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- EMDB-0176: Cryo-EM structure of a 70S Bacillus subtilis ribosome translating... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0176
タイトルCryo-EM structure of a 70S Bacillus subtilis ribosome translating the ErmD leader peptide in complex with telithromycin
マップデータNone
試料
  • 複合体: 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide and complexed with telithromycin
    • 複合体: 70S ribosome
      • RNA: x 3種
      • タンパク質・ペプチド: x 46種
    • 複合体: ErmD stalling peptide
      • RNA: x 1種
    • 複合体: tRNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 1種
キーワードsingle particle cryo-EM / stalling peptide / ribosome / telithromycin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. ...: / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe C / Graf M
資金援助 ドイツ, チェコ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationFOR1805 ドイツ
German Research FoundationWI3285/6-1 ドイツ
Ministry of Education (Czech Republic)CIISB project number LM2015043 チェコ
European UnioniNext project number 2992 チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis for antibiotic resistance mediated by the ABCF ATPase VmlR.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Michael Graf / Paul Huter / Hiraku Takada / Maha Abdelshahid / Jiří Nováček / Victoriia Murina / Gemma C Atkinson / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
要旨: Many Gram-positive pathogenic bacteria employ ribosomal protection proteins (RPPs) to confer resistance to clinically important antibiotics. In , the RPP VmlR confers resistance to lincomycin (Lnc) ...Many Gram-positive pathogenic bacteria employ ribosomal protection proteins (RPPs) to confer resistance to clinically important antibiotics. In , the RPP VmlR confers resistance to lincomycin (Lnc) and the streptogramin A (S) antibiotic virginiamycin M (VgM). VmlR is an ATP-binding cassette (ABC) protein of the F type, which, like other antibiotic resistance (ARE) ABCF proteins, is thought to bind to antibiotic-stalled ribosomes and promote dissociation of the drug from its binding site. To investigate the molecular mechanism by which VmlR confers antibiotic resistance, we have determined a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an ATPase-deficient VmlR-EQ mutant in complex with a ErmDL-stalled ribosomal complex (SRC). The structure reveals that VmlR binds within the E site of the ribosome, with the antibiotic resistance domain (ARD) reaching into the peptidyltransferase center (PTC) of the ribosome and a C-terminal extension (CTE) making contact with the small subunit (SSU). To access the PTC, VmlR induces a conformational change in the P-site tRNA, shifting the acceptor arm out of the PTC and relocating the CCA end of the P-site tRNA toward the A site. Together with microbiological analyses, our study indicates that VmlR allosterically dissociates the drug from its ribosomal binding site and exhibits specificity to dislodge VgM, Lnc, and the pleuromutilin tiamulin (Tia), but not chloramphenicol (Cam), linezolid (Lnz), nor the macrolide erythromycin (Ery).
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月21日-
登録2018年8月7日-
マップ公開2018年8月29日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
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  • 原子モデル: PDB-6ha1
  • 表面レベル: 0.03
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0176.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0176.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.08337495 - 0.1842659
平均 (標準偏差)0.0008619242 (±0.011051074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.960381.960381.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0830.1840.001

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添付データ

-
追加マップ: None

ファイルemd_0176_additional.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide an...

全体名称: 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide and complexed with telithromycin
要素
  • 複合体: 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide and complexed with telithromycin
    • 複合体: 70S ribosome
      • RNA: 23S ribosomal RNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • 複合体: ErmD stalling peptide
      • RNA: mRNA
    • 複合体: tRNA
      • RNA: P-tRNA
  • リガンド: TELITHROMYCIN

+
超分子 #1: 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide an...

