[日本語] English
万見
- EMDB-0350: Induction of Potent Neutralizing Antibody Responses by a Designed... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0350
タイトルInduction of Potent Neutralizing Antibody Responses by a Designed Protein Nanoparticle Vaccine for Respiratory Syncytial Virus
マップデータDS-Cav1-I53-50 nanoparticle
試料
  • 複合体: DS-Cav1-I53-50 nanoparticle
    • タンパク質・ペプチド: Engineered respiratory syncytial virus F protein (DS-Cav-1) fused to the foldon and to the trimeric component of I53-50 (DS-Cav1-I53-50A)
    • タンパク質・ペプチド: Pentameric component of I53-50 (I53-50B)
生物種Respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Marcandalli J / Fiala B / Ols S / Perotti M / van der Schueren W / Snijder S / Hodge E / Benhaim M / Ravichandran R / Carter L ...Marcandalli J / Fiala B / Ols S / Perotti M / van der Schueren W / Snijder S / Hodge E / Benhaim M / Ravichandran R / Carter L / Sheffler W / Brunner L / Lawrenz M / Dubois P / Lanzavecchia A / Sallusto F / Lee KK / Veesler D / Correnti CE / Stewart LJ / Baker D / Lore K / Perez L / King NP
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Induction of Potent Neutralizing Antibody Responses by a Designed Protein Nanoparticle Vaccine for Respiratory Syncytial Virus.
著者: Jessica Marcandalli / Brooke Fiala / Sebastian Ols / Michela Perotti / Willem de van der Schueren / Joost Snijder / Edgar Hodge / Mark Benhaim / Rashmi Ravichandran / Lauren Carter / Will ...著者: Jessica Marcandalli / Brooke Fiala / Sebastian Ols / Michela Perotti / Willem de van der Schueren / Joost Snijder / Edgar Hodge / Mark Benhaim / Rashmi Ravichandran / Lauren Carter / Will Sheffler / Livia Brunner / Maria Lawrenz / Patrice Dubois / Antonio Lanzavecchia / Federica Sallusto / Kelly K Lee / David Veesler / Colin E Correnti / Lance J Stewart / David Baker / Karin Loré / Laurent Perez / Neil P King /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is a worldwide public health concern for which no vaccine is available. Elucidation of the prefusion structure of the RSV F glycoprotein and its identification as ...Respiratory syncytial virus (RSV) is a worldwide public health concern for which no vaccine is available. Elucidation of the prefusion structure of the RSV F glycoprotein and its identification as the main target of neutralizing antibodies have provided new opportunities for development of an effective vaccine. Here, we describe the structure-based design of a self-assembling protein nanoparticle presenting a prefusion-stabilized variant of the F glycoprotein trimer (DS-Cav1) in a repetitive array on the nanoparticle exterior. The two-component nature of the nanoparticle scaffold enabled the production of highly ordered, monodisperse immunogens that display DS-Cav1 at controllable density. In mice and nonhuman primates, the full-valency nanoparticle immunogen displaying 20 DS-Cav1 trimers induced neutralizing antibody responses ∼10-fold higher than trimeric DS-Cav1. These results motivate continued development of this promising nanoparticle RSV vaccine candidate and establish computationally designed two-component nanoparticles as a robust and customizable platform for structure-based vaccine design.
履歴
登録2018年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2019年3月20日-
現状2019年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0350.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DS-Cav1-I53-50 nanoparticle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 240 pix.
= 600. Å		2.5 Å/pix.
x 240 pix.
= 600. Å		2.5 Å/pix.
x 240 pix.
= 600. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.038507614 - 0.17572236
平均 (標準偏差)0.0013413099 (±0.01018412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z600.000600.000600.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0390.1760.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : DS-Cav1-I53-50 nanoparticle

全体名称: DS-Cav1-I53-50 nanoparticle
要素
  • 複合体: DS-Cav1-I53-50 nanoparticle
    • タンパク質・ペプチド: Engineered respiratory syncytial virus F protein (DS-Cav-1) fused to the foldon and to the trimeric component of I53-50 (DS-Cav1-I53-50A)
    • タンパク質・ペプチド: Pentameric component of I53-50 (I53-50B)

-
超分子 #1: DS-Cav1-I53-50 nanoparticle

超分子名称: DS-Cav1-I53-50 nanoparticle / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Engineered respiratory syncytial virus F protein (DS-Cav-1) fused...

分子名称: Engineered respiratory syncytial virus F protein (DS-Cav-1) fused to the foldon and to the trimeric component of I53-50 (DS-Cav1-I53-50A)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
配列文字列: MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNAV TELQLLMQST PATNNRARRE LPRFMNYTLN NAKKTNVTLS KKRKRRFLGF LLGVGSAIAS GVAVCKVLHL EGEVNKIKSA ...文字列:
MELLILKANA ITTILTAVTF CFASGQNITE EFYQSTCSAV SKGYLSALRT GWYTSVITIE LSNIKENKCN GTDAKVKLIK QELDKYKNAV TELQLLMQST PATNNRARRE LPRFMNYTLN NAKKTNVTLS KKRKRRFLGF LLGVGSAIAS GVAVCKVLHL EGEVNKIKSA LLSTNKAVVS LSNGVSVLTF KVLDLKNYID KQLLPILNKQ SCSISNIETV IEFQQKNNRL LEITREFSVN AGVTTPVSTY MLTNSELLSL INDMPITNDQ KKLMSNNVQI VRQQSYSIMC IIKEEVLAYV VQLPLYGVID TPCWKLHTSP LCTTNTKEGS NICLTRTDRG WYCDNAGSVS FFPQAETCKV QSNRVFCDTM NSLTLPSEVN LCNVDIFNPK YDCKIMTSKT DVSSSVITSL GAIVSCYGKT KCTASNKNRG IIKTFSNGCD YVSNKGVDTV SVGNTLYYVN KQEGKSLYVK GEPIINFYDP LVFPSDEFDA SISQVNEKIN QSLAFIRGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGSGSHH HHHHHHGGSG GSGSEKAAKA EEAARKMEEL FKKHKIVAVL RANSVEEAIE KAVAVFAGGV HLIEITFTVP DADTVIKALS VLKEKGAIIG AGTVTSVEQC RKAVESGAEF IVSPHLDEEI SQFCKEKGVF YMPGVMTPTE LVKAMKLGHT ILKLFPGEVV GPQFVKAMKG PFPNVKFVPT GGVNLDNVCE WFKAGVLAVG VGSALVKGTP DEVREKAKAF VEKIRGCTE

-
分子 #2: Pentameric component of I53-50 (I53-50B)

分子名称: Pentameric component of I53-50 (I53-50B) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Respiratory syncytial virus (ウイルス)
配列文字列:
MNQHSHKDHE TVRIAVVRAR WHAEIVDACV SAFEAAMRDI GGDRFAVDVF DVPGAYEIPL HARTLAETGR YGAVLGTAFV VNGGIYRHEF VASAVINGMM NVQLNTGVPV LSAVLTPHNY DKSKAHTLLF LALFAVKGME AARACVEILA AREKIAAGSL EHHHHHH

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Computationally designed model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1200
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る