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万見
- SASDFR8: Bovine serum albumin, purified dimer - SEC-SAXS coupled to multia... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFR8
試料Bovine serum albumin, purified dimer - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
  • Bovine serum albumin (protein), BSA, Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...enterobactin binding / cellular response to calcium ion starvation / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
登録者
  • Melissa Graewert
  • Cy M Jeffries

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3520
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.05 / P-value: 0.184874
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #3524
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 4.375
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Bovine serum albumin, purified dimer - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2% v/v glycerol, / pH: 7 / コメント: Running buffer for SEC-SAXS
要素 #1309名称: BSA / タイプ: protein / 記述: Bovine serum albumin / 分子量: 66.432 / 分子数: 2 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P02769
配列: DTHKSEIAHR FKDLGEEHFK GLVLIAFSQY LQQCPFDEHV KLVNELTEFA KTCVADESHA GCEKSLHTLF GDELCKVASL RETYGDMADC CEKQEPERNE CFLSHKDDSP DLPKLKPDPN TLCDEFKADE KKFWGKYLYE IARRHPYFYA PELLYYANKY NGVFQECCQA ...配列:
DTHKSEIAHR FKDLGEEHFK GLVLIAFSQY LQQCPFDEHV KLVNELTEFA KTCVADESHA GCEKSLHTLF GDELCKVASL RETYGDMADC CEKQEPERNE CFLSHKDDSP DLPKLKPDPN TLCDEFKADE KKFWGKYLYE IARRHPYFYA PELLYYANKY NGVFQECCQA EDKGACLLPK IETMREKVLA SSARQRLRCA SIQKFGERAL KAWSVARLSQ KFPKAEFVEV TKLVTDLTKV HKECCHGDLL ECADDRADLA KYICDNQDTI SSKLKECCDK PLLEKSHCIA EVEKDAIPEN LPPLTADFAE DKDVCKNYQE AKDAFLGSFL YEYSRRHPEY AVSVLLRLAK EYEATLEECC AKDDPHACYS TVFDKLKHLV DEPQNLIKQN CDQFEKLGEY GFQNALIVRY TRKVPQVSTP TLVEVSRSLG KVGTRCCTKP ESERMPCTED YLSLILNRLC VLHEKTPVSE KVTKCCTESL VNRRPCFSAL TPDETYVPKA FDEKLFTFHA DICTLPDTEK QIKKQTALVE LLKHKPKATE EQLKTVMENF VAFVDKCCAA DDKEACFAVE GPKLVVSTQT ALA

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.123982 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Bovine serum albumin, purified dimer - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
測定日: 2019年4月5日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 25 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1338 6.7984
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1684 /
MinMax
Q0.136558 4.78876
P(R) point1 1684
R0 13.2
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: BSA dimer underwent pre-purification prior to SEC-SAXS using the following method. All procedures were performed at 4 oC. Protein powder (Sigma) consisting of BSA monomers, dimers, ...コメント: BSA dimer underwent pre-purification prior to SEC-SAXS using the following method. All procedures were performed at 4 oC. Protein powder (Sigma) consisting of BSA monomers, dimers, trimers and higher MW species was made to approximately 25 mg/ml in 25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 5 mM urea, 1% v/v glycerol, pH 7. Approximately 200 μl of sample were loaded onto a Superdex 200 Increase 10/300 column (GE Healthcare) equilibrated in the same buffer (flow rate = 0.4 ml/min). Fractionated aliquots corresponding to the minor dimer peak (estimated using UV A280 and UV A245 nm) were pooled and concentrated (30 kDa centrifuge spin filter) to a final concentration of 5 mg/ml (the concentration was determined from triplicate UV A280 measurements using an E0.1% of 0.646 (= 1 g/l) calculated from the amino acid sequence (ProtParam)). Approximately 50 μl aliquots were snap-frozen in liquid nitrogen then stored at -80oC prior to the SEC-SAXS analysis that was performed at room temperature in 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2% v/v glycerol, pH 7. The Rg-correlation through the SEC-SAXS peak, the individual unsubtracted SEC-SAXS frames as well as the results from coupled MALLS and QELS analysis are included in the full entry zip archive. The quoted experimental molecular weight was determined using MALLS in combination with refractive-index (RI) measurements that were recorded from the same sample eluting from the column using a split-flow SEC-SAXS-light scattering configuration (Graewert et al., (2015) Sci. Reports. 5, 10734: doi: 10.1038/srep10734). The average hydrodynamic radius of the protein is 4.6 nm.
実験値Porod
分子量126 kDa132 kDa
体積-211 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I012430 12356 9
慣性半径, Rg 4.012 nm3.95 nm-

MinMax
D-13.2
Guinier point1 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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