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- EMDB-0093: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0093
タイトルStructure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel
マップデータCryosparc sharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4
    • タンパク質・ペプチド: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
キーワードION CHANNEL / PACEMAKER CURRENT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of SA node cell action potential ...voltage-gated potassium channel activity involved in SA node cell action potential depolarization / sinoatrial node development / HCN channels / regulation of cardiac muscle cell action potential involved in regulation of contraction / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / HCN channel complex / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / regulation of SA node cell action potential / regulation of membrane depolarization / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / sodium ion import across plasma membrane / blood circulation / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / monoatomic cation transport / voltage-gated potassium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / cAMP binding / cellular response to cAMP / muscle contraction / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / regulation of membrane potential / axon / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain ...Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shintre CA / Pike ACW
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
European CommissionIMI 115766 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel
著者: Shintre CA / Pike ACW / Tessitore A / Young M / Bushell SR / Strain-Damerell C / Mukhopadhyay S / Burgess-Brown NA / Huiskonen JT / Arrowsmith CH / Edwards AM / Bountra C / Carpenter EP
履歴
登録2018年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gyn
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 220 pix.
= 294.8 Å		1.34 Å/pix.
x 220 pix.
= 294.8 Å		1.34 Å/pix.
x 220 pix.
= 294.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大-1.7871399 - 3.5708299
平均 (標準偏差)0.010690355 (±0.13185814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 294.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.800294.800294.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-1.7873.5710.011

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0093_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Cryosparc unsharpened map

ファイルemd_0093_additional.map
注釈Cryosparc unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1

ファイルemd_0093_half_map_1.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map2

ファイルemd_0093_half_map_2.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...

全体名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4
    • タンパク質・ペプチド: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

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超分子 #1: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...

超分子名称: Potassium/Sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 4
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-ga...

分子名称: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.836754 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SMLPEAEVRL GQAGFMQRQF GAMLQPGVNK FSLRMFGSQK AVEREQERVK SAGFWIIHPY SDFRFYWDLT MLLLMVGNLI IIPVGITFF KDENTTPWIV FNVVSDTFFL IDLVLNFRTG IVVEDNTEII LDPQRIKMKY LKSWFMVDFI SSIPVDYIFL I VETRIDSE ...文字列:
SMLPEAEVRL GQAGFMQRQF GAMLQPGVNK FSLRMFGSQK AVEREQERVK SAGFWIIHPY SDFRFYWDLT MLLLMVGNLI IIPVGITFF KDENTTPWIV FNVVSDTFFL IDLVLNFRTG IVVEDNTEII LDPQRIKMKY LKSWFMVDFI SSIPVDYIFL I VETRIDSE VYKTARALRI VRFTKILSLL RLLRLSRLIR YIHQWEEIFH MTYDLASAVV RIVNLIGMML LLCHWDGCLQ FL VPMLQDF PDDCWVSINN MVNNSWGKQY SYALFKAMSH MLCIGYGRQA PVGMSDVWLT MLSMIVGATC YAMFIGHATA LIQ SLDSSR RQYQEKYKQV EQYMSFHKLP PDTRQRIHDY YEHRYQGKMF DEESILGELS EPLREEIINF NCRKLVASMP LFAN ADPNF VTSMLTKLRF EVFQPGDYII REGTIGKKMY FIQHGVVSVL TKGNKETKLA DGSYFGEICL LTRGRRTASV RADTY CRLY SLSVDNFNEV LEEYPMMRRA FETVALDRLD RIGKKNS

UniProtKB: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 4

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分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #3: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chlorideNaCl
0.02 %DDM
0.002 %Cholesteryl hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotted for 5.5s before plunge.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細EBIC TITAN KRIOS M02
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1294 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 48.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 37313
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were motioncorrected and dose-weighted with MOTIONCOR2
粒子像選択選択した数: 157681
詳細: Picking with templates derived from manually picked particles
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5) / 使用した粒子像数: 25764
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1-beta-0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1-beta-0)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 5324 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1-beta-0) / 詳細: Static classification with C4 symmetry imposed
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model refined against the cryosparc b-factor sharpened map using default restraints
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6gyn:
Structure of human HCN4 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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