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- SASDC73: Atg1-Atg13-Atg17-Atg31-Atg29 Minipentamer Complex (Serine/threoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC73
試料Atg1-Atg13-Atg17-Atg31-Atg29 Minipentamer Complex
  • Serine/threonine-protein kinase ATG1 (protein), Atg1, Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
  • Autophagy-related protein 13 (protein), Atg13Autophagy-related protein 13, Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
  • Autophagy-related protein 17 (protein), Atg17, Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
  • Autophagy-related protein 29 (protein), Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
  • KLLA0A10637p (protein), Atg31, Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagosome size / : / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / : / phagophore / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway ...positive regulation of autophagosome size / : / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / : / phagophore / vacuole-isolation membrane contact site / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / positive regulation of autophagosome assembly / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / reticulophagy / extrinsic component of membrane / activation of protein kinase activity / protein kinase activator activity / autophagosome assembly / SNARE binding / オートファジー / protein transport / molecular adaptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy-related protein 13, N-terminal ...Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / Atg1-like, MIT domain 1 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / HORMA domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 17 / Serine/threonine-protein kinase ATG1 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 13 / KLLA0A10637p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the Atg1 complex: implications for the architecture of the phagophore assembly site.
著者: Jürgen Köfinger / Michael J Ragusa / Il-Hyung Lee / Gerhard Hummer / James H Hurley /
要旨: The biogenesis of autophagosomes commences at the phagophore assembly site (PAS), a protein-vesicle ultrastructure that is organized by the Atg1 complex. The Atg1 complex consists of the Atg1 ...The biogenesis of autophagosomes commences at the phagophore assembly site (PAS), a protein-vesicle ultrastructure that is organized by the Atg1 complex. The Atg1 complex consists of the Atg1 protein kinase, the intrinsically disordered region-rich Atg13, and the dimeric double crescent-shaped Atg17-Atg31-Atg29 subcomplex. We show that the PAS contains a relatively uniform ∼28 copies of Atg17, and upon autophagy induction, similar numbers of Atg1 and Atg13 molecules. We then apply ensemble refinement of small-angle X-ray scattering to determine the solution structures of the Atg1-Atg13 and Atg17-Atg31-Atg29 subcomplexes and the Atg1 complex, using a trimmed minipentamer tractable to biophysical studies. We observe tetramers of Atg1 pentamers that assemble via Atg17-Atg31-Atg29. This leads to a model for the higher organization of the Atg1 complex in PAS scaffolding.
登録者
  • Michael Ragusa (Dartmouth College)

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モデル

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試料

試料名称: Atg1-Atg13-Atg17-Atg31-Atg29 Minipentamer Complex / 試料濃度: 0.70-2.60 / Entity id: 633 / 634 / 635 / 636 / 637
バッファ名称: 20 mM Tris, 200 mM NaCl / pH: 8
要素 #633名称: Atg1 / タイプ: protein / 記述: Serine/threonine-protein kinase ATG1 / 分子量: 30.664 / 分子数: 2
由来: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
参照: UniProt: Q6CSX2
配列: DSNITPAVES LAAKAFVMYS FAEMKFSQIL PTPPSSTDYD PLSDKRLSNG SCAIEDEEDL DQGRPPSNQT LTSATTKISS ATNVDTQIPA PELKKLCTES LLLYLKALTI LAASMKLTSK WWYENESKNC TLKLNILVQW IRDRFNECLD KAEFLRLKLH AINTSPNSQW ...配列:
DSNITPAVES LAAKAFVMYS FAEMKFSQIL PTPPSSTDYD PLSDKRLSNG SCAIEDEEDL DQGRPPSNQT LTSATTKISS ATNVDTQIPA PELKKLCTES LLLYLKALTI LAASMKLTSK WWYENESKNC TLKLNILVQW IRDRFNECLD KAEFLRLKLH AINTSPNSQW SDDDPVIFVE KLIYDRALDI SRNAARMEME SGNYNTCELA YATSLWMLEI LLDENFQFNE VYDDEYASNI TSLDESDKEM IKKYISSIAN RLKALKSKMV
要素 #634名称: Atg13Autophagy-related protein 13 / タイプ: protein / 記述: Autophagy-related protein 13 / 分子量: 8.726 / 分子数: 2
由来: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
参照: UniProt: Q6CWK2
配列:
FDRTAKPRKS TENPPEDLLE FVKLLEDKKE LNMKPNTILP QQDISNSLMR FQSMKSNNDA LSDNLSMSMS IDQPNV
要素 #635名称: Atg17 / タイプ: protein / 記述: Autophagy-related protein 17 / 分子量: 49.864 / 分子数: 2
由来: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
参照: UniProt: Q6CS99
配列: MSDAATTIPS DEIDKLWNKA RNQLVEAQVE CEESLKILSK VRTEMDSSQK SRFKLKFILN CLVNQVEFFK NIMLEKCIST ELIDNEWSKL VLVEIVNDVS YWQNEITTKM KILQGTKYDL TDDHSSLSDF ICMDHVDILQ QKIDEIPIIK QQVTNIRQHY KSIKDRIENQ ...配列:
MSDAATTIPS DEIDKLWNKA RNQLVEAQVE CEESLKILSK VRTEMDSSQK SRFKLKFILN CLVNQVEFFK NIMLEKCIST ELIDNEWSKL VLVEIVNDVS YWQNEITTKM KILQGTKYDL TDDHSSLSDF ICMDHVDILQ QKIDEIPIIK QQVTNIRQHY KSIKDRIENQ LVAVKLKKLR TYFDSHFSRD SKNNLFKLLE SDYVTELNEF ENELADFLRS ITDHFDKCTI LKEQQIPLPD LKELFQIVKK DDTQLENIRE LVFETGLEVK AFSKKVNETI SEIMDKIGGF HLLASKIVTE LEKCEEYLSI FQKIANLVFV YKESCIKKIE QVQQLCEFYD KFKLGYKNLL RERDRRKATA LQMEKILKEC QEKLQALSDA DLDQRQQFLL ENGDYLPENI WPGYIDDMES MYSFEYSIHN VPN
要素 #636タイプ: protein / 記述: Autophagy-related protein 29 / 分子量: 10.031 / 分子数: 2
由来: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
参照: UniProt: Q6CTU8
配列:
MNNDNTKVYV RVAGKRPENF VETKPFIWDS RRDKILWTKI SKIDSLEDMD WQELGADLGA PEPFLKKRSY TLFQNQLKVL SNQID
要素 #637名称: Atg31 / タイプ: protein / 記述: KLLA0A10637p / 分子量: 16.071 / 分子数: 2
由来: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37)
参照: UniProt: Q6CX74
配列:
MESPVLLVKN ANAATNASNL GLLGQKQNSY TVDENTWFLN NISFIFEDDD PSQHDEDQLD YENVIIIDSE PSGTVNNVEM LSERWQLLAF DQNPRDNCIS LTVMNELSAD LGQNTDISGL DNLSKLYHER NAQIRKLLDS IAP

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Atg1-Atg13-Atg17-Atg31-Atg29 Minipentamer Complex
測定日: 2013年12月20日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 22 °C / 照射時間: 0.6 sec. / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0109 0.2719
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 260 /
MinMax
Q0.009628 0.2719
P(R) point1 260
R0 340
結果
Experimental MW: 234 kDa / カーブのタイプ: single_conc
P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0768.6 14 967.1 618
慣性半径, Rg 9.97 nm0.1 10.29 nm5.8

MinMax
D-34
Guinier point1 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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