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万見
- SASDE62: Ribonuclease E from Yersinia pestis (Endoribonuclease E, RNase E) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDE62
試料Ribonuclease E from Yersinia pestis
  • Endoribonuclease E (protein), RNase E, Yersinia pestis
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding ...ribonuclease E / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain ...Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
引用日付: 2019 Dec
タイトル: A structural and biochemical comparison of Ribonuclease E homologues from pathogenic bacteria highlights species-specific properties
著者: Mardle C / Shakespeare T / Butt L / Goddard L / Gowers D / Atkins H / Vincent H
登録者
  • A Callaghan (University of Portsmouth)

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モデル

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試料

試料名称: Ribonuclease E from Yersinia pestis / 試料濃度: 6.33 mg/ml
バッファ名称: 10 mM DTT, 10 mM MgCl2, 0.5 M NaCl, 20 mM Tris / pH: 8
要素 #1204名称: RNase E / タイプ: protein / 記述: Endoribonuclease E / 分子量: 61.892 / 分子数: 4 / 由来: Yersinia pestis / 参照: UniProt: Q74TC3
配列: HHHHHHHHHH SGSSGHIEGR HMKRMLINAT QQEELRVALV DGQRLYDLDI ESPGHEQKKA NIYKGKITRI EPSLEAAFVD YGAERHGFLP LKEISREYFP NNYSSHGRPN IKDVLREGQE VIVQVDKEER GNKGAALTTF ISLAGSYLVL MPNNPRAGGI SRRIEGDDRT ...配列:
HHHHHHHHHH SGSSGHIEGR HMKRMLINAT QQEELRVALV DGQRLYDLDI ESPGHEQKKA NIYKGKITRI EPSLEAAFVD YGAERHGFLP LKEISREYFP NNYSSHGRPN IKDVLREGQE VIVQVDKEER GNKGAALTTF ISLAGSYLVL MPNNPRAGGI SRRIEGDDRT ELKEALSSLQ LPDGMGLIVR TAGVGKSADA LQWDLSFRLK HWDAIKKAAE GRPAPFLIHQ ESNVIVRAFR DYLRPDIGEI LIDNPKVLEL AKEHIAALGR PDFSSKIKLY SGEIPLFSHY QIESQIESAF QREVRLPSGG SIVIDTTEAL TAIDINSARA TRGGDIEETA FNTNLEAADE IARQLRLRDL GGLIVIDFID MTPVRHQREV ENRLRDAVRQ DRARIQIGRI SRFGLLEMSR QRLSPSLGES SHHVCPRCSG TGTVRDNESL SLSILRLIEE EALKENTHEV HAIVPVQIAS YLLNEKRESV NAIEKRQGGV RAVIVPNDQM QTPHYSVLRV RKGEEVPSLS YLLPQLHEAE MAQPLEEATI ERKRPEQPAL

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.014 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Ribonuclease E from Yersinia pestis / 測定日: 2017年2月11日 / 保管温度: 21 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 640 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.004 0.442
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 621 /
MinMax
Q0.00834859 0.158134
P(R) point1 621
R0 164.4
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量277 kDa294 kDa
体積-470 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.02336 0.02333 5.7E-5
慣性半径, Rg 5.07 nm5.059 nm0.01

MinMax
D-16.44
Guinier point19 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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