超分子名称: 70S ribosome with P-tRNA translating the ErmD stalling peptide and complexed with telithromycin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51

+
超分子 #2: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#29, #31-#50
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

+
超分子 #3: ErmD stalling peptide

超分子名称: ErmD stalling peptide / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #30
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

+
超分子 #4: tRNA

超分子名称: tRNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #51
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 949.646312 KDa
配列文字列: GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA ...文字列:
GGUUAAGUUA GAAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGGAGCCGAU GAAGGACGGG ACGAACACCG AUAUGCUUCG GGGAGCUGU AAGCAAGCUU UGAUCCGGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC ACCACUCGUA AUGGAGUGGU AUCCAUAUCU G AAUUCAUA GGAUAUGAGA AGGCAGACCC GGGGAACUGA AACAUCUAAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGC AAAUGCGAUU CC CUGAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAUC AGCCCAAACC AAGAGGCUUG CCUCUUGGGG UUGUAGGACA CUCUGUACGG AGU UACAAA GGAACGAGGU AGAUGAAGAG GUCUGGAAAG GCCCGCCAUA GGAGGUAACA GCCCUGUAGU CAAAACUUCG UUCU CUCCU GAGUGGAUCC UGAGUACGGC GGAACACGUG AAAUUCCGUC GGAAUCCGGG AGGACCAUCU CCCAAGGCUA AAUAC UCCC UAGUGACCGA UAGUGAACCA GUACCGUGAG GGAAAGGUGA AAAGCACCCC GGAAGGGGAG UGAAAGAGAU CCUGAA ACC GUGUGCCUAC AAGUAGUCAG AGCCCGUUAA CGGGUGAUGG CGUGCCUUUU GUAGAAUGAA CCGGCGAGUU ACGAUCU CG UGCAAGGUUA AGCAGAAGAU GCGGAGCCGC AGCGAAAGCG AGUCUGAAUA GGGCGCAUGA GUACGUGGUC GUAGACCC G AAACCAGGUG AUCUACCCAU GUCCAGGGUG AAGUUCAGGU AACACUGAAU GGAGGCCCGA ACCCACGCAC GUUGAAAAG UGCGGGGAUG AGGUGUGGGU AGGGGUGAAA UGCCAAUCGA ACCUGGAGAU AGCUGGUUCU CUCCGAAAUA GCUUUAGGGC UAGCCUCAA GGUAAGAGUC UUGGAGGUAG AGCACUGAUU GGACUAGGGG CCCCUACCGG GUUACCGAAU UCAGUCAAAC U CCGAAUGC CAAUGACUUA UCCUUGGGAG UCAGACUGCG AGUGAUAAGA UCCGUAGUCG AAAGGGAAAC AGCCCAGACC GC CAGCUAA GGUCCCAAAG UAUACGUUAA GUGGAAAAGG AUGUGGAGUU GCUUAGACAA CCAGGAUGUU GGCUUAGAAG CAG