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万見
- SASDGY4: Beta-amylase 2, chloroplastic (AtBAM2) (Beta-amylase 2, chloropla... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGY4
試料Beta-amylase 2, chloroplastic (AtBAM2)
  • Beta-amylase 2, chloroplastic (protein), BAM2, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / : / chloroplast stroma / polysaccharide catabolic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 14B, plant / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-amylase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
引用日付: 2019 Aug 30
タイトル: Solution structure and assembly of β-amylase 2 from Arabidopsis thaliana
著者: Chandrasekharan N / Ravenburg C / Roy I / Monroe J
登録者
  • Christopher Berndsen (James Madison University, Harrisonburg, Virginia, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3698
タイプ: atomic / カイ2乗値: 8.96285214274195
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モデル #3699
タイプ: dummy / 対称性: P222 / カイ2乗値: 1.311
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モデル #3700
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r10552)) / カイ2乗値: 2.189
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試料

試料名称: Beta-amylase 2, chloroplastic (AtBAM2) / 試料濃度: 1.65-2.75
バッファ名称: 50 mM HEPES / pH: 7.5
要素 #1874名称: BAM2 / タイプ: protein / 記述: Beta-amylase 2, chloroplastic / 分子量: 57.141 / 分子数: 4 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: O65258
配列: MGSSHHHHHH SQDPAESTEE DRVPIDDDDD STDQLVDEEI VHFEERDFAG TACVPVYVML PLGVIDMNSE VVEPEELLDQ LRTLKSVNVD GVMVDCWWGI VESHTPQVYN WSGYKKLFQM IRELGLKIQV VMSFHECGGN VGDDVHIQIP EWVREIGQSN PDIYFTDSAG ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPAESTEE DRVPIDDDDD STDQLVDEEI VHFEERDFAG TACVPVYVML PLGVIDMNSE VVEPEELLDQ LRTLKSVNVD GVMVDCWWGI VESHTPQVYN WSGYKKLFQM IRELGLKIQV VMSFHECGGN VGDDVHIQIP EWVREIGQSN PDIYFTDSAG RRNTECLTWG IDKQRVLRGR TALEVYFDYM RSFRVEFDEF FEEKIIPEIE VGLGPCGELR YPSYPAQFGW KYPGIGEFQC YDKYLMNSLK EAAEVRGHSF WGRGPDNTET YNSTPHGTGF FRDGGDYDSY YGRFFLNWYS RVLIDHGDRV LAMANLAFEG TCIAAKLSGI HWWYKTASHA AELTAGFYNS SNRDGYGPIA AMFKKHDAAL NFTCVELRTL DQHEDFPEAL ADPEGLVWQV LNAAWDASIP VASENALPCY DREGYNKILE NAKPLTDPDG RHLSCFTYLR LNPTLMESQN FKEFERFLKR MHGEAVPDLG LAPGTQETNP E

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Beta-amylase 2, chloroplastic (AtBAM2) / 測定日: 2019年6月11日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.3 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0142 0.3977
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 442 /
MinMax
Q0.018675 0.264485
P(R) point1 442
R0 126
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: We expressed Arabidopsis thaliana AtBAM2 in E. coli BL21 cells from a pETDuet-1 expression vector with an N-terminal 6-His tag as constructed by (Monroe et al., 2017, 2018). We induced ...コメント: We expressed Arabidopsis thaliana AtBAM2 in E. coli BL21 cells from a pETDuet-1 expression vector with an N-terminal 6-His tag as constructed by (Monroe et al., 2017, 2018). We induced AtBAM2 expression in BL21 E coli at OD600 with 0.3 mM IPTG in 2xYT broth with 60 µg/ml ampicillin at 30 oC overnight. Cells were lysed and sonicated in a buffer containing 50 mM NaH2PO4, pH 8, 500 mM NaCl, and 2 mM imidazole. The supernatant was loaded onto a TALON cobalt column using an AKTA Start and washed with a buffer containing 50 mM HEPES pH 8, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM TCEP, and 40 mM imidazole. The protein was then eluted with buffer containing 50 mM HEPES pH 8, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM TCEP, and 500 mM imidazole. Pure protein, as determined by a band present at ∼50 kDa on a 4–20% Tris‐Glycine gel stained with Coomassie Blue, was concentrated in a Spin‐X UF concentrator with a 5000 MWCO. The concentrated protein was then further purified using a HiLoad 16/60 column filled with Superdex 200 in 50 mM HEPES, pH 7. Pure protein based on SDS-PAGE was concentrated as before and the concentration of protein was determined via absorbance at 280 nm using an extinction coefficient of 94310 M−1 cm−1 which was calculated from the sequence using ProtParam (Gasteiger et al., 2005) Matching buffer exposures were collected before and after samples to ensure there was no difference in the scattering due to contamination of the sample cell. Scattering data were subtracted from buffer and then processed in PRIMUS (ATSAS 2.8.4 r10553) to create an average data file (Konarev et al., 2003). Data were analyzed using PRIMUS, GNOM, and SCÅTTER (v3.0g) to determine dimensions and create a merged data file from the two data sets at 30 and 50 µM AtBAM2 (Konarev et al., 2003). We then used the merged data file in DAMMIF (v1.1.2) and DAMMIN (v5.3) to generate the dummy-atom model and aligned the result to the all-atom structure using SASTBX (Svergun, 1992, 1999; Svergun et al., 2001; Franke & Svergun, 2009; Liu et al., 2012). Dummy atom models from different methods were aligned and visualized using YASARA Structure (Krieger et al., 2009).
実験値Porod
分子量208 kDa-
体積-308 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I037.6 0.04 36.82 0.014
慣性半径, Rg 4.26 nm0.03 4.213 nm0.02

MinMax
D-12.6
Guinier point9 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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