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万見
- SASDGP2: Thymine dioxygenase full length J-DNA binding protein (JBP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGP2
試料Thymine dioxygenase full length J-DNA binding protein (JBP1)
  • Thymine dioxygenase JBP1 (protein), JBP1, Leishmania tarentolae
機能・相同性
機能・相同性情報


thymine dioxygenase / thymine dioxygenase activity / base J metabolic process / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thymine dioxygenase JBP1, DNA-binding domain / JBP1, DNA-binding domain superfamily / Thymine dioxygenase JBP1 DNA-binding domain / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Thymine dioxygenase JBP1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania tarentolae (真核生物)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: The domain architecture of the protozoan protein J-DNA-binding protein 1 suggests synergy between base J DNA binding and thymidine hydroxylase activity.
著者: Athanassios Adamopoulos / Tatjana Heidebrecht / Jeroen Roosendaal / Wouter G Touw / Isabelle Q Phan / Jos Beijnen / Anastassis Perrakis /
要旨: J-DNA-binding protein 1 (JBP1) contributes to the biosynthesis and maintenance of base J (β-d-glucosyl-hydroxymethyluracil), an epigenetic modification of thymidine (T) confined to pathogenic ...J-DNA-binding protein 1 (JBP1) contributes to the biosynthesis and maintenance of base J (β-d-glucosyl-hydroxymethyluracil), an epigenetic modification of thymidine (T) confined to pathogenic protozoa such as and JBP1 has two known functional domains: an N-terminal T hydroxylase (TH) homologous to the 5-methylcytosine hydroxylase domain in TET proteins and a J-DNA-binding domain (JDBD) that resides in the middle of JBP1. Here, we show that removing JDBD from JBP1 results in a soluble protein (Δ-JDBD) with the N- and C-terminal regions tightly associated together in a well-ordered structure. We found that this Δ-JDBD domain retains TH activity but displays a 15-fold lower apparent rate of hydroxylation compared with JBP1. Small-angle X-ray scattering (SAXS) experiments on JBP1 and JDBD in the presence or absence of J-DNA and on Δ-JDBD enabled us to generate low-resolution three-dimensional models. We conclude that Δ-JDBD, and not the N-terminal region of JBP1 alone, is a distinct folding unit. Our SAXS-based model supports the notion that binding of JDBD specifically to J-DNA can facilitate T hydroxylation 12-14 bp downstream on the complementary strand of the J-recognition site. We postulate that insertion of the JDBD module into the Δ-JDBD scaffold during evolution provided a mechanism that synergized J recognition and T hydroxylation, ensuring inheritance of base J in specific sequence patterns following DNA replication in kinetoplastid parasites.
登録者
  • Nassos Adamopoulos (Netherlands Cancer Institute, Amsterdam, Netherlands)

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モデル

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試料

試料名称: Thymine dioxygenase full length J-DNA binding protein (JBP1)
試料濃度: 8.7 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #894名称: JBP1 / タイプ: protein / 記述: Thymine dioxygenase JBP1 / 分子量: 93.482 / 分子数: 1 / 由来: Leishmania tarentolae / 参照: UniProt: Q9U6M1
配列: GPGEPDSKKV KLDIFNFPTT RETRTPEEVA ESYAEAVKSH PFYDNVHSVV DFYDSGTIKD GRGQIIGVVL REALPKYAAS MASELLTSAA VRTSLRSMMF GGEPPLSGIA GYFDYRGSPV ELKSRKTSFT YEHEAAWPAV FPVVDYVSEI YRHVAPERWK AQNDAIPDLV ...配列:
GPGEPDSKKV KLDIFNFPTT RETRTPEEVA ESYAEAVKSH PFYDNVHSVV DFYDSGTIKD GRGQIIGVVL REALPKYAAS MASELLTSAA VRTSLRSMMF GGEPPLSGIA GYFDYRGSPV ELKSRKTSFT YEHEAAWPAV FPVVDYVSEI YRHVAPERWK AQNDAIPDLV RIHGTPFSTL TINSRFRTAS HTDVGDFDAG YSCIACLDGQ FKGLALSFDD FGINVLLQPR DVMIFDSHHF HSNTEVELSF SGEDWKRLTC VFYYRAALGE PASYAEYQRR LEKSKTDTRF TPVVHHVRVK ENGTSVNRPS PVYPISQSPF WVPMVAHCLQ HCASAAQCVH EAMTADGSRL AEMMFGESLS TSDGIPLRGE DEKVKANGDS TPRPLSRLGG FSETNLMVST AVEKKKYLDS EFLLHCISAQ LLDMWKQARA RWLELVGKEW AHMLALNPER KDFLWKNQSE MNSAFFDLCE VGKQVMLGLL GKEVALPKEE QAFWIMYAVH LSAACAEELH MPEVAMSLRK LNVKLKDFNF GGTRYFKDMP PEEKKRRMER KQRIEEARRH GMPSGSHEKR ANWLTNDSFD YQTEDCVIDY AQHKWVLPAL HAKEVTKTVR TGELPTTERV VRVLVVIPDP QSKLENVDCK LEVPDMVGSS SEWERLMSSP AVHRVLSAAQ RNLQLPDSVT HGNVQTHFAF HSTLPTDIYD FVVLQHVLSR IPDDAQASAY IRRAAALCSG CLFVVETDVQ CRQYYTLKYS IRCSYDTVAP LFFQQLHRVC YGTKTARVRT KGELESLIPT VCCARYKLQG SPLNTTVHVV SPFPSCEVQN LSSALCDRA

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.872 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Thymine dioxygenase full length J-DNA binding protein (JBP1)
測定日: 2016年2月21日 / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 35 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0753 4.9448
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 877 /
MinMax
Q0.183715 4.31309
P(R) point1 877
R0 12
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量98.7 kDa80 kDa
体積-128 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I028.58 28.13 0.018
慣性半径, Rg 3.55 nm3.42 nm0.02

MinMax
D-12
Guinier point24 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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