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- SASDD56: Artificially designed de novo protein esPN-Block (FL4) heterocomp... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD56
試料Artificially designed de novo protein esPN-Block (FL4) heterocomplex, e1s2 (FL4)
  • stopper PN-Block (WA20) (protein), sPN-Block (WA20), artificially designed de novo protein
  • extender PN-Block (FL4) (protein), ePN-Block (FL4), de novo protein
生物種artificially designed de novo protein (人工物)
de novo protein (人工物)
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2018
タイトル: Self-Assembling Supramolecular Nanostructures Constructed from de Novo Extender Protein Nanobuilding Blocks.
著者: Naoya Kobayashi / Kouichi Inano / Kenji Sasahara / Takaaki Sato / Keisuke Miyazawa / Takeshi Fukuma / Michael H Hecht / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Ryoichi Arai /
要旨: The design of novel proteins that self-assemble into supramolecular complexes is important for development in nanobiotechnology and synthetic biology. Recently, we designed and created a protein ...The design of novel proteins that self-assemble into supramolecular complexes is important for development in nanobiotechnology and synthetic biology. Recently, we designed and created a protein nanobuilding block (PN-Block), WA20-foldon, by fusing an intermolecularly folded dimeric de novo WA20 protein and a trimeric foldon domain of T4 phage fibritin (Kobayashi et al., J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 11285). WA20-foldon formed several types of self-assembling nanoarchitectures in multiples of 6-mers, including a barrel-like hexamer and a tetrahedron-like dodecamer. In this study, to construct chain-like polymeric nanostructures, we designed de novo extender protein nanobuilding blocks (ePN-Blocks) by tandemly fusing two de novo binary-patterned WA20 proteins with various linkers. The ePN-Blocks with long helical linkers or flexible linkers were expressed in soluble fractions of Escherichia coli, and the purified ePN-Blocks were analyzed by native PAGE, size exclusion chromatography-multiangle light scattering (SEC-MALS), small-angle X-ray scattering (SAXS), and transmission electron microscopy. These results suggest formation of various structural homo-oligomers. Subsequently, we reconstructed hetero-oligomeric complexes from extender and stopper PN-Blocks by denaturation and refolding. The present SEC-MALS and SAXS analyses show that extender and stopper PN-Block (esPN-Block) heterocomplexes formed different types of extended chain-like conformations depending on their linker types. Moreover, atomic force microscopy imaging in liquid suggests that the esPN-Block heterocomplexes with metal ions further self-assembled into supramolecular nanostructures on mica surfaces. Taken together, the present data demonstrate that the design and construction of self-assembling PN-Blocks using de novo proteins is a useful strategy for building polymeric nanoarchitectures of supramolecular protein complexes.
登録者
  • Ryoichi Arai (Shinshu University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1907
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.005 / P-value: 0.235109
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モデル #1917
タイプ: atomic
コメント: 2-state model: PDB1: e1s2FL4_Cform.pdb, Rg = 27.65 A, w1 = 0.485
カイ2乗値: 0.036143182452
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モデル #1918
タイプ: atomic
コメント: 2-state model: PDB2: e1s2FL4_Vform.pdb Rg = 38.66 A, w2 = 0.515
カイ2乗値: 0.036143182452
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モデル #1912
タイプ: atomic
コメント: MultiFoXS best scoring 5-state model: PDB1, Rg = 39.984, w1 = 0.192
カイ2乗値: 0.0125395441575
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モデル #1913
タイプ: atomic
コメント: MultiFoXS best scoring 5-state model: PDB2, Rg = 27.7957, w2 = 0.180
カイ2乗値: 0.0125395441575
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モデル #1914
タイプ: atomic
コメント: MultiFoXS best scoring 5-state model: PDB3, Rg = 28.2499, w3 = 0.305
カイ2乗値: 0.0125395441575
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モデル #1915
タイプ: atomic
コメント: MultiFoXS best scoring 5-state model: PDB4, Rg = 37.2015, w4 = 0.113
カイ2乗値: 0.0125395441575
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モデル #1916
タイプ: atomic
コメント: MultiFoXS best scoring 5-state model: PDB5, Rg = 43.0539, w5 = 0.210
カイ2乗値: 0.0125395441575
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試料

試料名称: Artificially designed de novo protein esPN-Block (FL4) heterocomplex, e1s2 (FL4)
試料濃度: 3.5 mg/ml / Entity id: 1029 / 1039
バッファ名称: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 200 mM ArgHCl, 10% glycerol
pH: 7.5
要素 #1029名称: sPN-Block (WA20) / タイプ: protein / 記述: stopper PN-Block (WA20) / 分子量: 12.547 / 分子数: 2 / 由来: artificially designed de novo protein
配列:
MYGKLNKLVE HIKELLQQLN KNWHRHQGNL HDMNQQMEQL FQEFQHFMQG NQDDGKLQNM IHEMQQFMNQ VDNHLQSESD TVHHFHNKLQ ELMNNFHHLV HR
要素 #1039名称: ePN-Block (FL4) / タイプ: protein / 記述: extender PN-Block (FL4) / 分子量: 26.879 / 分子数: 1 / 由来: de novo protein
配列: MYGKLNKLVE HIKELLQQLN KNWHRHQGNL HDMNQQMEQL FQEFQHFMQG NQDDGKLQNM IHEMQQFMNQ VDNHLQSESD TVHHFHNKLQ ELMNNFHHLV HRKLSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSAAAMY GKLNKLVEHI KELLQQLNKN WHRHQGNLHD MNQQMEQLFQ ...配列:
MYGKLNKLVE HIKELLQQLN KNWHRHQGNL HDMNQQMEQL FQEFQHFMQG NQDDGKLQNM IHEMQQFMNQ VDNHLQSESD TVHHFHNKLQ ELMNNFHHLV HRKLSGGGGS GGGGSGGGGS GGGGSAAAMY GKLNKLVEHI KELLQQLNKN WHRHQGNLHD MNQQMEQLFQ EFQHFMQGNQ DDGKLQNMIH EMQQFMNQVD NHLQSESDTV HHFHNKLQEL MNNFHHLVHR

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実験情報

ビーム設備名称: Photon Factory (PF), High Energy Acceleration Research Organization (KEK) BL-10C
地域: Tsukuba / 国: Japan / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1488 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.06 mm
検出器名称: Pilatus3 2M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Artificially designed de novo protein esPN-Block (FL4) heterocomplex, e1s2 (FL4)
測定日: 2014年12月19日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 5 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1118 5.4527
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 142 /
MinMax
Q0.193045 2.07946
P(R) point1 142
R0 12
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Standard
分子量40.8 kDa40.8 kDa

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.02513 0.00121 0.0248 0.0001
慣性半径, Rg 3.495 nm0.243 3.3 nm0.05

MinMax
D-12
Guinier point13 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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