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- SASDDC5: MsbA in stealth nanodisc (SANS, 100% D2O) + 1 mM ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDC5
試料MsbA in stealth nanodisc (SANS, 100% D2O) + 1 mM ADP
  • Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA (protein), MsbA, Escherichia coli (strain K12)
  • Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%) (protein), d75-msp1d1
  • 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl) (other), d(78,92)-POPC, Escherichia coli. (AL95 strain)
機能・相同性
機能・相同性情報


MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
Escherichia coli. (AL95 strain)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Conformational States of ABC Transporter MsbA in a Lipid Environment Investigated by Small-Angle Scattering Using Stealth Carrier Nanodiscs.
著者: Inokentijs Josts / Julius Nitsche / Selma Maric / Haydyn D Mertens / Martine Moulin / Michael Haertlein / Sylvain Prevost / Dmitri I Svergun / Sebastian Busch / V Trevor Forsyth / Henning Tidow /
要旨: Structural studies of integral membrane proteins (IMPs) are challenging, as many of them are inactive or insoluble in the absence of a lipid environment. Here, we describe an approach making use of ...Structural studies of integral membrane proteins (IMPs) are challenging, as many of them are inactive or insoluble in the absence of a lipid environment. Here, we describe an approach making use of fractionally deuterium labeled "stealth carrier" nanodiscs that are effectively invisible to low-resolution neutron diffraction and enable structural studies of IMPs in a lipidic native-like solution environment. We illustrate the potential of the method in a joint small-angle neutron scattering (SANS) and X-ray scattering (SAXS) study of the ATP-binding cassette (ABC) transporter protein MsbA solubilized in the stealth nanodiscs. The data allow for a direct observation of the signal from the solubilized protein without contribution from the surrounding lipid nanodisc. Not only the overall shape but also differences between conformational states of MsbA can be reliably detected from the scattering data, demonstrating the sensitivity of the approach and its general applicability to structural studies of IMPs.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: MsbA in stealth nanodisc (SANS, 100% D2O) + 1 mM ADP
Contrast: -3.313 / Specific vol: 0.745 / 試料濃度: 1.00-6.50 / 濃度測定法: A280 / Entity id: 1016 / 1017 / 1018
バッファ名称: 30 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM ADP / pH: 7.5 / コメント: nanodisc buffer
要素 #1016名称: MsbA / タイプ: protein / 記述: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA / 分子量: 66.279 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P60752
配列: MHHHHHHGEN LYFQGSHNDK DLSTWQTFRR LWPTIAPFKA GLIVAGVALI LNAASDTFML SLLKPLLDDG FGKTDRSVLV WMPLVVIGLM ILRGITSYVS SYCISWVSGK VVMTMRRRLF GHMMGMPVSF FDKQSTGTLL SRITYDSEQV ASSSSGALIT VVREGASIIG ...配列:
MHHHHHHGEN LYFQGSHNDK DLSTWQTFRR LWPTIAPFKA GLIVAGVALI LNAASDTFML SLLKPLLDDG FGKTDRSVLV WMPLVVIGLM ILRGITSYVS SYCISWVSGK VVMTMRRRLF GHMMGMPVSF FDKQSTGTLL SRITYDSEQV ASSSSGALIT VVREGASIIG LFIMMFYYSW QLSIILIVLA PIVSIAIRVV SKRFRNISKN MQNTMGQVTT SAEQMLKGHK EVLIFGGQEV ETKRFDKVSN RMRLQGMKMV SASSISDPII QLIASLALAF VLYAASFPSV MDSLTAGTIT VVFSSMIALM RPLKSLTNVN AQFQRGMAAC QTLFTILDSE QEKDEGKRVI ERATGDVEFR NVTFTYPGRD VPALRNINLK IPAGKTVALV GRSGSGKSTI ASLITRFYDI DEGEILMDGH DLREYTLASL RNQVALVSQN VHLFNDTVAN NIAYARTEQY SREQIEEAAR MAYAMDFINK MDNGLDTVIG ENGVLLSGGQ RQRIAIARAL LRDSPILILD EATSALDTES ERAIQAALDE LQKNRTSLVI AHRLSTIEKA DEIVVVEDGV IVERGTHNDL LEHRGVYAQL HKMQFGQ
要素 #1017名称: d75-msp1d1 / タイプ: protein / 記述: Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%) / 分子量: 24.661 / 分子数: 2
配列: GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEPL RAELQEGARQ KLHELQEKLS PLGEEMRDRA RAHVDALRTH LAPYSDELRQ RLAARLEALK ENGGARLAEY HAKATEHLST ...配列:
GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEPL RAELQEGARQ KLHELQEKLS PLGEEMRDRA RAHVDALRTH LAPYSDELRQ RLAARLEALK ENGGARLAEY HAKATEHLST LSEKAKPALE DLRQGLLPVL ESFKVSFLSA LEEYTKKLNT Q
要素 #1018名称: d(78,92)-POPC / タイプ: other
記述: 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl)
分子量: 0.76 / 由来: Escherichia coli. (AL95 strain)
配列:
C42H82NO8P

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実験情報

ビーム設備名称: ILL D11 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: neutron source / 波長: 0.46 Å
検出器名称: CERCA / タイプ: 3-He gas detector / Pixsize x: 7.5 mm
スキャン
タイトル: (100% D2O) MsbA in stealth nanodisc + 1mM ADP / 測定日: 2017年3月9日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 4200 sec. / フレーム数: 2 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0097 0.3022
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 98 /
MinMax
Q0.0199587 0.302247
P(R) point1 98
R0 125
結果
カーブのタイプ: single_conc / Standard: water
コメント: 'MsbA ABC transporter protein encapsulated in a partially deuterated
実験値Experimental errorPorodPorod error
分子量173 kDa20 109 kDa10
体積--173 nm320

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.166 0.003 1.14 0.003
慣性半径, Rg 3.87 nm0.1 3.857 nm0.33

MinMaxError
D-12.5 0.5
Guinier point9 19 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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