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万見
- SASDFD2: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFD2
試料wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
  • Human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (protein), LTGFB-1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of striated muscle tissue development / regulation of protein import into nucleus / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / Langerhans cell differentiation / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of exit from mitosis / extracellular matrix assembly / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / mammary gland branching involved in thelarche / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / retina vasculature development in camera-type eye / membrane protein intracellular domain proteolysis / response to laminar fluid shear stress / heart valve morphogenesis / positive regulation of vasculature development / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / ATP biosynthetic process / positive regulation of extracellular matrix assembly / receptor catabolic process / lens fiber cell differentiation / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of extracellular matrix disassembly / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type II transforming growth factor beta receptor binding / oligodendrocyte development / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / response to salt / type I transforming growth factor beta receptor binding / phospholipid homeostasis / positive regulation of chemotaxis / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / digestive tract development / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell-cell junction organization / response to vitamin D / positive regulation of regulatory T cell differentiation / response to cholesterol / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / negative regulation of ossification / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphate-containing compound metabolic process / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / aortic valve morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / sprouting angiogenesis / face morphogenesis / neural tube development / negative regulation of phagocytosis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuroblast proliferation / macrophage derived foam cell differentiation / lung alveolus development / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / T cell homeostasis
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Jul 1
タイトル: Structural consequences of transforming growth factor beta-1 activation from near-therapeutic X-ray doses
著者: Stachowski T / Grant T
登録者
  • Tim Stachowski (Hauptman-Woodward Medical Research Institute, New York, USA)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
試料濃度: 1 mg/ml
バッファ名称: phosphate buffered saline 2% glycerol / pH: 7.4
要素 #1478名称: LTGFB-1 / タイプ: protein / 記述: Human Latent Transforming Growth Factor beta 1 / 分子量: 42.958 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01137
配列: HHHHHHLEVL FQGPLSTSKT IDMELVKRKR IEAIRGQILS KLRLASPPSQ GEVPPGPLPE AVLALYNSTR DRVAGESAEP EPEPEADYYA KEVTRVLMVE THNEIYDKFK QSTHSIYMFF NTSELREAVP EPVLLSRAEL RLLRLKLKVE QHVELYQKYS NNSWRYLSNR ...配列:
HHHHHHLEVL FQGPLSTSKT IDMELVKRKR IEAIRGQILS KLRLASPPSQ GEVPPGPLPE AVLALYNSTR DRVAGESAEP EPEPEADYYA KEVTRVLMVE THNEIYDKFK QSTHSIYMFF NTSELREAVP EPVLLSRAEL RLLRLKLKVE QHVELYQKYS NNSWRYLSNR LLAPSDSPEW LSFDVTGVVR QWLSRGGEIE GFRLSAHCSC DSRDNTLQVD INGFTTGRRG DLATIHGMNR PFLLLMATPL ERAQHLQSSR HRRALDTNYC FSSTEKNCCV RQLYIDFRKD LGWKWIHEPK GYHANFCLGP CPYIWSLDTQ YSKVLALYNQ HNPGASAAPC CVPQALEPLP IVYYVGRKPK VEQLSNMIVR SCKCS

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
測定日: 2018年10月4日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.1 sec. / フレーム数: 49 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.012 0.4038
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 703 /
MinMax
Q0.012543 0.403785
P(R) point1 703
R0 175
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量104 kDa120 kDa
体積-200 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I06.803 6.69 0.0016
慣性半径, Rg 4.06 nm3.8 nm0.014

MinMax
D-17.5
Guinier point1 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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