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万見
- SASDDM3: Carboyxamidomethylated ribonuclease A (unfolded RNAse) - with and... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDM3
試料Carboyxamidomethylated ribonuclease A (unfolded RNAse) - with and without urea
  • Ribonuclease pancreatic (protein), RNase, Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2018
タイトル: Machine Learning Methods for X-Ray Scattering Data Analysis from Biomacromolecular Solutions.
著者: Daniel Franke / Cy M Jeffries / Dmitri I Svergun /
要旨: Small-angle x-ray scattering (SAXS) of biological macromolecules in solutions is a widely employed method in structural biology. SAXS patterns include information about the overall shape and low- ...Small-angle x-ray scattering (SAXS) of biological macromolecules in solutions is a widely employed method in structural biology. SAXS patterns include information about the overall shape and low-resolution structure of dissolved particles. Here, we describe how to transform experimental SAXS patterns to feature vectors and how a simple k-nearest neighbor approach is able to retrieve information on overall particle shape and maximal diameter (D) as well as molecular mass directly from experimental scattering data. Based on this transformation, we develop a rapid multiclass shape-classification ranging from compact, extended, and flat categories to hollow and random-chain-like objects. This classification may be employed, e.g., as a decision block in automated data analysis pipelines. Further, we map protein structures from the Protein Data Bank into the classification space and, in a second step, use this mapping as a data source to obtain accurate estimates for the structural parameters (D, molecular mass) of the macromolecule under study based on the experimental scattering pattern alone, without inverse Fourier transform for D. All methods presented are implemented in a Fortran binary DATCLASS, part of the ATSAS data analysis suite, available on Linux, Mac, and Windows and free for academic use.
登録者
  • Cy M Jeffries (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Carboyxamidomethylated ribonuclease A (unfolded RNAse) - with and without urea
試料濃度: 5.97 mg/ml
バッファ名称: 10 mM HCl / pH: 1
要素 #17名称: RNase / タイプ: protein / 記述: Ribonuclease pancreatic / 分子量: 16.46 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P61823
配列:
MALKSLVLLS LLVLVLLLVR VQPSLGKETA AAKFERQHMD SSTSAASSSN YCNQMMKSRN LTKDRCKPVN TFVHESLADV QAVCSQKNVA CKNGQTNCYQ SYSTMSITDC RETGSSKYPN CAYKTTQANK HIIVACEGNP YVPVHFDASV

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Carboyxamidomethylated ribonuclease A (unfolded RNAse) - with and without urea
測定日: 2013年7月29日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.03 sec. / フレーム数: 17 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0536 3.4949
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 397 /
MinMax
Q0.3263 3.489
P(R) point136 532
R0 9
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Included in the additional files of the full-entry zip archive are SAXS data measured from folded RNAse (rnase.dat - also refer to SASBDB entry SASDDL3) as well as unfolded ...コメント: Included in the additional files of the full-entry zip archive are SAXS data measured from folded RNAse (rnase.dat - also refer to SASBDB entry SASDDL3) as well as unfolded carboyxamidomethylated ribonuclease A (rnaseU.dat) and unfolded RNAse in the presence of 1 M urea (rnaseUU1.dat) or 2 M urea (rnaseUU2.dat).
実験値Standard
分子量13.4 kDa13.4 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0498.2 484.7 5.04
慣性半径, Rg 2.55 nm2.31 nm0.03

MinMax
D-9
Guinier point154 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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