CCACCA UUUAAAGAGU GCGUAAUAGC UCACUGGUCG AGUGACUCUG CGCCGAAAAU GUACCGGGGC UAAACGUAUC ACCG AAGCU GCGGACUGUU CUUCGAACAG UGGUAGGAGA GCGUUCUAAG GGCUGUGAAG CCAGACCGGA AGGACUGGUG GAGCG CUUA GAAGUGAGAA UGCCGGUAUG AGUAGCGAAA GAGGGGUGAG AAUCCCCUCC ACCGAAUGCC UAAGGUUUCC UGAGGA AGG CUCGUCCGCU CAGGGUUAGU CGGGACCUAA GCCGAGGCCG AAAGGCGUAG GCGAUGGACA ACAGGUUGAU AUUCCUG UA CCACCUCCUC ACCAUUUGAG CAAUGGGGGG ACGCAGGAGG AUAGGGUAAG CGCGGUAUUG GAUAUCCGCG UCCAAGCA G UUAGGCUGGG AAAUAGGCAA AUCCGUUUCC CAUAAGGCUG AGCUGUGAUG GCGAGCGAAA UAUAGUAGCG AAGUUCCUG AUUCCACACU GCCAAGAAAA GCCUCUAGCG AGGUGAGAGG UGCCCGUACC GCAAACCGAC ACAGGUAGGC GAGGAGAGAA UCCUAAGGU GAUCGAGAGA ACUCUCGUUA AGGAACUCGG CAAAAUGACC CCGUAACUUC GGGAGAAGGG GUGCUCUGUU A GGGUGCAA GCCCGAGAGA GCCGCAGUGA AUAGGCCCAG GCGACUGUUU AGCAAAAACA CAGGUCUCUG CGAAGCCGUA AG GCGAAGU AUAGGGGCUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG AGCGCUUAGC GUAAGCGAAG GUGCGAAUUG AAG CCCCAG UAAACGGCGG CCGUAACUAU AACGGUCCUA AGGUAGCGAA AUUCCUUGUC GGGUAAGUUC CGACCCGCAC GAAA GGCGC AACGAUCUGG GCACUGUCUC AACGAGAGAC UCGGUGAAAU UAUAGUACCU GUGAAGAUGC AGGUUACCCG CGACA GGAC GGAAAGACCC CGUGGAGCUU UACUGCAGCC UGAUAUUGAA UGUUGGUACA GCUUGUACAG GAUAGGUAGG AGCCUU GGA AACCGGAGCG CCAGCUUCGG UGGAGGCAUC GGUGGGAUAC UACCCUGGCU GUAUUGACCU UCUAACCCGC CGCCCUU AU CGGGCGGGGA GACAGUGUCA GGUGGGCAGU UUGACUGGGG CGGUCGCCUC CUAAAAGGUA ACGGAGGCGC CCAAAGGU U CCCUCAGAAU GGUUGGAAAU CAUUCGCAGA GUGUAAAGGC ACAAGGGAGC UUGACUGCGA GACCUACAAG UCGAGCAGG GACGAAAGUC GGGCUUAGUG AUCCGGUGGU UCCGCAUGGA AGGGCCAUCG CUCAACGGAU AAAAGCUACC CCGGGGAUAA CAGGCUUAU CUCCCCCAAG AGUCCACAUC GACGGGGAGG UUUGGCACCU CGAUGUCGGC UCAUCGCAUC CUGGGGCUGU A GUCGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGCG GUACGCGAGC UGGGUUCAGA ACGUCGUGAG ACAGUUCGGU CC CUAUCCG UCGCGGGCGC AGGAAAUUUG AGAGGAGCUG UCCUUAGUAC GAGAGGACCG GGAUGGACGC ACCGCUGGUG UAC CAGUUG UUCUGCCAAG GGCAUCGCUG GGUAGCUAUG UGCGGACGGG AUAAGUGCUG AAAGCAUCUA AGCAUGAAGC CCCC CUCAA GAUGAGAUUU CCCAUUCCGC AAGGAAGUAA GAUCCCUGAA AGAUGAUCAG GUUGAUAGGU CUGAGGUGGA AGUGU GGCG ACACAUGGAG CUGACAGAUA CUAAUCGAUC GAGGACUUAA CCAU

