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万見
- SASDD28: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component (mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD28
試料p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component (mutant): 2 mg/ml of E251A C1 in the absence of p-hydroxyphenylacetic acid (HPA)
  • p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH), reductase component E251A mutant (protein), E251A C1, Acinetobacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin reductase (NADH) / flavin reductase (NADH) activity / catabolic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / FMN-binding split barrel / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
引用ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the flavin reductase of Acinetobacter baumannii p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH) and identification of amino acid residues underlying its regulation by aromatic ligands.
著者: Anan Yuenyao / Nopphon Petchyam / Nuntaporn Kamonsutthipaijit / Pimchai Chaiyen / Danaya Pakotiprapha /
要旨: The first step in the degradation of p-hydroxyphenylacetic acid (HPA) is catalyzed by the two-component enzyme p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH). The two components of Acinetobacter ...The first step in the degradation of p-hydroxyphenylacetic acid (HPA) is catalyzed by the two-component enzyme p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH). The two components of Acinetobacter baumannii HPAH are known as C and C, respectively. C is a flavin reductase that uses NADH to generate reduced flavin mononucleotide (FMNH), which is used by C in the hydroxylation of HPA. Interestingly, although HPA is not directly involved in the reaction catalyzed by C, the presence of HPA dramatically increases the FMN reduction rate. Amino acid sequence analysis revealed that C contains two domains: an N-terminal flavin reductase domain, and a C-terminal MarR domain. Although MarR proteins typically function as transcription regulators, the MarR domain of C was found to play an auto-inhibitory role. Here, we report a crystal structure of C and small-angle X-ray scattering (SAXS) studies that revealed that C undergoes a substantial conformational change in the presence of HPA, concomitant with the increase in the rate of flavin reduction. Amino acid residues that are important for HPA binding and regulation of C activity were identified by site-directed mutagenesis. Amino acid sequence similarity analysis revealed several as yet uncharacterized flavin reductases with N- or C-terminal fusions.
登録者
  • Anan Yuenyao (Mahidol University)

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モデル

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試料

試料名称: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component (mutant): 2 mg/ml of E251A C1 in the absence of p-hydroxyphenylacetic acid (HPA)
試料濃度: 2 mg/ml
バッファ名称: 50 mM MOPS, 0.5 mM EDTA, 1 mM DTT, 50 mM NaCl, 10 % glycerol
pH: 7
要素 #1097名称: E251A C1 / タイプ: protein
記述: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase (HPAH), reductase component E251A mutant
分子量: 35.354 / 分子数: 2 / 由来: Acinetobacter baumannii / 参照: UniProt: Q6Q271
配列: MNQLNTAIVE KEVIDPMAFR RALGNFATGV TIMTAQTSSG ERVGVTANSF NSVSLDPALV LWSIDKKSSS YRIFEEATHF GVNILSAAQI ELSNRFARRS EDKFANIEFD LGVGNIPLFK NCSAAFECER YNIVEGGDHW IIIGRVVKFH DHGRSPLLYH QGAYSAVLPH ...配列:
MNQLNTAIVE KEVIDPMAFR RALGNFATGV TIMTAQTSSG ERVGVTANSF NSVSLDPALV LWSIDKKSSS YRIFEEATHF GVNILSAAQI ELSNRFARRS EDKFANIEFD LGVGNIPLFK NCSAAFECER YNIVEGGDHW IIIGRVVKFH DHGRSPLLYH QGAYSAVLPH PSLNMKSETA EGVFPGRLYD NMYYLLTQAV RAYQNDYQPK QLASGFRTSE ARLLLVLESK TASSKCDLQR EVAMPIREIE AATKILSEKG LLIDNGQHYE LTEQGNACAH MLYKIAESHQ EEVFAKYTVD ERKLFKNMLK DLIGI

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実験情報

ビーム設備名称: Synchrotron Light Research Institute (SLRI) BL1.3W
地域: Nakhon Ratchasima / 国: Thailand / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.13776 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.332 mm
検出器名称: Rayonix SX165 / タイプ: CCD / Pixsize x: 15 mm
スキャン
タイトル: p-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase, reductase component (mutant): 2 mg/ml of E251A C1 in the absence of p-hydroxyphenylacetic acid (HPA)
測定日: 2018年4月25日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 16 °C / 照射時間: 600 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0299 0.2799
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 922 /
MinMax
Q0.0299079 0.279927
P(R) point1 922
R0 83.7
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量56 kDa-
体積-89 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I054.57 53.69 0.47
慣性半径, Rg 2.6 nm2.574 nm0.086

MinMax
D-8.37
Guinier point1 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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