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- EMDB-0436: Near-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0436
タイトルNear-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid
マップデータicosahedrally averaged PBCV-1 capsid
試料
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
キーワードtape-measure protein / minor capsid proteins / zip protein / giant virus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / lipid binding / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / : / Minor capsid protein P8 central region / Minor capsid protein P9 transmembrane helices / Minor capsid protein P2, DUF5899 / Minor capsid protein P11, C-terminal conserved region / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus ...Protein of unknown function DUF5762 / Protein of unknown function DUF5761 / Domain of unknown function DUF5899 / : / Minor capsid protein P8 central region / Minor capsid protein P9 transmembrane helices / Minor capsid protein P2, DUF5899 / Minor capsid protein P11, C-terminal conserved region / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Minor capsid protein P4 / Minor capsid protein P8 / Major capsid protein / Minor capsid protein P12 / Minor capsid protein P6 / Minor capsid protein P7 / Penton capsid protein P1 / Minor capsid protein P2 / Minor capsid protein P11 / Minor capsid protein P9 ...Minor capsid protein P4 / Minor capsid protein P8 / Major capsid protein / Minor capsid protein P12 / Minor capsid protein P6 / Minor capsid protein P7 / Penton capsid protein P1 / Minor capsid protein P2 / Minor capsid protein P11 / Minor capsid protein P9 / Minor capsid protein P13 / Minor capsid protein P10 / Minor capsid protein P14 / Minor capsid protein 3 / Minor capsid protein P5
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Fang Q / Rossmann MG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Near-atomic structure of a giant virus.
著者: Qianglin Fang / Dongjie Zhu / Irina Agarkova / Jagat Adhikari / Thomas Klose / Yue Liu / Zhenguo Chen / Yingyuan Sun / Michael L Gross / James L Van Etten / Xinzheng Zhang / Michael G Rossmann /
要旨: Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have ...Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have remained unknown. Here we describe a 3.5 Å resolution icosahedrally averaged capsid structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1). This structure consists of 5040 copies of the major capsid protein, 60 copies of the penton protein and 1800 minor capsid proteins of which there are 13 different types. The minor capsid proteins form a hexagonal network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by binding neighboring capsomers together. The size of the viral capsid is determined by a tape-measure, minor capsid protein of which there are 60 copies in the virion. Homologs of the tape-measure protein and some of the other minor capsid proteins exist in other NCLDVs. Thus, a similar capsid assembly pathway might be used by other NCLDVs.
履歴
登録2018年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月30日-
マップ公開2019年1月30日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ncl
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ncl
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ncl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0436.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0436.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈icosahedrally averaged PBCV-1 capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1944. Å		1.62 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1944. Å		1.62 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1944. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-56.025837000000003 - 69.604399999999998
平均 (標準偏差)0.028372684 (±2.7627811)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-600-600-600
サイズ120012001200
Spacing120012001200
セルA=B=C: 1944.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z120012001200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1944.0001944.0001944.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-600-600-600
NC/NR/NS120012001200
D min/max/mean-56.02669.6040.028

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Paramecium bursaria Chlorella virus 1

全体名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: P14
    • タンパク質・ペプチド: P9
    • タンパク質・ペプチド: P10
    • タンパク質・ペプチド: P7
    • タンパク質・ペプチド: P6
    • タンパク質・ペプチド: P1
    • タンパク質・ペプチド: P12
    • タンパク質・ペプチド: P5
    • タンパク質・ペプチド: P11
    • タンパク質・ペプチド: P2
    • タンパク質・ペプチド: P4
    • タンパク質・ペプチド: P3
    • タンパク質・ペプチド: P8
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: P13

+
超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1

超分子名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10506 / 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

+
分子 #1: P14

分子名称: P14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 38.502719 KDa
配列文字列: MQTPSIIQCG LLNSFARKMT DAISDNQIIA TSRFFNIARD VADVVVSNTK LAQQYEQLSI DSLKEYLVSV AKFVAVDYSN TTSADVDDL IHKLRLFIEE ECYQYNIDKE ETCDGDVCVS DEYNEPAPKP KPKPKPKPAP KPKPAPKPKP APKPAPKPAP K PAPKPAPK ...文字列:
MQTPSIIQCG LLNSFARKMT DAISDNQIIA TSRFFNIARD VADVVVSNTK LAQQYEQLSI DSLKEYLVSV AKFVAVDYSN TTSADVDDL IHKLRLFIEE ECYQYNIDKE ETCDGDVCVS DEYNEPAPKP KPKPKPKPAP KPKPAPKPKP APKPAPKPAP K PAPKPAPK PAPKPAPKPA PEPAPEPAPE PAPKPAPEPA PEPAPIRPAR RCDENPSNLE TCCTNKALYG DFTDSSCDIV KK KTNWWLW GGIAILVIVL MIGGYFIYKR YFSAPKFENT GEFVNDMNFN NDVNFNNDVN FDNDMNYGNE GIDVSDLEIL NLP VPSVSP VPSASIVPSV SPIPRGSPVP SASPIK

