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万見
- SASDDL2: Sinorhizobium meliloti Proline Utilization A (PutA) lowest concen... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDL2
試料Sinorhizobium meliloti Proline Utilization A (PutA) lowest concentration, 1.00 mg/ml
  • Sinorhizobium meliloti (SmPutA) (protein), SmPutA, Sinorhizobium meliloti
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase ...Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Structures of Proline Utilization A (PutA) Reveal the Fold and Functions of the Aldehyde Dehydrogenase Superfamily Domain of Unknown Function.
著者: Min Luo / Thameesha T Gamage / Benjamin W Arentson / Katherine N Schlasner / Donald F Becker / John J Tanner /
要旨: Aldehyde dehydrogenases (ALDHs) catalyze the NAD(P)-dependent oxidation of aldehydes to carboxylic acids and are important for metabolism and detoxification. Although the ALDH superfamily fold is ...Aldehyde dehydrogenases (ALDHs) catalyze the NAD(P)-dependent oxidation of aldehydes to carboxylic acids and are important for metabolism and detoxification. Although the ALDH superfamily fold is well established, some ALDHs contain an uncharacterized domain of unknown function (DUF) near the C terminus of the polypeptide chain. Herein, we report the first structure of a protein containing the ALDH superfamily DUF. Proline utilization A from Sinorhizobium meliloti (SmPutA) is a 1233-residue bifunctional enzyme that contains the DUF in addition to proline dehydrogenase and l-glutamate-γ-semialdehyde dehydrogenase catalytic modules. Structures of SmPutA with a proline analog bound to the proline dehydrogenase site and NAD bound to the ALDH site were determined in two space groups at 1.7-1.9 Å resolution. The DUF consists of a Rossmann dinucleotide-binding fold fused to a three-stranded β-flap. The Rossmann domain resembles the classic ALDH superfamily NAD-binding domain, whereas the flap is strikingly similar to the ALDH superfamily dimerization domain. Paradoxically, neither structural element performs its implied function. Electron density maps show that NAD does not bind to the DUF Rossmann fold, and small-angle X-ray scattering reveals a novel dimer that has never been seen in the ALDH superfamily. The structure suggests that the DUF is an adapter domain that stabilizes the aldehyde substrate binding loop and seals the substrate-channeling tunnel via tertiary structural interactions that mimic the quaternary structural interactions found in non-DUF PutAs. Kinetic data for SmPutA indicate a substrate-channeling mechanism, in agreement with previous studies of other PutAs.
登録者
  • John Tanner (Mizzou, University of Missouri-Columbia, Columbia, MO, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1717
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 3.69154041468
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試料

試料名称: Sinorhizobium meliloti Proline Utilization A (PutA) lowest concentration, 1.00 mg/ml
試料濃度: 1 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris, 1% (v/v) glycerol, 0.5 mM THP, and 50 mM NaCl
pH: 7.8
要素 #933名称: SmPutA / タイプ: protein / 記述: Sinorhizobium meliloti (SmPutA) / 分子量: 131.805 / 分子数: 1 / 由来: Sinorhizobium meliloti / 参照: UniProt: F7X6I3
配列: SMMSPNPLQK PAIDAAPAPF ADFAPPVRPQ STLRRAITAA YRRPETECLP PLVEAATQSK EIRDAAASTA RKLIEALRGK HSGSGVEGLV QEYSLSSQEG VALMCLAEAL LRIPDTATRD ALIRDKIADG NWKSHLGGSR SLFVNAATWG LVVTGKLTST VNDRSLAAAL ...配列:
SMMSPNPLQK PAIDAAPAPF ADFAPPVRPQ STLRRAITAA YRRPETECLP PLVEAATQSK EIRDAAASTA RKLIEALRGK HSGSGVEGLV QEYSLSSQEG VALMCLAEAL LRIPDTATRD ALIRDKIADG NWKSHLGGSR SLFVNAATWG LVVTGKLTST VNDRSLAAAL TRLISRCGEP VIRRGVDMAM RMMGEQFVTG ETIREALKRS KELEEKGFSY SYDMLGEAAT TAADAERYYR DYESAIHAIG KASAGRGIYE GPGISIKLSA LHPRYSRAQA ARVMGELLPR VKALALLAKN YDIGLNIDAE EADRLELSLD LLEVLCLDGD LSGWNGMGFV VQAYGKRCPF VLDFIIDLAR RSGRRIMVRL VKGAYWDAEI KRAQLDGLAD FPVFTRKIHT DVSYIACAAK LLAATDVVFP QFATHNAQTL AAIYHMAGKD FHVGKYEFQC LHGMGEPLYE EVVGRGKLDR PCRIYAPVGT HETLLAYLVR RLLENGANSS FVHRINDPKV SIDELIADPV EVVRAMPVVG AKHDRIALPA ELFGDARTNS AGLDLSNEET LASLTEALRE SAAMKWTALP QLATGPAAGE TRTVLNPGDH RDVVGSVTET SEEDARRAVR LAADAAPDWA AVPPSERAAC LDRAAELMQA RMPTLLGLII REAGKSALNA IAEVREAIDF LRYYAEQTRR TLGPGHGPLG PIVCISPWNF PLAIFTGQIA AALVAGNPVL AKPAEETPLI AAEGVRILRE AGIPASALQL LPGDGRVGAA LVAAAETAGV MFTGSTEVAR LIQAQLADRL SPAGRPIPLI AETGGQNAMI VDSSALAEQV VGDVITSAFD SAGQRCSALR VLCLQEDVAD RILTMLKGAL HELHIGRTDR LSVDVGPVIT SEAKDNIEKH IERMRGLGRK VEQIGLASET GVGTFVPPTI IELEKLSDLQ REVFGPVLHV IRYRRDDLDR LVDDVNATGY GLTFGLHTRL DETIAHVTSR IKAGNLYINR NIIGAVVGVQ PFGGRGLSGT GPKAGGPLYL GRLVTTAPVP PQHSSVHTDP VLLDFAKWLD GKGARAEAEA ARNAGSSSAL GLDLELPGPV GERNLYTLHA RGRILLVPAT ESGLYHQLAA ALATGNSVAI DAASGLQASL KNLPQTVGLR VSWSKDWAAD GPFAGALVEG DAERIRAVNK AIAALPGPLL LVQAASSGEI ARNPDAYCLN WLVEEVSASI NTAAAGGNAS LMAIG

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Sinorhizobium meliloti Proline Utilization A (PutA) lowest concentration
測定日: 2014年3月27日 / セル温度: 10 °C / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0106 0.325
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 518 /
MinMax
Q0.010642 0.325006
P(R) point1 518
R0 110.2
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量129.5 kDa-
体積-171 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0760.5 769.36 1.53
慣性半径, Rg 3.45 nm3.448 nm0.02

MinMax
D-11.02
Guinier point1 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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