GENBANK: GENBANK: D26185.1

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 36.15752 KDa
配列文字列:
UGGUGGCGAU AGCGAAGAGG UCACACCCGU UCCCAUACCG AACACGGAAG UUAAGCUCUU CAGCGCCGAU GGUAGUCGGG GGUUUCCCC CUGUGAGAGU AGGACGCCGC CAA

GENBANK: GENBANK: CP019662.1

+
分子 #30: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 30 / 詳細: CUU / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 872.556 Da
配列文字列:
CUU

+
分子 #31: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 503.369125 KDa
配列文字列: UUUAUCGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA CGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGG ACAGAUGGGA GCUUGCUCC CUGAUGUUAG CGGCGGACGG GUGAGUAACA CGUGGGUAAC CUGCCUGUAA GACUGGGAUA ACUCCGGGAA A CCGGGGCU ...文字列:
UUUAUCGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA CGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGG ACAGAUGGGA GCUUGCUCC CUGAUGUUAG CGGCGGACGG GUGAGUAACA CGUGGGUAAC CUGCCUGUAA GACUGGGAUA ACUCCGGGAA A CCGGGGCU AAUACCGGAU GGUUGUUUGA ACCGCAUGGU UCAAACAUAA AAGGUGGCUU CGGCUACCAC UUACAGAUGG AC CCGCGGC GCAUUAGCUA GUUGGUGAGG UAACGGCUCA CCAAGGCGAC GAUGCGUAGC CGACCUGAGA GGGUGAUCGG CCA CACUGG GACUGAGACA CGGCCCAGAC UCCUACGGGA GGCAGCAGUA GGGAAUCUUC CGCAAUGGAC GAAAGUCUGA CGGA GCAAC GCCGCGUGAG UGAUGAAGGU UUUCGGAUCG UAAAGCUCUG UUGUUAGGGA AGAACAAGUG CCGUUCGAAU AGGGC GGUA CCUUGACGGU ACCUAACCAG AAAGCCACGG CUAACUACGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUAC GUAGGUGGCA AGCGUU GUC CGGAAUUAUU GGGCGUAAAG GGCUCGCAGG CGGUUUCUUA AGUCUGAUGU GAAAGCCCCC GGCUCAACCG GGGAGGG UC AUUGGAAACU GGGGAACUUG AGUGCAGAAG AGGAGAGUGG AAUUCCACGU GUAGCGGUGA AAUGCGUAGA GAUGUGGA G GAACACCAGU GGCGAAGGCG ACUCUCUGGU CUGUAACUGA CGCUGAGGAG CGAAAGCGUG GGGAGCGAAC AGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCGCCCCUU AGUGCUGCAG CUAACGCAUU AAGCACUCC GCCUGGGGAG UACGGUCGCA AGACUGAAAC UCAAAGGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU G UGGUUUAA UUCGAAGCAA CGCGAAGAAC CUUACCAGGU CUUGACAUCC UCUGACAAUC CUAGAGAUAG GACGUCCCCU UC GGGGGCA GAGUGACAGG UGGUGCAUGG UUGUCGUCAG CUCGUGUCGU GAGAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGAGCG CAA CCCUUG AUCUUAGUUG CCAGCAUUCA GUUGGGCACU CUAAGGUGAC UGCCGGUGAC AAACCGGAGG AAGGUGGGGA UGAC GUCAA AUCAUCAUGC CCCUUAUGAC CUGGGCUACA CACGUGCUAC AAUGGACAGA ACAAAGGGCA GCGAAACCGC GAGGU UAAG CCAAUCCCAC AAAUCUGUUC UCAGUUCGGA UCGCAGUCUG CAACUCGACU GCGUGAAGCU GGAAUCGCUA GUAAUC GCG GAUCAGCAUG CCGCGGUGAA UACGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACACCACG AGAGUUUGUA ACACCCG AA GUCGGUGAGG UAACCUUUUA GGAGCCAGCC GCCGAAGGUG GGACAGAUGA UUGGGGUGAA GUCGUAACAA GGUAGCCG U AUCGGAAGGU GCGGCUGGAU CACCUCCUUU CUA

GENBANK: GENBANK: AL009126.3

+
分子 #51: P-tRNA

分子名称: P-tRNA / タイプ: rna / ID: 51 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 28.094645 KDa
配列文字列:
GCCGAGGUGG UGGAAUUGGU AGACACGCUA CCUUGAGGUG GUAGUGCCCA AUAGGGCUUA CGGGUUCAAG UCCCGUCCUC GGUACCA