UniProtKB: Minor capsid protein P14

+
分子 #2: P9

分子名称: P9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.407564 KDa
配列文字列: MKTETLYQDP VWFQDLSVIF KRPSEIIPTR DQSDSERINA MVRLVLYCSF AVALIRQNYL YAILGLAIIA IISLAYALGA KKTKSNEAY GNIRPYSVKR SKKSCSKSSA NNPFSNATVG ALLDNEARPP ACSYDDNDMA STMRKNFNKG LFRNLDDVYE V ENSQRQFY ...文字列:
MKTETLYQDP VWFQDLSVIF KRPSEIIPTR DQSDSERINA MVRLVLYCSF AVALIRQNYL YAILGLAIIA IISLAYALGA KKTKSNEAY GNIRPYSVKR SKKSCSKSSA NNPFSNATVG ALLDNEARPP ACSYDDNDMA STMRKNFNKG LFRNLDDVYE V ENSQRQFY TMPVTTAAPD LTAFGQFLYG SKGKTCKEDP SACTPAFATR DG

UniProtKB: Minor capsid protein P9

+
分子 #3: P10

分子名称: P10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 31.2236 KDa
配列文字列: MMNFILVLLI VAMIGTILVS ESKYLFSKPV CKNCGVKAVT LPVDISAGKL AKVAEAVKKQ TEEIKTLLKQ KQSAPKAPEL TNPIEHIKA STTVVSGANG LENVIDEDLP FSDFKGVPVA ETTVEGMIKG IRPPTYADPR VMNPALAAAP VQFSDPTQFG T FGVTDDVS ...文字列:
MMNFILVLLI VAMIGTILVS ESKYLFSKPV CKNCGVKAVT LPVDISAGKL AKVAEAVKKQ TEEIKTLLKQ KQSAPKAPEL TNPIEHIKA STTVVSGANG LENVIDEDLP FSDFKGVPVA ETTVEGMIKG IRPPTYADPR VMNPALAAAP VQFSDPTQFG T FGVTDDVS PAFSTEDKIP KTNAKISSDI SVEGYENSYD ANGARLVMDG KVVKSECQLP SYQIRNSKHH TQLPMRSLNE PP PMVEDLV DESLFEGLQG YPVDEKLDLL TPPGTATPSS EWAAINYGLT NN

UniProtKB: Minor capsid protein P10

+
分子 #4: P7

分子名称: P7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 29.505855 KDa
配列文字列: MQIYSEYYEK IGPRKLRLLV KRRLLFASTW LYINNYILLS IIMKLQTKHM ILLGFVAVVV VFIIFMLTRK KKEGFSIGNI FGKVKGAVT GTVGKVVNVV KPQGYKPEFV NRVNFGKFWA CPEGTTDWGS EDKQCLVSQY GPMMWRNKGG NEWGWSCPAG S APNNSDDW ...文字列:
MQIYSEYYEK IGPRKLRLLV KRRLLFASTW LYINNYILLS IIMKLQTKHM ILLGFVAVVV VFIIFMLTRK KKEGFSIGNI FGKVKGAVT GTVGKVVNVV KPQGYKPEFV NRVNFGKFWA CPEGTTDWGS EDKQCLVSQY GPMMWRNKGG NEWGWSCPAG S APNNSDDW NQKCVQGYSM KKLIDGQWRC TDTEIDTGKD WSNSDWFTAQ QQCDRGNNKV FTRRMYIDGK WQCPDGTWDT GF TWSDGEN GGKQCKYYP

