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- EMDB-0010: The baseplate complex from the type VI secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0010
タイトルThe baseplate complex from the type VI secretion system
マップデータ
試料
  • 細胞: Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secretion system baseplate
    • タンパク質・ペプチド: TssG
    • タンパク質・ペプチド: TssK
キーワードSecretion / baseplate / complex / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / Type VI secretion system TssK / Type VI secretion system baseplate subunit TssG / Type VI secretion system protein ImpH / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Rapisarda C / Fronzes R
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion baseplate.
著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi ...著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi Fronzes / Eric Durand /
要旨: To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among ...To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among these multiprotein complexes, the type VI secretion system (T6SS) is a contractile nanomachine that targets both prokaryotic and eukaryotic cells. The T6SS comprises two functional subcomplexes: a bacteriophage-related tail structure anchored to the cell envelope by a membrane complex. As in other contractile injection systems, the tail is composed of an inner tube wrapped by a sheath and built on the baseplate. In the T6SS, the baseplate is not only the tail assembly platform, but also docks the tail to the membrane complex and hence serves as an evolutionary adaptor. Here we define the biogenesis pathway and report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the wedge protein complex of the T6SS from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). Using an integrative approach, we unveil the molecular architecture of the whole T6SS baseplate and its interaction with the tail sheath, offering detailed insights into its biogenesis and function. We discuss architectural and mechanistic similarities but also reveal key differences with the T4 phage and Mu phage baseplates.
履歴
登録2018年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0010.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 450 pix.
= 495. Å		1.1 Å/pix.
x 450 pix.
= 495. Å		1.1 Å/pix.
x 450 pix.
= 495. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-13.500279000000001 - 32.492694999999998
平均 (標準偏差)0.000000000000366 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 495.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secreti...

全体名称: Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secretion system baseplate
要素
  • 細胞: Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secretion system baseplate
    • タンパク質・ペプチド: TssG
    • タンパク質・ペプチド: TssK

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超分子 #1: Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secreti...

超分子名称: Complex of TssK, TssF and TssG, components of the type VI secretion system baseplate
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: TssG

分子名称: TssG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.983488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL GLARLGIPGC AQNIATPVSR FLALLPLML LPGRTAEGLT SLVTLLAPGT QARVWHHDRR RIPLKTPLTM RVHHPVSLKS RPVMGDHATD VNGQVLLQLS T QTGSEVQG ...文字列:
MPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL GLARLGIPGC AQNIATPVSR FLALLPLML LPGRTAEGLT SLVTLLAPGT QARVWHHDRR RIPLKTPLTM RVHHPVSLKS RPVMGDHATD VNGQVLLQLS T QTGSEVQG WLPGGHLYSD LLALLHVYLG SRLDVRLQLC VERSLLPDAR LSCRPAAGSP QLGRTAVMRT QAKITTSAAR VM TISLGRY QRVQEHYQRK ETQENGDYRW

UniProtKB: Type VI secretion system protein ImpH

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分子 #2: TssK

分子名称: TssK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 49.999223 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT ...文字列:
MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT RLVRDAQGQW CRDPRFIPPL LTLSASPSLM TELLELLHHL QARRQRLMSM RRENNARLAD FAVADVSLFW LL NALNSAE PVLKELLDMP YRHPELLYRE LARLAGSLLT FSLEHNVDAV PAYHHETPEN VFPPLLSLLN RLLEASLPSR VVF IELKQK GVMWEGALHD ARLREGADFW LSVRSSMPGH ELQTKFPQLC KAGSPDDVSE VVNVALSGVI IRPVTHVPAA IPLR LENQY FALDLSTDAA RAMLDAGRCT FYTPASLGDV KLELFAVLRT

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 32504
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6gj3:
The baseplate complex from the type VI secretion system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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