADNAGYDSAD LVAQLRAAHS EGNTTAGLDM REGTIGDMAI LGITE SFQV KRQVLLSAAE AAEVILRVDN IIKAA

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit beta

+
分子 #9: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.165945 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: NTKRESGRKV QSGNINAAKT IADIIRTCLG PKSMMKMLLD PMGGIVMTND GNAILREIQV QHPAAKSMIE ISRTQDEEVG DGTTSVIIL AGEMLSVAEH FLEQQMHPTV VISAYRKALD DMISTLKKIS IPVDISDSDM MLNIINSSIT TKAISRWSSL A CNIALDAV ...文字列:
NTKRESGRKV QSGNINAAKT IADIIRTCLG PKSMMKMLLD PMGGIVMTND GNAILREIQV QHPAAKSMIE ISRTQDEEVG DGTTSVIIL AGEMLSVAEH FLEQQMHPTV VISAYRKALD DMISTLKKIS IPVDISDSDM MLNIINSSIT TKAISRWSSL A CNIALDAV KMVQFEENGR KEIDIKKYAR VEKIPGGIIE DSCVLRGVMI NKDVTHPRMR RYIKNPRIVL LDSSLEYKKG ES QTDIEIT REEDFTRILQ MEEEYIQQLC EDIIQLKPDV VITEKGISDL AQHYLMRANI TAIRRVRKTD NNRIARACGA RIV SRPEEL REDDVGTGAG LLEIKKIGDE YFTFITDCKD PKACTILLRG ASKEILSEVE RNLQDAMQVC RNVLLDPQLV PGGG ASEMA VAHALTEKSK AMTGVEQWPY RAVAQALEVI PRTLIQNCGA STIRLLTSLR AKHTQENCET WGVNGETGTL VDMKE LGIW EPLAVKLQTY KTAVETAVLL LRIDDIVSG

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit gamma

+
分子 #10: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.6365 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: DRDKPAQIRF SNISAAKAVA DAIRTSLGPK GMDKMIQDGK GDVTITNDGA TILKQMQVLH PAARMLVELS KAQDIEAGDG TTSVVIIAG SLLDSCTKLL QKGIHPTIIS ESFQKALEKG IEILTDMSRP VELSDRETLL NSATTSLNSK VVSQYSSLLS P MSVNAVMK ...文字列:
DRDKPAQIRF SNISAAKAVA DAIRTSLGPK GMDKMIQDGK GDVTITNDGA TILKQMQVLH PAARMLVELS KAQDIEAGDG TTSVVIIAG SLLDSCTKLL QKGIHPTIIS ESFQKALEKG IEILTDMSRP VELSDRETLL NSATTSLNSK VVSQYSSLLS P MSVNAVMK VIDPATATSV DLRDIKIVKK LGGTIDDCEL VEGLVLTQKV SNSGITRVEK AKIGLIQFCL SAPKTDMDNQ IV VSDYAQM DRVLREERAY ILNLVKQIKK TGCNVLLIQK SILRDALSDL ALHFLNKMKI MVIKDIERED IEFICKTIGT KPV AHIDQF TADMLGSAEL AEEVNLNGSG KLLKITGCAS PGKTVTIVVR GSNKLVIEEA ERSIHDALCV IRCLVKKRAL IAGG GAPEI ELALRLTEYS RTLSGMESYC VRAFADAMEV IPSTLAENAG LNPISTVTEL RNRHAQGEKT AGINVRKGGI SNILE ELVV QPLLVSVSAL TLATETVRSI LKIDDVVNTR

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit delta

+
分子 #11: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.989797 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: KSRLMGLEAL KSHIMAAKAV ANTMRTSLGP NGLDKMMVDK DGDVTVTNDG ATILSMMDVD HQIAKLMVEL SKSQDDEIGD GTTGVVVLA GALLEEAEQL LDRGIHPIRI ADGYEQAARV AIEHLDKISD SVLVDIKDTE PLIQTAKTTL GSKVVNSCHR Q MAEIAVNA ...文字列:
KSRLMGLEAL KSHIMAAKAV ANTMRTSLGP NGLDKMMVDK DGDVTVTNDG ATILSMMDVD HQIAKLMVEL SKSQDDEIGD GTTGVVVLA GALLEEAEQL LDRGIHPIRI ADGYEQAARV AIEHLDKISD SVLVDIKDTE PLIQTAKTTL GSKVVNSCHR Q MAEIAVNA VLTVADMERR DVDFELIKVE GKVGGRLEDT KLIKGVIVDK DFSHPQMPKK VEDAKIAILT CPFEPPKPKT KH KLDVTSV EDYKALQKYE KEKFEEMIQQ IKETGANLAI CQWGFDDEAN HLLLQNNLPA VRWVGGPEIE LIAIATGGRI VPR FSELTA EKLGFAGLVQ EISFGTTKDK MLVIEQCKNS RAVTIFIRGG NKMIIEEAKR SLHDALCVIR NLIRDNRVVY GGGA AEISC ALAVSQEADK CPTLEQYAMR AFADALEVIP MALSENSGMN PIQTMTEVRA RQVKEMNPAL GIDCLHKGTN DMKQQ HVIE TLIGKKQQIS LATQMVRMIL KIDDIRKPGE SEE