GENBANK: GENBANK: CP030939.1

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 30.335125 KDa
配列文字列: MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPTS NGRRGMTTSD FAEITTDKPE KSLLAPLHKK GGRNNQGKLT VRHQGGGHKR QYRVIDFKRD KDGIPGRVAT VEYDPNRSA NIALINYADG EKRYILAPKG IQVGTEIMSG PEADIKVGNA LPLINIPVGT VVHNIELKPG KGGQLVRSAG T SAQVLGKE GKYVLVRLNS GEVRMILSAC RASIGQVGNE QHELINIGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRKSPM SPWGKPTLGF KTRKKKNKSD KFIVRRRKNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 22.723348 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFAENG DLIPVTVIEA APNVVLQKKT AENDGYEAIQ LGFDDKREKL SNKPEKGHVA KAETAPKRFV KELRGVEMD AYEVGQEVKV EIFSAGEIVD VTGVSKGKGF QGAIKRHGQS RGPMSHGSRY HRRPGSMGPV DPNRVFKGKL L PGRMGGEQ ITVQNLEIVK VDAERNLLLI KGNVPGAKKS LITVKSAVKS K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 22.424951 KDa
配列文字列: MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR ...文字列:
MPKVALYNQN GSTAGDIELN ASVFGIEPNE SVVFDAILMQ RASLRQGTHK VKNRSEVRGG GRKPWRQKGT GRARQGSIRS PQWRGGGVV FGPTPRSYSY KLPKKVRRLA IKSVLSSKVI DNNIIVLEDL TLDTAKTKEM AAILKGLSVE KKALIVTADA N EAVALSAR NIPGVTVVEA NGINVLDVVN HEKLLITKAA VEKVEEVLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 20.177564 KDa
配列文字列:
MNRLKEKYNK EIAPALMTKF NYDSVMQVPK IEKIVINMGV GDAVQNAKAI DSAVEELTFI AGQKPVVTRA KKSIAGFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYDF LDKLISVSLP RVRDFRGVSK KSFDGRGNYT LGIKEQLIFP EIDYDKVTKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLTQVGMPFQ K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 19.543389 KDa
配列文字列:
MSRVGKKLLE IPSDVTVTLN DNNTVAVKGP KGELTRTFHP DMEIKVEDNV LTVARPSDQK EHRALHGTTR SLLGNMVEGV SKGFERGLE LVGVGYRASK SGNKLVLNVG YSHPVEIVPE EGIEIEVPSQ TKVVVKGTDK ERVGAIAANI RAVRSPEPYK G KGIRYEGE VVRRKEGKSA K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 16.407104 KDa
配列文字列:
MRTTPMANAS TIERKWLVVD AAGKTLGRLS SEVAAILRGK HKPTYTPHVD TGDHVIIINA EKIELTGKKL TDKIYYRHTQ HPGGLKSRT ALEMRTNYPE KMLELAIKGM LPKGSLGRQM FKKLNVYRGS EHPHEAQKPE VYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.175288 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 15.410694 KDa
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 16.223049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKREEIGG ESNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.774806 KDa
配列文字列:
MSYRKLGRTS AQRKAMLRDL TTDLIINERI ETTETRAKEL RSVVEKMITL GKRGDLHARR QAAAYIRNEV ANEENNQDAL QKLFSDIAT RYEERQGGYT RIMKLGPRRG DGAPMAIIEL V

