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万見
- EMDB-0045: Negative stain EM map of the inner membrane protein GspF (XcpS) o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0045
タイトルNegative stain EM map of the inner membrane protein GspF (XcpS) of the bacterial type II secretion system
マップデータFinal map after 3D refinement (Relion) low-pass filtered to 2nm.
試料
  • 複合体: fusion protein of the His-HaloTag and XcpS
    • タンパク質・ペプチド: His-HaloTag-XcpS
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Van Putte W / Savvides S
資金援助 ベルギー, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - FlandersIWT-Flanders ベルギー
Research Foundation - FlandersGOA ベルギー
German Research FoundationSofja Kovalevskaja Award ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The inner membrane protein GspF of the bacterial type II secretion system adopts a dimeric structure to mediate pseudopilus biogenesis
著者: Van Putte W / Savvides S / Kudryashev M / De Vos T
履歴
登録2018年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map after 3D refinement (Relion) low-pass filtered to 2nm.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.29 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0175
最小 - 最大-0.015363826 - 0.05337277
平均 (標準偏差)0.0005494566 (±0.005350336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 229.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : fusion protein of the His-HaloTag and XcpS

全体名称: fusion protein of the His-HaloTag and XcpS
要素
  • 複合体: fusion protein of the His-HaloTag and XcpS
    • タンパク質・ペプチド: His-HaloTag-XcpS

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超分子 #1: fusion protein of the His-HaloTag and XcpS

超分子名称: fusion protein of the His-HaloTag and XcpS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: His-HaloTag-XcpS

分子名称: His-HaloTag-XcpS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAHHHHHHGS EIGTGFPFD P HYVEVLGE RM HYVDVGP RDG TPVLFL HGNP TSSYV WRNII PHVA PTHRCI APD LIGMGKS DK PDLGYFFD D HVRFMDAFI EALGLEEVVL VIHDWGSAL G FHWAKRNP ER VKGIAFM EFI RPIPTW DEWP EFARE ...文字列:
MAHHHHHHGS EIGTGFPFD P HYVEVLGE RM HYVDVGP RDG TPVLFL HGNP TSSYV WRNII PHVA PTHRCI APD LIGMGKS DK PDLGYFFD D HVRFMDAFI EALGLEEVVL VIHDWGSAL G FHWAKRNP ER VKGIAFM EFI RPIPTW DEWP EFARE TFQAF RTTD VGRKLI IDQ NVFIEGT LP MGVVRPLT E VEMDHYREP FLNPVDREPL WRFPNELPI A GEPANIVA LV EEYMDWL HQS PVPKLL FWGT PGVLI PPAEA ARLA KSLPNC KAV DIGPGLN LL QEDNPDLI G SEIARWLST LGSSGLEVLF QGPGLSARD L ALVTRQLA TL VQAALPI EEA LRAAAA QSTS QRIQS MLLAV RAKV LEGHSL AGS LREFPTA FP ELYRATVA A GEHAGHLGP VLEQLADYTE QRQQSRQKI Q LALLYPVI LM VASLAIV GFL LGYVVP DVVR VFIDS GQTLP LLTR VLIGVS DWV KAWGALA FV AAIGGVIG F RYALRKDAF RERWHGFLLR VPLVGRLVR S TDTARFAS TL AILTRSG VPL VEALAI AAEV IANRI IRNEV VKAA QKVREG ASL TRSLEAT GQ FPPMMLHM I ASGERSGEL DQMLARTARN QENDLAAQI G LMVGLFEP FM LIFMGAV VLV IVLAIL LPIL SLNQL VG

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2522
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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