UniProtKB: Minor capsid protein P7

+
分子 #5: P6

分子名称: P6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 24.036729 KDa
配列文字列: MILVGIAVLI LLAVFAILYY KQKEKFVVVG KFVEPIPSNP GQDFTLLPMD QTYTFADPVP DTATAFDVVL SRFTDKKAPA DLLKGATFP EAAPYTDSEV ENISKLALSR VKGPDAPVLS FISVEYAAKG VDNKKNTHYD IAFMVYDQVK NFSLKLVLVA V LDAKNKLW ...文字列:
MILVGIAVLI LLAVFAILYY KQKEKFVVVG KFVEPIPSNP GQDFTLLPMD QTYTFADPVP DTATAFDVVL SRFTDKKAPA DLLKGATFP EAAPYTDSEV ENISKLALSR VKGPDAPVLS FISVEYAAKG VDNKKNTHYD IAFMVYDQVK NFSLKLVLVA V LDAKNKLW IKKFSSFNSF TPKDKGPKGV ENIDETPLAE FIPDFVQFSR LYKDNANV

UniProtKB: Minor capsid protein P6

+
分子 #6: P1

分子名称: P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 18.281664 KDa
配列文字列:
MVETTQHFVS IESSNRPDPA NTTPANYSIQ LPQRYRNIWS AMLVNIALPA VSPPQKYVYL DIDKLNSIDS TSPSGGVNFA LAKIPLSIA GTGNVFFADT MTSSFPNVPL QNPVATMDKL NIKLKDANGN VLTIPAGNEH SFMIQLTCGD YIPRGGGSTI T QNGRVLGG TR

UniProtKB: Penton capsid protein P1

+
分子 #7: P12

分子名称: P12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 17.715475 KDa
配列文字列:
MGNGPPMERA VSSDDILTYY NTFIFFIYFN FTNENIYIIY TIYMKVQNTI VYIVLLLIVV VIIWNFTRKE GWSDYNAPND FMKIYYSNI VEDKKLAEKY PFFGTGPFTG LRCRKPNNVG CNTTWVSGQL VELTPKLKEQ IECKFGIQYV KT

UniProtKB: Minor capsid protein P12

+
分子 #8: P5

分子名称: P5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 16.455834 KDa
配列文字列:
MDSRLSAAYA IRAARISMIP GGVDGLVINY AEGGEPAWVQ YPLKKQKPLP NNLCYTPTLE DIARKREAVI AKYTKQPLET GTTFTHVLN ASHLNEQYTR VKKSALPDKE FPIIETEKYP EPPILWETTI GAPSRLFDRS DGVKYVR

UniProtKB: Minor capsid protein P5

+
分子 #9: P11

分子名称: P11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.322656 KDa
配列文字列: MDMHMIVKVV AILAVLFLVY KLWESMNKPN ASPLKIQNPY EKYMNSAEGG EYDAEDDDIY YPETDAEDDD IYTGETDDMY DGEDDDIYV QEGDDIEDAE DEPYDDSADM EQDVPKVQQP MMPLLTPSSQ LLPKPSPEAA DFAQFAPKNL QAQNFLTATQ W IGVNTQGS ...文字列:
MDMHMIVKVV AILAVLFLVY KLWESMNKPN ASPLKIQNPY EKYMNSAEGG EYDAEDDDIY YPETDAEDDD IYTGETDDMY DGEDDDIYV QEGDDIEDAE DEPYDDSADM EQDVPKVQQP MMPLLTPSSQ LLPKPSPEAA DFAQFAPKNL QAQNFLTATQ W IGVNTQGS SLKNANYDLR ADPIIPKADV GPWMMSSVDP NIYQKPLFG

UniProtKB: Minor capsid protein P11

+
分子 #10: P2

分子名称: P2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 63.888082 KDa
配列文字列: MCNTYYKRVK FNLFLYTNSI EMELLAVASI IGYGLFSSQQ GRETRPDRNR YAEALGSGQG LDEDYDVKPT DMVRKYRKKA EKRWKKAQV PKESGIITPN MRPSEVMPYF TSGKSMNTNT DYKQRKMELF TGGVLDGHSV SGTYKHKVEA ANMFGMTPQG R VTSDGTVG ...文字列:
MCNTYYKRVK FNLFLYTNSI EMELLAVASI IGYGLFSSQQ GRETRPDRNR YAEALGSGQG LDEDYDVKPT DMVRKYRKKA EKRWKKAQV PKESGIITPN MRPSEVMPYF TSGKSMNTNT DYKQRKMELF TGGVLDGHSV SGTYKHKVEA ANMFGMTPQG R VTSDGTVG NAPGDTELLK ARSVNSHQYN NVLPTEQLRV GPGLGVGPEV AATGGFHQFY RQLPLNINEY KLTQLPGRLV PG GTTTGGK GEIQQIASVN HNPDALVLNY DDRPPEATPN GAILASTQYG KQPRGYAGLR PYEKNYEGIA EADVSALQAR YLD QTRGRP RTGDGDTEPI INPNGERDGT GSYVTENMCS MTLESQRGLV NRYITPPGVT GVVQQGGEMR PEFVPETTIR EQYE DIYYT GPAGTTVTPT EPMNVVELQP ESRHAKRAGQ DRAYTPGAGR VNNFAPAAQG AYGLKDHPTY NALQHVVSEP IEQTF LPAA QGDDDRFGTK SNVNNPWGNP ASLQIANNQL AANKFNRDVT NTVNLDYDAG QPMKQQNFQP KAWIPNNTDD MKMLPL WKR KQLQAQKNKQ QRK