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon

+
分子 #12: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.445008 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITGD GTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK VHAELADVLT E AVVDSILA ...文字列:
AEVARAQAAL AVNISAARGL QDVLRTNLGP KGTMKMLVSG AGDIKLTKDG NVLLHEMQIQ HPTASLIAKV ATAQDDITGD GTTSNVLII GELLKQADLY ISEGLHPRII TEGFEAAKEK ALQFLEEVKV SREMDRETLI DVARTSLRTK VHAELADVLT E AVVDSILA IKKQDEPIDL FMIEIMEMKH KSETDTSLIR GLVLDHGARH PDMKKRVEDA YILTCNVSLE YEKTEVNSGF FY KSAEERE KLVKAERKFI EDRVKKIIEL KRKVCGDSDK GFVVINQKGI DPFSLDALSK EGIVALRRAK RRNMERLTLA CGG VALNSF DDLSPDCLGH AGLVYEYTLG EEKFTFIEKC NNPRSVTLLI KGPNKHTLTQ IKDAVRDGLR AVKNAIDDGC VVPG AGAVE VAMAEALIKH KPSVKGRAQL GVQAFADALL IIPKVLAQNS GFDLQETLVK IQAEHSESGQ LVGVDLNTGE PMVAA EVGV WDNYCVKKQL LHSCTVIATN ILLVDEIMRA G

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit zeta

+
分子 #13: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.369867 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: GTDSSQGIPQ LVSNISACQV IAEAVRTTLG PRGMDKLIVD GRGKATISND GATILKLLDV VHPAAKTLVD IAKSQDAEVG DGTTSVTLL AAEFLKQVKP YVEEGLHPQI IIRAFRTATQ LAVNKIKEIA VTVKKADKVE QRKLLEKCAM TALSSKLISQ Q KAFFAKMV ...文字列:
GTDSSQGIPQ LVSNISACQV IAEAVRTTLG PRGMDKLIVD GRGKATISND GATILKLLDV VHPAAKTLVD IAKSQDAEVG DGTTSVTLL AAEFLKQVKP YVEEGLHPQI IIRAFRTATQ LAVNKIKEIA VTVKKADKVE QRKLLEKCAM TALSSKLISQ Q KAFFAKMV VDAVMMLDDL LQLKMIGIKK VQGGALEDSQ LVAGVAFKKT FSYAGFEMQP KKYHNPKIAL LNVELELKAE KD NAEIRVH TVEDYQAIVD AEWNILYDKL EKIHHSGAKV VLSKLPIGDV ATQYFADRDM FCAGRVPEED LKRTMMACGG SIQ TSVNAL SADVLGRCQV FEETQIGGER YNFFTGCPKA KTCTFILRGG AEQFMEETER SLHDAIMIVR RAIKNDSVVA GGGA IEMEL SKYLRDYSRT IPGKQQLLIG AYAKALEIIP RQLCDNAGFD ATNILNKLRA RHAQGGTWYG VDINNEDIAD NFEAF VWEP AMVRINALTA ASEAACLIVS VDETIKNPRS

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit eta

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分子 #14: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.102406 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MLKEGAKHFS GLEEAVYRNI QACKELAQTT RTAYGPNGMN KMVINHLEKL FVTNDAATIL RELEVQHPAA KMIVMASHMQ EQEVGDGTN FVLVFAGALL ELAEELLRIG LSVSEVIEGY EIACRKAHEI LPNLVCCSAK NLRDIDEVSS LLRTSIMSKQ Y GNEVFLAK ...文字列:
MLKEGAKHFS GLEEAVYRNI QACKELAQTT RTAYGPNGMN KMVINHLEKL FVTNDAATIL RELEVQHPAA KMIVMASHMQ EQEVGDGTN FVLVFAGALL ELAEELLRIG LSVSEVIEGY EIACRKAHEI LPNLVCCSAK NLRDIDEVSS LLRTSIMSKQ Y GNEVFLAK LIAQACVSIF PDSGHFNVDN IRVCKILGSG ISSSSVLHGM VFKKETEGDV TSVKDAKIAV YSCPFDGMIT ET KGTVLIK TAEELMNFSK GEENLMDAQV KAIADTGANV VVTGGKVADM ALHYANKYNI MLVRLNSKWD LRRLCKTVGA TAL PRLTPP VLEEMGHCDS VYLSEVGDTQ VVVFKHEKED GAISTIVLRG STDNLMDDIE RAVDDGVNTF KVLTRDKRLV PGGG ATEIE LAKQITSYGE TCPGLEQYAI KKFAEAFEAI PRALAENSGV KANEVISKLY AVHQEGNKNV GLDIEAEVPA VKDML EAGI LDTYLGKYWA IKLATNAAVT VLRVDQIIMA

UniProtKB: T-complex protein 1 subunit theta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38032
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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