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万見
- SASDCX4: Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment (Myosin-7) MgADP+OM -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCX4
試料Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment (Myosin-7) MgADP+OM
  • Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment (protein), BCS1 (myosin-7), Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding ...muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
引用日付: 2017 Dec
タイトル: Mechanistic and structural basis for activation of cardiac myosin force production by omecamtiv mecarbil
著者: Planelles-Herrero V / Hartman J / Robert-Paganin J / Malik F
登録者
  • Vicente José Planelles Herrero (Institut Curie)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment (Myosin-7) MgADP+OM
試料濃度: 4 mg/ml
バッファ名称: 10 mM HEPES, 50 mM NaCl, 1 mM NaN3, 2.5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 1 mM TCEP
pH: 7.5
要素 #621名称: BCS1 (myosin-7) / タイプ: protein / 記述: Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment / 分子量: 116.582 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: Q9BE39
配列: MVDAEMAAFG EAAPYLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVFVP DDKEEFVKAT ILSREGGKVT AETEHGKTVT VKEDQVLQQN PPKFDKIEDM AMLTFLHEPA VLYNLKERYA SWMIYTYSGL FCVTINPYKW LPVYNAEVVA AYRGKKRSEA PPHIFSISDN AYQYMLTDRE ...配列:
MVDAEMAAFG EAAPYLRKSE KERLEAQTRP FDLKKDVFVP DDKEEFVKAT ILSREGGKVT AETEHGKTVT VKEDQVLQQN PPKFDKIEDM AMLTFLHEPA VLYNLKERYA SWMIYTYSGL FCVTINPYKW LPVYNAEVVA AYRGKKRSEA PPHIFSISDN AYQYMLTDRE NQSILITGES GAGKTVNTKR VIQYFAVIAA IGDRSKKEQA TGKGTLEDQI IQANPALEAF GNAKTVRNDN SSRFGKFIRI HFGATGKLAS ADIETYLLEK SRVIFQLKAE RDYHIFYQIL SNKKPELLDM LLITNNPYDY AFISQGETTV ASIDDAEELM ATDNAFDVLG FTTEEKNSMY KLTGAIMHFG NMKFKLKQRE EQAEPDGTEE ADKSAYLMGL NSADLLKGLC HPRVKVGNEY VTKGQNVQQV VYAKGALAKA VYERMFNWMV TRINATLETK QPRQYFIGVL DIAGFEIFDF NSFEQLCINF TNEKLQQFFN HHMFVLEQEE YKKEGIEWEF IDFGMDLQAC IDLIEKPMGI MSILEEECMF PKATDMTFKA KLFDNHLGKS SNFQKPRNIK GKPEAHFSLI HYAGTVDYNI IGWLQKNKDP LNETVVDLYK KSSLKMLSSL FANYAGFDTP IEKGKGKAKK GSSFQTVSAL HRENLNKLMT NLRSTHPHFV RCIIPNETKS PGVIDNPLVM HQLRCNGVLE GIRICRKGFP NRILYGDFRQ RYRILNPAAI PEGQFIDSRK GAEKLLGSLD IDHNQYKFGH TKVFFKAGLL GLLEEMRDER LSRIITRIQA QSRGVLSRME FKKLLERRDS LLIIQWNIRA FMGVKNWPMA PKKPDPKKDE AKAGAKAAAA PAPAPAPPPA PEPSKEPEFD PSKIKIEFTP EQIEEFKEAF TLFDRTPKCE MKITYGQCGD VLRALGQNPT QAEVLRVLGK PKQEELNSKM MDFDTFLPML QHISKNKDTG TYEDFVEGLR VFDKEGNGTV MGAELRHVLA TLGEKLTEDE VEKLMAGQED SNGCINYEAF VKHIMAG

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.786 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Bovine β Cardiac Myosin S1 fragment (Myosin-7) MgADP+OM
測定日: 2016年3月1日 / 保管温度: 4 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 40 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0199 0.306
結果カーブのタイプ: single_conc / コメント: BATCH mode
実験値StandardPorod
分子量119.14 kDa119.14 kDa-
体積--161 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.14 0.15 0.0002
慣性半径, Rg 3.8 nm3.99 nm0.04

MinMax
D-11.5
Guinier point14 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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