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万見
- SASDFE3: Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutant (FLNa4-6 V711D) at 4 mg/ml -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFE3
試料Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutant (FLNa4-6 V711D) at 4 mg/ml
  • Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutation (protein), FLNa4-6 V711D, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / formation of radial glial scaffolds / Myb complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / blood coagulation, intrinsic pathway / OAS antiviral response / protein localization to bicellular tight junction ...regulation of membrane repolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / establishment of Sertoli cell barrier / formation of radial glial scaffolds / Myb complex / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of integrin-mediated signaling pathway / blood coagulation, intrinsic pathway / OAS antiviral response / protein localization to bicellular tight junction / actin crosslink formation / positive regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of neuron migration / tubulin deacetylation / megakaryocyte development / Cell-extracellular matrix interactions / positive regulation of platelet activation / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / apical dendrite / Fc-gamma receptor I complex binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / protein localization to cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / podosome / wound healing, spreading of cells / GP1b-IX-V activation signalling / SMAD binding / receptor clustering / cortical cytoskeleton / RHO GTPases activate PAKs / semaphorin-plexin signaling pathway / mitotic spindle assembly / cilium assembly / potassium channel regulator activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / dendritic shaft / actin filament / establishment of protein localization / negative regulation of protein catabolic process / protein sequestering activity / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / platelet aggregation / mRNA transcription by RNA polymerase II / G protein-coupled receptor binding / small GTPase binding / kinase binding / Z disc / cell-cell junction / actin filament binding / actin cytoskeleton / Platelet degranulation / growth cone / actin cytoskeleton organization / GTPase binding / DNA-binding transcription factor binding / perikaryon / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / postsynapse / protein stabilization / cadherin binding / focal adhesion / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain ...Filamin family / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Aug
タイトル: Critical Structural Defects Explain Filamin A Mutations Causing Mitral Valve Dysplasia
著者: Haataja T / Capoulade R / Lecointe S / Hellman M / Merot J / Permi P
登録者
  • Tatu Haataja (University of Jyväskylä, Jyväskylän, Finland)

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モデル

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試料

試料名称: Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutant (FLNa4-6 V711D) at 4 mg/ml
試料濃度: 4 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT / pH: 8
要素 #1500名称: FLNa4-6 V711D / タイプ: protein / 記述: Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutation / 分子量: 31.536 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P21333
配列: MSCGNQKVRA WGPGLEGGVV GKSADFVVEA IGDDVGTLGF SVEGPSQAKI ECDDKGDGSC DVRYWPQEAG EYAVHVLCNS EDIRLSPFMA DIRDAPQDFH PDRVKARGPG LEKTGVAVNK PAEFTVDAKH GGKAPLRVQD QDNEGCPVEA LVKDNGNGTY SCSYVPRKPV ...配列:
MSCGNQKVRA WGPGLEGGVV GKSADFVVEA IGDDVGTLGF SVEGPSQAKI ECDDKGDGSC DVRYWPQEAG EYAVHVLCNS EDIRLSPFMA DIRDAPQDFH PDRVKARGPG LEKTGVAVNK PAEFTVDAKH GGKAPLRVQD QDNEGCPVEA LVKDNGNGTY SCSYVPRKPV KHTAMVSWGG VSIPNSPFRV NVGAGSHPNK VKVYGPGVAK TGLKAHEPTY FTVDCAEAGQ GDVSIGIKCA PGVVGPAEAD IDFDIIRNDN DTFTVKYTPR GAGSYTIMVL FADQATPTSP IRVKVEPS

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.9 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Filamin A Ig-like domains 4-6, V711D mutant (FLNa4-6 V711D) at 4 mg/ml
測定日: 2017年2月10日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0365 4.9417
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 391 /
MinMax
Q0.1283 3.798
P(R) point20 410
R0 15
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Three-domain fragment of human Filamin A Ig-like domains 4-6 with V711D mutation (FLNa4-6 V711D) . There are two extra amino acids, Met and Ser, in the very N-terminus of the ...コメント: Three-domain fragment of human Filamin A Ig-like domains 4-6 with V711D mutation (FLNa4-6 V711D) . There are two extra amino acids, Met and Ser, in the very N-terminus of the polypeptide that have resulted from TEV-cleavage of the GST fusion tag during the protein purification.
実験値Porod
分子量30 kDa40 kDa
体積-64 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I030.81 0.03 30.77 0.05
慣性半径, Rg 4.21 nm0.01 4.07 nm0.2

MinMax
D-15
Guinier point21 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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