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万見
- SASDCK3: aldehyde dehydrogenase (Aldehyde-alcohol dehydrogenase, AdhE) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCK3
試料aldehyde dehydrogenase
  • Aldehyde-alcohol dehydrogenase (protein), AdhE, Escherichia coli O157:H7
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / alcohol metabolic process / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase AdhE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
登録者
  • Liyana Azmi (University of Glasgow, Glasgow, Scotland, UK)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1260
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.40 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.774
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1261
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.0 r9217) / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1
コメント: this is the averaged representation of the model
カイ2乗値: 1.774 / P-value: 0.459900
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: aldehyde dehydrogenase / 試料濃度: 2 mg/ml
バッファ名称: 30 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol / pH: 7.5
要素 #603名称: AdhE / タイプ: protein / 記述: Aldehyde-alcohol dehydrogenase / 分子量: 48.038 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli O157:H7 / 参照: UniProt: P0A9Q8
配列: MAVTNVAELN ALVERVKKAQ REYASFTQEQ VDKIFRAAAL AAADARIPLA KMAVAESGMG IVEDKVIKNH FASEYIYNAY KDEKTCGVLS EDDTFGTITI AEPIGIICGI VPTTNPTSTA IFKSLISLKT RNAIIFSPHP RAKDATNKAA DIVLQAAIAA GAPKDLIGWI ...配列:
MAVTNVAELN ALVERVKKAQ REYASFTQEQ VDKIFRAAAL AAADARIPLA KMAVAESGMG IVEDKVIKNH FASEYIYNAY KDEKTCGVLS EDDTFGTITI AEPIGIICGI VPTTNPTSTA IFKSLISLKT RNAIIFSPHP RAKDATNKAA DIVLQAAIAA GAPKDLIGWI DQPSVELSNA LMHHPDINLI LATGGPGMVK AAYSSGKPAI GVGAGNTPVV IDETADIKRA VASVLMSKTF DNGVICASEQ SVVVVDSVYD AVRERFATHG GYLLQGKELK AVQDVILKNG ALNAAIVGQP AYKIAELAGF SVPENTKILI GEVTVVDESE PFAHEKLSPT LAMYRAKDFE DAVEKAEKLV AMGGIGHTSC LYTDQDNQPA RVSYFGQKMK TARILINTPA SQGGIGDLYN FKLAPSLTLG CGSWGGNSIS ENVGPKHLIN KKTVAHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.04 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Aldehyde dehydrogenase / 測定日: 2017年1月30日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 18 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.004 0.4415
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1264 /
MinMax
Q0.00859018 0.313717
P(R) point1 1264
R0 111
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Aldehyde dehydrogenase (AldDH) is the N-terminal domain of the bifunctional alcohol/aldehyde dehydrogenase (AdhE; SASBDB entry SASDC72) spanning amino acids 1-445 of the full-length ...コメント: Aldehyde dehydrogenase (AldDH) is the N-terminal domain of the bifunctional alcohol/aldehyde dehydrogenase (AdhE; SASBDB entry SASDC72) spanning amino acids 1-445 of the full-length protein. SAXS data were measured from a protein construct that included a C-terminal 6 x histidine affinity chromatography tag. The buffer subtraction was performed using Scatter. Subsequent analysis was performed using PRIMUS (ATSAS 2.7.1).
実験値Porod
分子量46.5 kDa46.5 kDa
体積-74 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1826 0.0002068 0.18 0.00016
慣性半径, Rg 2.74 nm0.062 2.68 nm1.68

MinMax
D-11.1
Guinier point20 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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