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万見
- EMDB-0297: Potato virus Y -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0297
タイトルPotato virus Y
マップデータFinal cryo-EM map of Potato virus Y.
試料
  • ウイルス: Potato virus Y (ウイルス)
    • 複合体: Coat protein
      • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • 複合体: Viral RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードplant virus / potyvirus / flexible filamentous particle / helical symmetry / VIRUS
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Potato virus Y (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Podobnik M / Kezar A
資金援助 スロベニア, チェコ, 3件
OrganizationGrant number国
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ7-7248 スロベニア
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015043 チェコ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the multitasking nature of the potato virus Y coat protein.
著者: Andreja Kežar / Luka Kavčič / Martin Polák / Jiří Nováček / Ion Gutiérrez-Aguirre / Magda Tušek Žnidarič / Anna Coll / Katja Stare / Kristina Gruden / Maja Ravnikar / David ...著者: Andreja Kežar / Luka Kavčič / Martin Polák / Jiří Nováček / Ion Gutiérrez-Aguirre / Magda Tušek Žnidarič / Anna Coll / Katja Stare / Kristina Gruden / Maja Ravnikar / David Pahovnik / Ema Žagar / Franci Merzel / Gregor Anderluh / Marjetka Podobnik /
要旨: Potato virus Y (PVY) is among the most economically important plant pathogens. Using cryoelectron microscopy, we determined the near-atomic structure of PVY's flexuous virions, revealing a previously ...Potato virus Y (PVY) is among the most economically important plant pathogens. Using cryoelectron microscopy, we determined the near-atomic structure of PVY's flexuous virions, revealing a previously unknown lumenal interplay between extended carboxyl-terminal regions of the coat protein units and viral RNA. RNA-coat protein interactions are crucial for the helical configuration and stability of the virion, as revealed by the unique near-atomic structure of RNA-free virus-like particles. The structures offer the first evidence for plasticity of the coat protein's amino- and carboxyl-terminal regions. Together with mutational analysis and in planta experiments, we show their crucial role in PVY infectivity and explain the ability of the coat protein to perform multiple biological tasks. Moreover, the high modularity of PVY virus-like particles suggests their potential as a new molecular scaffold for nanobiotechnological applications.
履歴
登録2018年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hxx
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6hxx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0297.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final cryo-EM map of Potato virus Y.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.132 / ムービー #1: 0.132
最小 - 最大-0.24860236 - 0.43469086
平均 (標準偏差)0.003057495 (±0.02427109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.960381.960381.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.2490.4350.003

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添付データ

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ハーフマップ: First half-map after 3D auto-refine in Relion.

ファイルemd_0297_half_map_1.map
注釈First half-map after 3D auto-refine in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second half-map after 3D auto-refine in Relion.

ファイルemd_0297_half_map_2.map
注釈Second half-map after 3D auto-refine in Relion.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Potato virus Y

全体名称: Potato virus Y (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Potato virus Y (ウイルス)
    • 複合体: Coat protein
      • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • 複合体: Viral RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Potato virus Y

超分子名称: Potato virus Y / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Potato virus Y / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Solanum tuberosum (ジャガイモ)

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超分子 #2: Coat protein

超分子名称: Coat protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Approximately 2000 copies of PVY coat protein assemble around viral ssRNA to form the virion.
由来(天然)生物種: Potato virus Y (ウイルス) / 株: NTN
分子量理論値: 299 KDa

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超分子 #3: Viral RNA

超分子名称: Viral RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: Viral genome consists of positive-sense single stranded RNA.
由来(天然)生物種: Potato virus Y (ウイルス) / 株: NTN

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 35 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Potato virus Y (ウイルス)
分子量理論値: 29.935797 KDa
配列文字列: GNDTIDAGGS TKKDAKQEQG SIQPNLNKEK EKDVNVGTSG THTVPRIKAI TSKMRMPKSK GATVLNLEHL LEYAPQQIDI SNTRATQSQ FDTWYEAVQL AYDIGETEMP TVMNGLMVWC IENGTSPNIN GVWVMMDGDE QVEYPLKPIV ENAKPTLRQI M AHFSDVAE ...文字列:
GNDTIDAGGS TKKDAKQEQG SIQPNLNKEK EKDVNVGTSG THTVPRIKAI TSKMRMPKSK GATVLNLEHL LEYAPQQIDI SNTRATQSQ FDTWYEAVQL AYDIGETEMP TVMNGLMVWC IENGTSPNIN GVWVMMDGDE QVEYPLKPIV ENAKPTLRQI M AHFSDVAE AYIEMRNKKE PYMPRYGLVR NLRDGSLARY AFDFYEVTSR TPVRAREAHI QMKAAALKSA QSRLFGLDGG IS TQEENTE RHTTEDVSPS MHTLLGVKNM

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2
詳細: Due to helical averaging during cryo-EM data processing, all nucleotides were assigned the uracil base.
コピー数: 35
由来(天然)生物種: Potato virus Y (ウイルス)
分子量理論値: 1.485872 KDa
配列文字列:
UUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 5.0 mM / 構成要素 - 式: B4Na2O7 / 構成要素 - 名称: disodium tetraborate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-16 / 実像数: 726 / 平均電子線量: 48.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.95 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -40.95 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 162213
Segment selection選択した数: 215123
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5fn1

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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