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万見
- SASDEG2: Mitochondrial import inner membrane translocase complex TIM9·10 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEG2
試料Mitochondrial import inner membrane translocase complex TIM9·10 in complex with a precursor (GDP/GTP carrier (Ggc1))
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 (protein), TIM9, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
  • Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 (protein), TIM10, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
  • Mitochondrial GTP/GDP carrier protein 1 (protein), GGC1, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine nucleotide transport / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / Mitochondrial protein import / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial genome maintenance / transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space ...guanine nucleotide transport / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / Mitochondrial protein import / guanine nucleotide transmembrane transporter activity / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / mitochondrial genome maintenance / transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 / Mitochondrial GTP/GDP carrier protein 1 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Membrane Protein Chaperoning through the Mitochondrial Intermembrane Space.
著者: Katharina Weinhäupl / Caroline Lindau / Audrey Hessel / Yong Wang / Conny Schütze / Tobias Jores / Laura Melchionda / Birgit Schönfisch / Hubert Kalbacher / Beate Bersch / Doron Rapaport / ...著者: Katharina Weinhäupl / Caroline Lindau / Audrey Hessel / Yong Wang / Conny Schütze / Tobias Jores / Laura Melchionda / Birgit Schönfisch / Hubert Kalbacher / Beate Bersch / Doron Rapaport / Martha Brennich / Kresten Lindorff-Larsen / Nils Wiedemann / Paul Schanda /
要旨: The exchange of metabolites between the mitochondrial matrix and the cytosol depends on β-barrel channels in the outer membrane and α-helical carrier proteins in the inner membrane. The essential ...The exchange of metabolites between the mitochondrial matrix and the cytosol depends on β-barrel channels in the outer membrane and α-helical carrier proteins in the inner membrane. The essential translocase of the inner membrane (TIM) chaperones escort these proteins through the intermembrane space, but the structural and mechanistic details remain elusive. We have used an integrated structural biology approach to reveal the functional principle of TIM chaperones. Multiple clamp-like binding sites hold the mitochondrial membrane proteins in a translocation-competent elongated form, thus mimicking characteristics of co-translational membrane insertion. The bound preprotein undergoes conformational dynamics within the chaperone binding clefts, pointing to a multitude of dynamic local binding events. Mutations in these binding sites cause cell death or growth defects associated with impairment of carrier and β-barrel protein biogenesis. Our work reveals how a single mitochondrial "transfer-chaperone" system is able to guide α-helical and β-barrel membrane proteins in a "nascent chain-like" conformation through a ribosome-free compartment.
登録者
  • Martha Brennich (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Grenoble Outstation, Grenoble, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2193
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r5575) / ダミー原子の半径: 3.40 A / 対称性: C1 / カイ2乗値: 1.358 / P-value: 0.000045
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モデル #2224
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.89
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モデル #2237
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2238
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2239
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2240
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2241
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2242
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2243
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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モデル #2244
タイプ: atomic
コメント: Snapshot from a 7ns coarse-grained simulation. Fit corresponds to weighte ensemble, based on 16 runs
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試料

試料名称: Mitochondrial import inner membrane translocase complex TIM9·10 in complex with a precursor (GDP/GTP carrier (Ggc1))
試料濃度: 2 mg/ml / Entity id: 1215 / 1216 / 1217
バッファ名称: 50mM Tris, 150mM NaCl, imidiazole / pH: 7.4
コメント: The imidiazole concentration varies between 200 mM and 300 mM
要素 #1215名称: TIM9 / タイプ: protein
記述: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
分子量: 10.202 / 分子数: 6
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: O74700
配列:
MDALNSKEQQ EFQKVVEQKQ MKDFMRLYSN LVERCFTDCV NDFTTSKLTN KEQTCIMKCS EKFLKHSERV GQRFQEQNAA LGQGLGR
要素 #1216名称: TIM10 / タイプ: protein
記述: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
分子量: 10.23 / 分子数: 6
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P87108
配列:
GSFLGFGGGQ PQLSSQQKIQ AAEAELDLVT DMFNKLVNNC YKKCINTSYS EGELNKNESS CLDRCVAKYF ETNVQVGENM QKMGQSFNAA GKF
要素 #1217名称: GGC1 / タイプ: protein / 記述: Mitochondrial GTP/GDP carrier protein 1 / 分子量: 33.426 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P38988
配列: QSGLARLLGS ASAGIMEIAV FHPVDTISKR LMSNHTKITS GQELNRVIFR DHFSEPLGKR LFTLFPGLGY AASYKVLQRV YKYGGQPFAN EFLNKHYKKD FDNLFGEKTG KAMRSAAAGS LIGIGEIVLL PLDVLKIKRQ TNPESFKGRG FIKILRDEGL FNLYRGWGWT ...配列:
QSGLARLLGS ASAGIMEIAV FHPVDTISKR LMSNHTKITS GQELNRVIFR DHFSEPLGKR LFTLFPGLGY AASYKVLQRV YKYGGQPFAN EFLNKHYKKD FDNLFGEKTG KAMRSAAAGS LIGIGEIVLL PLDVLKIKRQ TNPESFKGRG FIKILRDEGL FNLYRGWGWT AARNAPGSFA LFGGNAFAKE YILGLKDYSQ ATWSQNFISS IVGASSSLIV SAPLDVIKTR IQNRNFDNPE SGLRIVKNTL KNEGVTAFFK GLTPKLLTTG PKLVFSFALA QSLIPRFDNL LSKLEHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.872 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Mitochondrial import inner membrane translocase complex TIM9·10 in complex with a precursor (GDP/GTP carrier (Ggc1))
測定日: 2016年2月22日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1696 4.9448
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 771 /
MinMax
Q0.16957 3.7993
P(R) point1 771
R0 16
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量160 kDa160 kDa
体積-272 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I013.97 13.9 0.0095
慣性半径, Rg 4.601 nm4.51 nm0.03

MinMax
D-16
Guinier point1 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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