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 12.993829 KDa
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.416853 KDa
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.669189 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RKRRKKVLKL AKGYFGSKHT LYKVANQQVM KSGNYAFRDR RQKKRDFRKL WITRINAAAR MNGLSYSRLM HGLKLSGIE VNRKMLADLA VNDLTAFNQL ADAAKAQLNK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 11.296081 KDa
配列文字列:
MYAIIKTGGK QIKVEEGQTV YIEKLAAEAG ETVTFEDVLF VGGDNVKVGN PTVEGATVTA KVEKQGRAKK ITVFRYKPKK NVHKKQGHR QPYTKVTIEK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 12.481608 KDa
配列文字列:
MQAKAVARTV RIAPRKARLV MDLIRGKQVG EAVSILNLTP RAASPIIEKV LKSAIANAEH NYEMDANNLV ISQAFVDEGP TLKRFRPRA MGRASQINKR TSHITIVVSE KKEG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.978813 KDa
配列文字列:
MKDPRDVLKR PVITERSADL MTEKKYTFEV DVRANKTEVK DAVESIFGVK VDKVNIMNYK GKSKRVGRYT GMTSRRRKAI VKLTADSKE IEIFEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 11.16612 KDa
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VLDK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.391855 KDa
配列文字列:
MLRLDLQFFA SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSV YPVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 6.826144 KDa
配列文字列:
MARKCVITGK KTTAGNNRSH AMNASKRTWG ANLQKVRILV NGKPKKVYVS ARALKSGKVE RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 7.728029 KDa
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAANK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 6.650795 KDa
配列文字列:
MAKLEITLKR SVIGRPEDQR VTVRTLGLKK TNQTVVHEDN AAIRGMINKV SHLVSVKEQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 6.745073 KDa
配列文字列:
MAVPFRRTSK MKKRLRRTHF KLNVPGMTEC PSCGEMKLSH RVCKACGSYN GKDINVKSN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 5.915875 KDa
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRETK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 5.271332 KDa
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 7.581128 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGS AKRFKKTGSG KLKRSHAYTS HLFANKSQKQ KRKLRKSAVV SAGDFKRIKQ MLANIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 7.159191 KDa
配列文字列:
MKAGIHPNFK KATVKCACGN EFETGSVKEE VRVEICSECH PFYTGRQKFA SADGRVDRFN KKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 28.009297 KDa
配列文字列: MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKRY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV EEAYNFTKNL AAEGGKILFV GTKKQAQDSV KEEAQRSGM YYVNQRWLGG TLTNFETIQK RIKRLKDIEK MQENGTFDVL PKKEVVQLKK ELERLEKFLG GIKDMKDLPD A LFIIDPRK ...文字列:
MSVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKRY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV EEAYNFTKNL AAEGGKILFV GTKKQAQDSV KEEAQRSGM YYVNQRWLGG TLTNFETIQK RIKRLKDIEK MQENGTFDVL PKKEVVQLKK ELERLEKFLG GIKDMKDLPD A LFIIDPRK ERIAVAEARK LNIPIIGIVD TNCDPDEIDV VIPANDDAIR AVKLLTSKMA DAILEAKQGE EEAEVAEETA PE TETTTA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 24.364887 KDa
配列文字列: MGQKVNPVGL RIGVIRDWES KWYAGKDYAD FLHEDLKIRE YISKRLSDAS VSKVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKA LNSLTGKRVH INILEIKRAD LDAQLVADNI ARQLENRVSF RRAQKQQIQR TMRAGAQGVK TMVSGRLGGA D IARSEYYS ...文字列:
MGQKVNPVGL RIGVIRDWES KWYAGKDYAD FLHEDLKIRE YISKRLSDAS VSKVEIERAA NRVNITIHTA KPGMVIGKGG SEVEALRKA LNSLTGKRVH INILEIKRAD LDAQLVADNI ARQLENRVSF RRAQKQQIQR TMRAGAQGVK TMVSGRLGGA D IARSEYYS EGTVPLHTLR ADIDYATSEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKKKNEEGGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 22.874271 KDa
配列文字列: MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD ...文字列:
MARYTGPSWK LSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGPHGPGQ RKKLSEYGLQ LQEKQKLRHM YGVNERQFRT LFDKAGKLAG KHGENFMIL LDSRLDNVVY KLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGSRVDIP SYLVKPGQTI GVREKSRNLS IIKESVEVNN F VPEYLTFD AEKLEGTFTR LPERSELAPE INEALIVEFY SR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 17.650625 KDa
配列文字列:
MRRIDPSKLE LEERLVTVNR VAKVVKGGRR FRFAALVVVG DKNGHVGFGT GKAQEVPEAI RKAVEDAKKN LIEVPMVGTT IPHEIIGRF GAGNILLKPA SEGTGVIAGG PVRAVLELAG VADILSKSLG SNTPINMIRA TLQGLSELKR AEDVAKLRGK S VEELLG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 11.140548 KDa
配列文字列:
MRKYEVMYII RPNIDEESKK AVIERFNNVL TSNGAEITGT KDWGKRRLAY EINDFRDGFY QIVNVQSDAA AVQEFDRLAK ISDDIIRHI VVKEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 17.915879 KDa
配列文字列:
MPRKGPVAKR DVLPDPIYNS KLVSRLINKM MIDGKKGKSQ TILYKSFDII KERTGNDAME VFEQALKNIM PVLEVKARRV GGANYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEER LANEILDAAN NTGAAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 14.901427 KDa
配列文字列:
MVMTDPIADM LTRIRNANMV RHEKLEIPAS KLKREIAEIL KREGFIRDVE FVEDSKQGII RVFLKYGQNN ERVITGLKRI SKPGLRVYA KSNEVPRVLN GLGIAIISTS QGVLTDKEAR AKQAGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 14.335504 KDa
配列文字列:
MAQVQYYGTG RRKSSVARVR LVPGEGRIVV NNREISEHIP SAALIEDIKQ PLTLTETAGT YDVLVNVHGG GLSGQAGAIR HGIARALLE ADPEYRTTLK RAGLLTRDAR MKERKKYGLK GARRAPQFSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 11.687661 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRILDQ SAEKIVETAK RSGASVSGPI PLPTEKSVYT ILRAVHKYKD SREQFEMRTH KRLIDIVNPT PQTVDALMR LDLPSGVDIE IKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.952 KDa
配列文字列:
MAAARKSNTR KRRVKKNIES GIAHIRSTFN NTIVTITDTH GNAISWSSAG ALGFRGSRKS TPFAAQMAAE TAAKGSIEHG LKTLEVTVK GPGSGREAAI RALQAAGLEV TAIRDVTPVP HNGCRPPKRR RV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 15.248736 KDa
配列文字列:
MPTINQLIRK GRVSKVENSK SPALNKGYNS FKKEHTNVSS PQKRGVCTRV GTMTPKKPNS ALRKYARVRL TNGIEVTAYI PGIGHNLQE HSVVLIRGGR VKDLPGVRYH IVRGALDTAG VENRAQGRSK YGTKKPKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

