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万見
- EMDB-0287: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0287
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat mutant
マップデータPol epsilon deltacat
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2)
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • リガンド: ZINC ION
キーワードPolymerase epsilon / DNA replication / enzyme / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B ...DNA polymerase epsilon, subunit B / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA polymerase epsilon subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Goswami P / Nans A / Costa A
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure of DNA-CMG-Pol epsilon elucidates the roles of the non-catalytic polymerase modules in the eukaryotic replisome.
著者: Panchali Goswami / Ferdos Abid Ali / Max E Douglas / Julia Locke / Andrew Purkiss / Agnieszka Janska / Patrik Eickhoff / Anne Early / Andrea Nans / Alan M C Cheung / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, ...Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, Dpb2, Dpb3, Dpb4. While a truncation of the catalytic N-terminal Pol2 supports cell division, Dpb2 and C-terminal Pol2 (C-Pol2) are essential for viability. Dpb2 and C-Pol2 are non-catalytic modules, shown or predicted to be related to an exonuclease and DNA polymerase, respectively. Here, we present the cryo-EM structure of the isolated C-Pol2/Dpb2 heterodimer, revealing that C-Pol2 contains a DNA polymerase fold. We also present the structure of CMG/C-Pol2/Dpb2 on a DNA fork, and find that polymerase binding changes both the helicase structure and fork-junction engagement. Inter-subunit contacts that keep the helicase-polymerase complex together explain several cellular phenotypes. At least some of these contacts are preserved during Pol epsilon-dependent CMG assembly on path to origin firing, as observed with DNA replication reconstituted in vitro.
履歴
登録2018年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0576
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0576
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6hv8
  • 表面レベル: 0.0576
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0287.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol epsilon deltacat
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 184 pix.
= 200.56 Å		1.09 Å/pix.
x 184 pix.
= 200.56 Å		1.09 Å/pix.
x 184 pix.
= 200.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0576 / ムービー #1: 0.0576
最小 - 最大-0.1576485 - 0.29041803
平均 (標準偏差)0.0007833317 (±0.011617362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 200.56001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.560200.560200.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-0.1580.2900.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C...

全体名称: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2)
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon subunit B
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C...

超分子名称: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Polymerase epsilon deltacat (C-Pol2+C-Dpb2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: DNA polymerase epsilon subunit B

分子名称: DNA polymerase epsilon subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.408758 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD ...文字列:
MFGSGNVLPV KIQPPLLRPL AYRVLSRKYG LSIKSDGLSA LAEFVGTNIG ANWRQGPATI KFLEQFAAVW KQQERGLFID QSGVKEVIQ EMKEREKVEW SHEHPIQHEE NILGRTDDDE NNSDDEMPIA ADSSLQNVSL SSPMRQPTER DEYKQPFKPE S SKALDWRD YFKVINASQQ QRFSYNPHKM QFIFVPNKKQ NGLGGIAGFL PDIEDKVQMF LTRYYLTNDR VMRNENFQNS DM FNPLSSM VSLQNELSNT NRQQQSSSNS ITPIKNLLGR DAQNFLLLGL LNKNFKGNWS LEDPSGSVEI DISQTIPTQG HYY VPGCMV LVEGIYYSVG NKFHVTSMTL PPGERREITL ETIGNLDLLG IHGISNNNFI ARLDKDLKIR LHLLEKELTD HKFV ILGAN LFLDDLKIMT ALSKILQKLN DDPPTLLIWQ GSFTSVPVFA SMSSRNISSS TQFKNNFDAL ATLLSRFDNL TENTT MIFI PGPNDLWGSM VSLGASGTLP QDPIPSAFTK KINKVCKNVV WSSNPTRIAY LSQEIVIFRD DLSGRFKRHR LEFPFN ESE DVYTENDNMM SKDTDIVPID ELVKEPDQLP QKVQETRKLV KTILDQGHLS PFLDSLRPIS WDLDHTLTLC PIPSTMV LC DTTSAQFDLT YNGCKVINPG SFIHNRRARY MEYVPSSKKT IQEEIYI

UniProtKB: DNA polymerase epsilon subunit B

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分子 #2: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 104.984844 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SMIRKQAESY ANSTWEVLQY KDSGEPGVLE VFVTINGKVQ NITFHIPKTI YMKFKSQTMP LQKIKNCLIE KSSASLPNNP KTSNPAGGQ LFKITLPESV FLEEKENCTS IFNDENVLGV FEGTITPHQR AIMDLGASVT FRSKAMGALG KGIQQGFEMK D LSMAENER ...文字列:
SMIRKQAESY ANSTWEVLQY KDSGEPGVLE VFVTINGKVQ NITFHIPKTI YMKFKSQTMP LQKIKNCLIE KSSASLPNNP KTSNPAGGQ LFKITLPESV FLEEKENCTS IFNDENVLGV FEGTITPHQR AIMDLGASVT FRSKAMGALG KGIQQGFEMK D LSMAENER YLSGFSMDIG YLLHFPTSIG YEFFSLFKSW GDTITILVLK PSNQAQEINA SSLGQIYKQM FEKKKGKIET YS YLVDIKE DINFEFVYFT DISKLYRRLS QETTKLKEER GLQFLLLLQS PFITKLLGTI RLLNQMPIVK LSLNEVLLPQ LNW QPTLLK KLVNHVLSSG SWISHLIKLS QYSNIPICNL RLDSMDYIID VLYARKLKKE NIVLWWNEKA PLPDHGGIQN DFDL NTSWI MNDSEFPKIN NSGVYDNVVL DVGVDNLTVN TILTSALIND AEGSDLVNNN MGIDDKDAVI NSPSEFVHDA FSNDA LNVL RGMLKEWWDE ALKENSTADL LVNSLASWVQ NPNAKLFDGL LRYHVHNLTK KALLQLVNEF SALGSTIVYA DRNQIL IKT NKYSPENCYA YSQYMMKAVR TNPMFSYLDL NIKRYWDLLI WMDKFNFSGL ACIEIEEKEN QDYTAVSQWQ LKKFLSP IY QPEFEDWMMI ILDSMLKTKQ SYLKLNSGTQ RPTQIVNVKK QDKEDSVENS LNGFSHLFSK PLMKRVKKLF KNQQEFIL D PQYEADYVIP VLPGSHLNVK NPLLELVKSL CHVMLLSKST ILEIRTLRKE LLKIFELREF AKVAEFKDPS LSLVVPDFL CEYCFFISDI DFCKAAPESI FSCVRCHKAF NQVLLQEHLI QKLRSDIESY LIQDLRCSRC HKVKRDYMSA HCPCAGAWEG TLPRESIVQ KLNVFKQVAK YYGFDILLSC IADLT

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Volta phase plate
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 161376
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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