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万見
- SASDE89: Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomain with RII linker -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDE89
試料Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomain with RII linker
  • Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomains with RII linker (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / interleukin-33-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production ...Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / interleukin-33-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / interleukin-1 receptor binding / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of synapse assembly / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of presynapse assembly / coreceptor activity / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / inflammatory response / immune response / innate immune response / glutamatergic synapse / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype ...Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor accessory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Functional Relevance of Interleukin-1 Receptor Inter-domain Flexibility for Cytokine Binding and Signaling.
著者: Jiwan Ge / Soumya G Remesh / Michal Hammel / Si Pan / Andrew D Mahan / Shuying Wang / Xinquan Wang /
要旨: The interleukin 1 (IL-1) receptor family, whose members contain three immunoglobulin-like domains (D1-D3) in the extracellular region, is responsible for transmitting pleiotropic signals of IL-1 ...The interleukin 1 (IL-1) receptor family, whose members contain three immunoglobulin-like domains (D1-D3) in the extracellular region, is responsible for transmitting pleiotropic signals of IL-1 cytokines. The inter-domain flexibility of IL-1 receptors and its functional roles have not been fully elucidated. In this study, we used small-angle X-ray scattering to show that ligand-binding primary receptors and co-receptors in the family all have inherent inter-domain flexibility due to the D2/D3 linker. Variants of the IL-1RAcP and IL-18Rβ co-receptors with mutated D2/D3 linkers cannot form a cytokine-receptor complex and mediate signaling. Our analysis further revealed that these mutated co-receptors exhibited a changed conformational ensemble, suggesting that loss of function is due to the alteration of receptor dynamics. Taken together, our results demonstrate that the D2/D3 linker is a critical functional determinant of IL-1 receptor and underscore the important roles of the inter-domain flexibility in cytokine/receptor binding and signaling.
登録者
  • Shu-Ying Wang (National Cheng Kung University, Taiwan)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2687
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.55136035699
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モデル #2688
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.55136035699
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomain with RII linker
試料濃度: 7.8 mg/ml
バッファ名称: 10mM HEPES, 150mM NaCl, 3% glycerol / pH: 7.2
要素 #1397タイプ: protein
記述: Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomains with RII linker
分子量: 40.893 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NPH3
配列: SERCDDWGLD TMRQIQVFED EPARIKCPLF EHFLKFNYST AHSAGLTLIW YWTRQDRDLE EPINFRLPEN RISKEKDVLW FRPTLLNDTG NYTCMLRNTT YCSKVAFPLE VVQKDSCFNS PMKLPVHKLY IEYGIQRITC PNVDGYFPSS VKPTITWYMG CYKIQNFNNV ...配列:
SERCDDWGLD TMRQIQVFED EPARIKCPLF EHFLKFNYST AHSAGLTLIW YWTRQDRDLE EPINFRLPEN RISKEKDVLW FRPTLLNDTG NYTCMLRNTT YCSKVAFPLE VVQKDSCFNS PMKLPVHKLY IEYGIQRITC PNVDGYFPSS VKPTITWYMG CYKIQNFNNV IPEGMNLSFL IALISNNGNY TCVVTYPENG RTFHLTRTLT VKVKKKKEET IPVIHSPNDH VVYEKEPGEE LLIPCTVYFS FLMDSRNEVW WTIDGKKPDD ITIDVTINES ISHSRTEDET RTQILSIKKV TSEDLKRSYV CHARSAKGEV AKAAKVKAAA LHHILDAQKM VWNHRHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Interleukin-1 receptor accessory protein ectodomain with RII linker
測定日: 2017年7月24日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 600 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0131 0.5608
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 430 /
MinMax
Q0.02313 0.2623
P(R) point19 448
R0 106.6
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column: Schodex kw-803 ; Flow rate: 0.5 mL/min; Total acquisition time: 30min; Sample injection concentration: 7.8 mg/mL; ...コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column: Schodex kw-803 ; Flow rate: 0.5 mL/min; Total acquisition time: 30min; Sample injection concentration: 7.8 mg/mL; Injection volume: 50 μL.
実験値Porod
分子量50.2 kDa-
体積-75 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0345.1 342.7 0.9
慣性半径, Rg 3.12 nm3.043 nm0.1

MinMax
D-10.66
Guinier point7 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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