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分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 13.818085 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP RDKRVVISLT YIFGIGRTTA QQVLKEAGVS EDTRVRDLTE EELGKIRDII DKLKVEGDLR REVSLNIKRL IEIGSYRGI RHRRGLPVRG QNSKNNARTR KGPRRTVANK KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

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分子 #44: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 7.263803 KDa
配列文字列:
MAKKSMIAKQ QRTPKFKVQE YTRCERCGRP HSVIRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVKKAS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14B

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分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.597224 KDa
配列文字列:
MAITQERKNQ LINEFKTHES DTGSPEVQIA ILTDSINNLN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GKRRNLLTYL RNKDVTRYRE LINKLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

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分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.153833 KDa
配列文字列:
MAVKIRLKRM GAKKSPFYRI VVADSRSPRD GRFIETVGTY NPVAKPAEVK IDEELALKWL QTGAKPSDTV RNLFSSQGIM EKFHNAKQG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

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分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.220979 KDa
配列文字列:
MSERNQRKVY QGRVVSDKMD KTITVVVETY KKHTLYGKRV KYSKKFKAHD ENNQAKIGDI VKIMETRPLS ATKRFRLVEV VEEAVII

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

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分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 8.990613 KDa
配列文字列:
MAGGRRGGRA KRRKVCYFTS NGITHIDYKD VDLLKKFVSE RGKILPRRVT GTNAKYQRKL TAAIKRARQM ALLPYVSGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

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分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 10.607309 KDa
配列文字列:
MARSLKKGPF VDGHLMTKIE KLNETDKKQV VKTWSRRSTI FPQFIGHTIA VYDGRKHVPV FISEDMVGHK LGEFAPTRTY KGHASDDKK TRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

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分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 9.622217 KDa
配列文字列:
MPNIKSAIKR TKTNNERRVH NATIKSAMRT AIKQVEASVA NNEADKAKTA LTEAAKRIDK AVKTGLVHKN TAARYKSRLA KKVNGLSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

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分子 #52: TELITHROMYCIN

分子名称: TELITHROMYCIN / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 1 / 式: TEL
分子量理論値: 812.004 Da
Chemical component information

ChemComp-TEL:
TELITHROMYCIN / テリスロマイシン / 抗生剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 1.425 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 68652
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j9w


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ha1:
Cryo-EM structure of a 70S Bacillus subtilis ribosome translating the ErmD leader peptide in complex with telithromycin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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