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万見
- SASDDX2: EspG3-PE5/PPE4 complex from M. tuberculosis (EspG3 chaperone from... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDX2
試料EspG3-PE5/PPE4 complex from M. tuberculosis
  • EspG3 chaperone from Mycobacterium tuberculosis (protein), EspG3Mtb, Mycobacterium tuberculosis
  • PE5 from Mycobacterium tuberculosis (protein), PE5, Mycobacterium tuberculosis
  • PPE4 from Mycobacterium tuberculosis (protein), PPE4, Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / response to host immune response / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPE-PPW subfamily, C-terminal / PPE-PPW subfamily C-terminal region / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / EspG family / EspG family / PPE superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PE family immunomodulator PE5 / PPE family protein PPE4 / ESX-3 secretion-associated protein EspG3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
引用日付: 2018 Jan 25
タイトル: Structural variability of EspG chaperones from mycobacterial ESX-1, ESX-3 and ESX-5 type VII secretion systems
著者: Tuukkanen A / Freire D / Chan S / Arbing M / Reed R / Evans T / Zenkeviciutė G / Kim J / Kahng S / Sawaya M / Wilmanns M / Eisenberg D / Parret A
登録者
  • Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: EspG3-PE5/PPE4 complex from M. tuberculosis / 試料濃度: 1.22 mg/ml / Entity id: 927 / 941 / 942
バッファ名称: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl / pH: 7.5
要素 #927名称: EspG3Mtb / タイプ: protein / 記述: EspG3 chaperone from Mycobacterium tuberculosis / 分子量: 33.6 / 由来: Mycobacterium tuberculosis / 参照: UniProt: P9WJC6
配列: MHHHHHHENL YFQGSHMDAT PNAVELTVDN AWFIAETIGA GTFPWVLAIT MPYSDAAQRG AFVDRQRDEL TRMGLLSPQG VINPAVADWI KVVCFPDRWL DLRYVGPASA DGACELLRGI VALRTGTGKT SNKTGNGVVA LRNAQLVTFT AMDIDDPRAL VPILGVGLAH ...配列:
MHHHHHHENL YFQGSHMDAT PNAVELTVDN AWFIAETIGA GTFPWVLAIT MPYSDAAQRG AFVDRQRDEL TRMGLLSPQG VINPAVADWI KVVCFPDRWL DLRYVGPASA DGACELLRGI VALRTGTGKT SNKTGNGVVA LRNAQLVTFT AMDIDDPRAL VPILGVGLAH RPPARFDEFS LPTRVGARAD ERLRSGVPLG EVVDYLGIPA SARPVVESVF SGPRSYVEIV AGCNRDGRHT TTEVGLSIVD TSAGRVLVSP SRAFDGEWVS TFSPGTPFAI AVAIQTLTAC LPDGQWFPGQ RVSRDFSTQS S
要素 #941名称: PE5 / タイプ: protein / 記述: PE5 from Mycobacterium tuberculosis / 分子量: 9.6 / 分子数: 1 / 由来: Mycobacterium tuberculosis / 参照: UniProt: L7N695
配列:
MTLRVVPEGL AAASAAVEAL TARLAAAHAS AAPVITAVVP PAADPVSLQT AAGFSAQGVE HAVVTAEGVE ELGRAGVGVG ESGASYLAGD AAAAATYGVV GG
要素 #942名称: PPE4 / タイプ: protein / 記述: PPE4 from Mycobacterium tuberculosis / 分子量: 51.8 / 分子数: 1 / 由来: Mycobacterium tuberculosis / 参照: UniProt: P9WI43
配列: MAAPIWMASP PEVHSALLSN GPGPGSLVAA ATAWSQLSAE YASTAAELSG LLGAVPGWAW QGPSAEWYVA AHLPYVAWLT QASADAAGAA AQHEAAAAAY TTALAAMPTL AELAANHVIH TVLVATNFFG INTIPITLNE ADYVRMWLQA AAVMGLYQAA SGAALASAPR ...配列:
MAAPIWMASP PEVHSALLSN GPGPGSLVAA ATAWSQLSAE YASTAAELSG LLGAVPGWAW QGPSAEWYVA AHLPYVAWLT QASADAAGAA AQHEAAAAAY TTALAAMPTL AELAANHVIH TVLVATNFFG INTIPITLNE ADYVRMWLQA AAVMGLYQAA SGAALASAPR TVPAPTVMNP GGGAASTVGA VNPWQWLLAL LQQLWNAYTG FYGWMLQLIW QFLQDPIGNS IKIIIAFLTN PIQALITYGP LLFALGYQIF FNLVGWPTWG MILSSPFLLP AGLGLGLAAI AFLPIVLAPA VIPPASTPLA AAAVAAGSVW PAVSMAVTGA GTAGAATPAA GAAPSAGAAP APAAPATASF AYAVGGSGDW GPSLGPTVGG RGGIKAPAAT VPAAAAAAAT RGQSRARRRR RSELRDYGDE FLDMDSDSGF GPSTGDHGAQ ASERGAGTLG FAGTATKERR VRAVGLTALA GDEFGNGPRM PMVPGTWEQG SNEPEAPDGS GRGGGDGLPH DSK

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: EspG3-PE5/PPE4 complex from M. tuberculosis / 測定日: 2015年6月15日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0834 4.0114
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 698 /
MinMax
Q0.105427 2.02128
P(R) point1 698
R0 14.2
結果
Experimental MW: 83 kDa / カーブのタイプ: single_conc
P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.003034 0.00299 0.00015
慣性半径, Rg 4.197 nm3.98 nm0.03

MinMax
D-14.2
Guinier point9 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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