UniProtKB: Minor capsid protein P2

+
分子 #11: P4

分子名称: P4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 20.637311 KDa
配列文字列:
MFSAFRDTAS IGFSDTHQDE KTLRFLKKQI SQFIKHLKEY YPNNELTKKL VMKYSDVQLL PYTKGATKDT YTSGLFDHTT GVIKIAPRD GLGNVRDEQS LNKSICHELA HGTRVKYPGE SSHSDEWKDA WKTFLKIAAD ELGWKIEVPC SSVSFYGLTK D DCENCVWD QDPETCPKTA KLA

UniProtKB: Minor capsid protein P4

+
分子 #12: P3

分子名称: P3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 19.116688 KDa
配列文字列:
MAMKTQRKEN VLFQNVKPRE IPLVDNPFST YPYKHVITET QPTQAKNQAI WGLVQMGLSG EAAAMYGDVV VQKTTRACRK SEGGFKDVN TELWGTSPYL GRGDGEVYNM PASNQLLRGF ESSLRGSRVR TQIDDKSFIP YTWQMIDVPL AAAKTSFIAG L DTRQQLAY GNP

UniProtKB: Minor capsid protein 3

+
分子 #13: P8

分子名称: P8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 19.226947 KDa
配列文字列:
METIGNFIQN MAFPTENPYK LSGDFGNSTL EPTVTAALRI LHESPAPFNT EFFSRKNVDF IQKKLISETK RYTSFDIGPQ NEDELIMMM AGIYVQDSTF DGNIKAGLRK LNTLVITECL KQILPGVRAY ALYVRDASLP FSGGGEEAFK RPELATLKGS K VLSGFLPL DRNAS

UniProtKB: Minor capsid protein P8

+
分子 #14: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 48.199625 KDa
配列文字列: MAGGLSQLVA YGAQDVYLTG NPQITFFKTV YRRYTNFAIE SIQQTINGSV GFGNKVSTQI SRNGDLITDI VVEFVLTKGG NGGTTYYPA EELLQDVELE IGGQRIDKHY NDWFRTYDAL FRMNDDRYNY RRMTDWVNNE LVGAQKRFYV PLIFFFNQTP G LALPLIAL ...文字列:
MAGGLSQLVA YGAQDVYLTG NPQITFFKTV YRRYTNFAIE SIQQTINGSV GFGNKVSTQI SRNGDLITDI VVEFVLTKGG NGGTTYYPA EELLQDVELE IGGQRIDKHY NDWFRTYDAL FRMNDDRYNY RRMTDWVNNE LVGAQKRFYV PLIFFFNQTP G LALPLIAL QYHEVKLYFT LASQVQGVNY NGSSAIAGAA QPTMSVWVDY IFLDTQERTR FAQLPHEYLI EQLQFTGSET AT PSATTQA SQNIRLNFNH PTKYLAWNFN NPTNYGQYTA LANIPGACSG AGTAAATVTT PDYGNTGTYN EQLAVLDSAK IQL NGQDRF ATRKGSYFNK VQPYQSIGGV TPAGVYLYSF ALKPAGRQPS GTCNFSRIDN ATLSLTYKTC SIDATSPAAV LGNT ETVTA NTATLLTALN IYAKNYNVLR IMSGMGGLAY AN

UniProtKB: Major capsid protein

+
分子 #15: P13

分子名称: P13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 11.07083 KDa
配列文字列:
MHKITPFLIA AVVAVIVLAV WLFKKDNKKE TWFSRDLNYG KANSKIWNAT VAKGLKGIAN ENAEIRKMYP YLGYGDFTGA ICKGPNNQG CTYYANYTR

UniProtKB: Minor capsid protein P13

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 24.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5378

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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