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万見
- EMDB-0401: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0401
タイトルMERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)
マップデータMERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1), primary map
試料
  • 複合体: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: LCA60 light chain
    • タンパク質・ペプチド: LCA60 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス) / Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Walls AC / Xiong X / Park YJ / Tortorici MA / Snijder S / Quispe J / Cameroni E / Gopal R / Mian D / Lanzavecchia A ...Walls AC / Xiong X / Park YJ / Tortorici MA / Snijder S / Quispe J / Cameroni E / Gopal R / Mian D / Lanzavecchia A / Zambon M / Rey FA / Corti D / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Unexpected Receptor Functional Mimicry Elucidates Activation of Coronavirus Fusion.
著者: Alexandra C Walls / Xiaoli Xiong / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Joost Snijder / Joel Quispe / Elisabetta Cameroni / Robin Gopal / Mian Dai / Antonio Lanzavecchia / Maria Zambon / ...著者: Alexandra C Walls / Xiaoli Xiong / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Joost Snijder / Joel Quispe / Elisabetta Cameroni / Robin Gopal / Mian Dai / Antonio Lanzavecchia / Maria Zambon / Félix A Rey / Davide Corti / David Veesler /
要旨: Recent outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome, along with the threat of a future coronavirus-mediated pandemic, underscore the importance of finding ways ...Recent outbreaks of severe acute respiratory syndrome and Middle East respiratory syndrome, along with the threat of a future coronavirus-mediated pandemic, underscore the importance of finding ways to combat these viruses. The trimeric spike transmembrane glycoprotein S mediates entry into host cells and is the major target of neutralizing antibodies. To understand the humoral immune response elicited upon natural infections with coronaviruses, we structurally characterized the SARS-CoV and MERS-CoV S glycoproteins in complex with neutralizing antibodies isolated from human survivors. Although the two antibodies studied blocked attachment to the host cell receptor, only the anti-SARS-CoV S antibody triggered fusogenic conformational changes via receptor functional mimicry. These results provide a structural framework for understanding coronavirus neutralization by human antibodies and shed light on activation of coronavirus membrane fusion, which takes place through a receptor-driven ratcheting mechanism.
履歴
登録2018年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nb3
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1), primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 384 pix.
= 526.08 Å		1.37 Å/pix.
x 384 pix.
= 526.08 Å		1.37 Å/pix.
x 384 pix.
= 526.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-2.9722195 - 5.1119576
平均 (標準偏差)0.0023687242 (±0.06053859)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 526.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z526.080526.080526.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-16-63-38
NX/NY/NZ727975
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-2.9725.1120.002

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添付データ

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追加マップ: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab...

ファイルemd_0401_additional.map
注釈MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1), Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragm...

全体名称: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)
要素
  • 複合体: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: LCA60 light chain
    • タンパク質・ペプチド: LCA60 heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragm...

超分子名称: MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 572 MDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
分子量理論値: 149.172062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTVDVGPDSV KSACIEVDIQ QTFFDKTWPR PIDVSKADGI IYPQGRTYSN ITITYQGLF PYQGDHGDMY VYSAGHATGT TPQKLFVANY SQDVKQFANG FVVRIGAAAN STGTVIISPS TSATIRKIYP A FMLGSSVG ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTVDVGPDSV KSACIEVDIQ QTFFDKTWPR PIDVSKADGI IYPQGRTYSN ITITYQGLF PYQGDHGDMY VYSAGHATGT TPQKLFVANY SQDVKQFANG FVVRIGAAAN STGTVIISPS TSATIRKIYP A FMLGSSVG NFSDGKMGRF FNHTLVLLPD GCGTLLRAFY CILEPRSGNH CPAGNSYTSF ATYHTPATDC SDGNYNRNAS LN SFKEYFN LRNCTFMYTY NITEDEILEW FGITQTAQGV HLFSSRYVDL YGGNMFQFAT LPVYDTIKYY SIIPHSIRSI QSD RKAWAA FYVYKLQPLT FLLDFSVDGY IRRAIDCGFN DLSQLHCSYE SFDVESGVYS VSSFEAKPSG SVVEQAEGVE CDFS PLLSG TPPQVYNFKR LVFTNCNYNL TKLLSLFSVN DFTCSQISPA AIASNCYSSL ILDYFSYPLS MKSDLSVSSA GPISQ FNYK QSFSNPTCLI LATVPHNLTT ITKPLKYSYI NKCSRLLSDD RTEVPQLVNA NQYSPCVSIV PSTVWEDGDY YRKQLS PLE GGGWLVASGS TVAMTEQLQM GFGITVQYGT DTNSVCPKLE FANDTKIASQ LGNCVEYSLY GVSGRGVFQN CTAVGVR QQ RFVYDAYQNL VGYYSDDGNY YCLRACVSVP VSVIYDKETK THATLFGSVA CEHISSTMSQ YSRSTRSMLK RRDSTYGP L QTPVGCVLGL VNSSLFVEDC KLPLGQSLCA LPDTPSTLTP ASVGSVPGEM RLASIAFNHP IQVDQLNSSY FKLSIPTNF SFGVTQEYIQ TTIQKVTVDC KQYVCNGFQK CEQLLREYGQ FCSKINQALH GANLRQDDSV RNLFASVKSS QSSPIIPGFG GDFNLTLLE PVSISTGSRS ARSAIEDLLF DKVTIADPGY MQGYDDCMQQ GPASARDLIC AQYVAGYKVL PPLMDVNMEA A YTSSLLGS IAGVGWTAGL SSFAAIPFAQ SIFYRLNGVG ITQQVLSENQ KLIANKFNQA LGAMQTGFTT TNEAFQKVQD AV NNNAQAL SKLASELSNT FGAISASIGD IIQRLDPPEQ DAQIDRLING RLTTLNAFVA QQLVRSESAA LSAQLAKDKV NEC VKAQSK RSGFCGQGTH IVSFVVNAPN GLYFMHVGYY PSNHIEVVSA YGLCDAANPT NCIAPVNGYF IKTNNTRIVD EWSY TGSSF YAPEPITSLN TKYVAPQVTY QNISTNLPPP LLGNSTGIDF QDELDEFFKN VSTSIPNFGS LTQINTTLLD LTYEM LSLQ QVVKALNESY IDLKELGNYT YYNKGSGREN LYFQGGGGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGHHH HHHHH

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分子 #2: LCA60 light chain

分子名称: LCA60 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.25939 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG TYDLVSWYQQ HPGKSPKLMI YADIKRPSGV SHRFSGSKSG NTASLTISGL QSADEADYY CCLYAGSSTS VIFGGGTKVT

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分子 #3: LCA60 heavy chain

分子名称: LCA60 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.920568 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGGG LVKPGGSLRL SCEASGLTFS NVWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKRKSEGATT DYGAPVKGRF TLSRDDSKNT VYLQMNSLK IDDTAVYYCS TLTRGGDVWS SSYYFDYWGQ GALVTVSS

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: PDB 5W9J
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 54071
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6nb3:
MERS-CoV complex with human neutralizing LCA60 antibody Fab fragment (state 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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