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万見
- EMDB-0454: Cryo-EM structure of the T. thermophilus Csm complex bound to tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0454
タイトルCryo-EM structure of the T. thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
マップデータRNA-protein complex
試料
  • 複合体: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
    • RNA: RNA
キーワードCsm / RNA substrate / RNA BINDING PROTEIN
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu JJ / Liu TY
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM051487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM122334 米国
Life Sciences Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Target preference of Type III-A CRISPR-Cas complexes at the transcription bubble.
著者: Tina Y Liu / Jun-Jie Liu / Abhishek J Aditham / Eva Nogales / Jennifer A Doudna /
要旨: Type III-A CRISPR-Cas systems are prokaryotic RNA-guided adaptive immune systems that use a protein-RNA complex, Csm, for transcription-dependent immunity against foreign DNA. Csm can cleave RNA and ...Type III-A CRISPR-Cas systems are prokaryotic RNA-guided adaptive immune systems that use a protein-RNA complex, Csm, for transcription-dependent immunity against foreign DNA. Csm can cleave RNA and single-stranded DNA (ssDNA), but whether it targets one or both nucleic acids during transcription elongation is unknown. Here, we show that binding of a Thermus thermophilus (T. thermophilus) Csm (TthCsm) to a nascent transcript in a transcription elongation complex (TEC) promotes tethering but not direct contact of TthCsm with RNA polymerase (RNAP). Biochemical experiments show that both TthCsm and Staphylococcus epidermidis (S. epidermidis) Csm (SepCsm) cleave RNA transcripts, but not ssDNA, at the transcription bubble. Taken together, these results suggest that Type III systems primarily target transcripts, instead of unwound ssDNA in TECs, for immunity against double-stranded DNA (dsDNA) phages and plasmids. This reveals similarities between Csm and eukaryotic RNA interference, which also uses RNA-guided RNA targeting to silence actively transcribed genes.
履歴
登録2019年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6o1o
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0454.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0454.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA-protein complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 380 pix.
= 410.4 Å		1.08 Å/pix.
x 380 pix.
= 410.4 Å		1.08 Å/pix.
x 380 pix.
= 410.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-1.861513 - 4.2819433
平均 (標準偏差)0.0014707397 (±0.074400425)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-190-190-190
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 410.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.400410.400410.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-190-190-190
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-1.8624.2820.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA

全体名称: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
要素
  • 複合体: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
    • RNA: RNA

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超分子 #1: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA

超分子名称: Thermus thermophilus Csm complex bound to target ssRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #1: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
配列文字列:
GGAUAUGCGC CUUGACGUGG UCGUCCCCGG GCGCCUUAUC UACGGUAUCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 87321
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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