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- SASDGE4: Mixed lineage leukemia protein-1 complex, MLL1-WDR5-ASH2L-RBBP5(2-480) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGE4
試料Mixed lineage leukemia protein-1 complex, MLL1-WDR5-ASH2L-RBBP5(2-480)
  • Histone-lysine N-methyltransferase 2A (protein), MLL1KMT2A, Homo sapiens
  • WD repeat-containing protein 5 (protein), WDR5, Homo sapiens
  • Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 (protein), ASH2L, Homo sapiens
  • Retinoblastoma-binding protein 5 (protein), RBBP5, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex ...protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / T-helper 2 cell differentiation / ATAC complex / definitive hemopoiesis / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / embryonic hemopoiesis / exploration behavior / anterior/posterior pattern specification / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / 脱分極 / regulation of embryonic development / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase complex / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of gluconeogenesis / homeostasis of number of cells within a tissue / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / spleen development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / methylated histone binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / post-embryonic development / skeletal system development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / 糖新生 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / circadian regulation of gene expression / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / protein modification process / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Neddylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / histone binding / fibroblast proliferation / メチル化 / protein-containing complex assembly / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain ...Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET domain profile. / SET domain / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5 / Histone-lysine N-methyltransferase 2A / Retinoblastoma-binding protein 5 / Isoform 3 of Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: The internal interaction in RBBP5 regulates assembly and activity of MLL1 methyltransferase complex.
著者: Jianming Han / Tingting Li / Yanjing Li / Muchun Li / Xiaoman Wang / Chao Peng / Chen Su / Na Li / Yiwen Li / Ying Xu / Yong Chen /
要旨: The Mixed Lineage Leukemia protein 1 (MLL1) plays an essential role in the maintenance of the histone H3 lysine 4 (H3K4) methylation status for gene expression during differentiation and development. ...The Mixed Lineage Leukemia protein 1 (MLL1) plays an essential role in the maintenance of the histone H3 lysine 4 (H3K4) methylation status for gene expression during differentiation and development. The methyltransferase activity of MLL1 is regulated by three conserved core subunits, WDR5, RBBP5 and ASH2L. Here, we determined the structure of human RBBP5 and demonstrated its role in the assembly and regulation of the MLL1 complex. We identified an internal interaction between the WD40 propeller and the C-terminal distal region in RBBP5, which assisted the maintenance of the compact conformation of the MLL1 complex. We also discovered a vertebrate-specific motif in the C-terminal distal region of RBBP5 that contributed to nucleosome recognition and methylation of nucleosomes by the MLL1 complex. Our results provide new insights into functional conservation and evolutionary plasticity of the scaffold protein RBBP5 in the regulation of KMT2-family methyltransferase complexes.
登録者
  • Jianming Han (Shanghai Institue of Biochemistry and Cell biology, Chinese Academy of Sciences)

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モデル

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試料

試料名称: Mixed lineage leukemia protein-1 complex, MLL1-WDR5-ASH2L-RBBP5(2-480)
試料濃度: 2 mg/ml / Entity id: 1862 / 1863 / 1864 / 1865
バッファ名称: 300 mM NaCl, 25mM Tris-HCl, 4% glycerol, 1 mM TCEP / pH: 8 / コメント: degassing treatment
要素 #1862名称: MLL1KMT2A / タイプ: protein / 記述: Histone-lysine N-methyltransferase 2A / 分子量: 24.927 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q03164
配列: NEPPLNPHGS ARAEVHLRKS AFDMFNFLAS KHRQPPEYNP NDEEEEEVQL KSARRATSMD LPMPMRFRHL KKTSKEAVGV YRSPIHGRGL FCKRNIDAGE MVIEYAGNVI RSIQTDKREK YYDSKGIGCY MFRIDDSEVV DATMHGNAAR FINHSCEPNC YSRVINIDGQ ...配列:
NEPPLNPHGS ARAEVHLRKS AFDMFNFLAS KHRQPPEYNP NDEEEEEVQL KSARRATSMD LPMPMRFRHL KKTSKEAVGV YRSPIHGRGL FCKRNIDAGE MVIEYAGNVI RSIQTDKREK YYDSKGIGCY MFRIDDSEVV DATMHGNAAR FINHSCEPNC YSRVINIDGQ KHIVIFAMRK IYRGEELTYD YKFPIEDASN KLPCNCGAKK CRKFLN
要素 #1863名称: WDR5 / タイプ: protein / 記述: WD repeat-containing protein 5 / 分子量: 34.26 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P61964
配列: ATQSKPTPVK PNYALKFTLA GHTKAVSSVK FSPNGEWLAS SSADKLIKIW GAYDGKFEKT ISGHKLGISD VAWSSDSNLL VSASDDKTLK IWDVSSGKCL KTLKGHSNYV FCCNFNPQSN LIVSGSFDES VRIWDVKTGK CLKTLPAHSD PVSAVHFNRD GSLIVSSSYD ...配列:
ATQSKPTPVK PNYALKFTLA GHTKAVSSVK FSPNGEWLAS SSADKLIKIW GAYDGKFEKT ISGHKLGISD VAWSSDSNLL VSASDDKTLK IWDVSSGKCL KTLKGHSNYV FCCNFNPQSN LIVSGSFDES VRIWDVKTGK CLKTLPAHSD PVSAVHFNRD GSLIVSSSYD GLCRIWDTAS GQCLKTLIDD DNPPVSFVKF SPNGKYILAA TLDNTLKLWD YSKGKCLKTY TGHKNEKYCI FANFSVTGGK WIVSGSEDNL VYIWNLQTKE IVQKLQGHTD VVISTACHPT ENIIASAALE NDKTIKLWKS DC
要素 #1864名称: ASH2L / タイプ: protein
記述: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
分子量: 60.207 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UBL3-3
配列: MDTQAGSVDE ENGRQLGEVE LQCGICTKWF TADTFGIDTS SCLPFMTNYS FHCNVCHHSG NTYFLRKQAN LKEMCLSALA NLTWQSRTQD EHPKTMFSKD KDIIPFIDKY WECMTTRQRP GKMTWPNNIV KTMSKERDVF LVKEHPDPGS KDPEEDYPKF GLLDQDLSNI ...配列:
MDTQAGSVDE ENGRQLGEVE LQCGICTKWF TADTFGIDTS SCLPFMTNYS FHCNVCHHSG NTYFLRKQAN LKEMCLSALA NLTWQSRTQD EHPKTMFSKD KDIIPFIDKY WECMTTRQRP GKMTWPNNIV KTMSKERDVF LVKEHPDPGS KDPEEDYPKF GLLDQDLSNI GPAYDNQKQS SAVSTSGNLN GGIAAGSSGK GRGAKRKQQD GGTTGTTKKA RSDPLFSAQR LPPHGYPLEH PFNKDGYRYI LAEPDPHAPD PEKLELDCWA GKPIPGDLYR ACLYERVLLA LHDRAPQLKI SDDRLTVVGE KGYSMVRASH GVRKGAWYFE ITVDEMPPDT AARLGWSQPL GNLQAPLGYD KFSYSWRSKK GTKFHQSIGK HYSSGYGQGD VLGFYINLPE DTETAKSLPD TYKDKALIKF KSYLYFEEKD FVDKAEKSLK QTPHSEIIFY KNGVNQGVAY KDIFEGVYFP AISLYKSCTV SINFGPCFKY PPKDLTYRPM SDMGWGAVVE HTLADVLYHV ETEVDGRRSP PWEP
要素 #1865名称: RBBP5 / タイプ: protein / 記述: Retinoblastoma-binding protein 5 / 分子量: 52.962 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15291
配列: NLELLESFGQ NYPEEADGTL DCISMALTCT FNRWGTLLAV GCNDGRIVIW DFLTRGIAKI ISAHIHPVCS LCWSRDGHKL VSASTDNIVS QWDVLSGDCD QRFRFPSPIL KVQYHPRDQN KVLVCPMKSA PVMLTLSDSK HVVLPVDDDS DLNVVASFDR RGEYIYTGNA ...配列:
NLELLESFGQ NYPEEADGTL DCISMALTCT FNRWGTLLAV GCNDGRIVIW DFLTRGIAKI ISAHIHPVCS LCWSRDGHKL VSASTDNIVS QWDVLSGDCD QRFRFPSPIL KVQYHPRDQN KVLVCPMKSA PVMLTLSDSK HVVLPVDDDS DLNVVASFDR RGEYIYTGNA KGKILVLKTD SQDLVASFRV TTGTSNTTAI KSIEFARKGS CFLINTADRI IRVYDGREIL TCGRDGEPEP MQKLQDLVNR TPWKKCCFSG DGEYIVAGSA RQHALYIWEK SIGNLVKILH GTRGELLLDV AWHPVRPIIA SISSGVVSIW AQNQVENWSA FAPDFKELDE NVEYEERESE FDIEDEDKSE PEQTGADAAE DEEVDVTSVD PIAAFCSSDE ELEDSKALLY LPIAPEVEDP EENPYGPPPD AVQTSLMDEG ASSEKKRQSS ADGSQPPKKK PKTTNIELQG VPNDEVHPLL GVKGDGKSK

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実験情報

ビーム設備名称: Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF) BL19U2
地域: Shanghai / 国: China / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.0918 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.415 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Mixed lineage leukemia protein-1 complex, MLL1-WDR5-ASH2L-RBBP5(2-480)
測定日: 2019年6月22日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0077 0.4732
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 454 /
MinMax
Q0.007969 0.4729
P(R) point1 454
R0 152.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量158.4 kDa-
体積-256 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.06605 0.0669 0.00023
慣性半径, Rg 4.96 nm4.983 nm0.062

MinMax
D-15.25
Guinier point5 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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