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万見
- SASDC52: Bruton tyrosine kinase (Tyrosine-protein kinase BTK (R28C mutant)... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC52
試料Bruton tyrosine kinase
  • Tyrosine-protein kinase BTK (R28C mutant) (protein), BTK, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / proteoglycan catabolic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / negative regulation of B cell activation / positive regulation of synoviocyte proliferation / neutrophil homeostasis ...regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / proteoglycan catabolic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / negative regulation of B cell activation / positive regulation of synoviocyte proliferation / neutrophil homeostasis / histamine secretion by mast cell / negative regulation of leukocyte proliferation / positive regulation of type I hypersensitivity / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to molecule of fungal origin / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / negative regulation of interleukin-10 production / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / phospholipase activator activity / positive regulation of immunoglobulin production / mesoderm development / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / B cell activation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of B cell proliferation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phospholipase binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis / apoptotic signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / cellular response to reactive oxygen species / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of interleukin-6 production / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / G beta:gamma signalling through BTK / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / response to lipopolysaccharide / ER-Phagosome pathway / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle / Potential therapeutics for SARS / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Conformation of full-length Bruton tyrosine kinase (Btk) from synchrotron X-ray solution scattering.
著者: José A Márquez / C I Edvard Smith / Maxim V Petoukhov / Paola Lo Surdo / Pekka T Mattsson / Marika Knekt / Anna Westlund / Klaus Scheffzek / Matti Saraste / Dmitri I Svergun /
要旨: Brutons's tyrosine kinase (Btk) is a non-receptor protein tyrosine kinase (nrPTK) essential for the development of B lymphocytes in humans and mice. Like Src and Abl PTKs, Btk contains a conserved ...Brutons's tyrosine kinase (Btk) is a non-receptor protein tyrosine kinase (nrPTK) essential for the development of B lymphocytes in humans and mice. Like Src and Abl PTKs, Btk contains a conserved cassette formed by SH3, SH2 and protein kinase domains, but differs from them by the presence of an N-terminal PH domain and the Tec homology region. The domain structure of Btk was analysed using X-ray synchrotron radiation scattering in solution. Low resolution shapes of the full-length protein and several deletion mutants determined ab initio from the scattering data indicated a linear arrangement of domains. This arrangement was further confirmed by rigid body modelling using known high resolution structures of individual domains. The final model of Btk displays an extended conformation with no, or little, inter-domain interactions. In agreement with these results, deletion of non-catalytic domains failed to enhance the activity of Btk. Taken together, our results indicate that, contrary to Src and Abl, Btk might not require an assembled conformation for the regulation of its activity.
登録者
  • Dmitri Svergun (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1149
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.3481 / P-value: 0.790000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1150
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.4096 / P-value: 0.003000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Bruton tyrosine kinase / 試料濃度: 1.00-10.00
バッファ名称: 20 mM HEPES 200 mM NaCl, 2 mM DTT and 1 mM MgCl2 / pH: 7.5
要素 #599名称: BTK / タイプ: protein / 記述: Tyrosine-protein kinase BTK (R28C mutant) / 分子量: 76.227 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q06187
配列: MAAVILESIF LKRSQQKKKT SPLNFKKCLF LLTVHKLSYY EYDFERGRRG SKKGSIDVEK ITCVETVVPE KNPPPERQIP RRGEESSEME QISIIERFPY PFQVVYDEGP LYVFSPTEEL RKRWIHQLKN VIRYNSDLVQ KYHPCFWIDG QYLCCSQTAK NAMGCQILEN ...配列:
MAAVILESIF LKRSQQKKKT SPLNFKKCLF LLTVHKLSYY EYDFERGRRG SKKGSIDVEK ITCVETVVPE KNPPPERQIP RRGEESSEME QISIIERFPY PFQVVYDEGP LYVFSPTEEL RKRWIHQLKN VIRYNSDLVQ KYHPCFWIDG QYLCCSQTAK NAMGCQILEN RNGSLKPGSS HRKTKKPLPP TPEEDQILKK PLPPEPAAAP VSTSELKKVV ALYDYMPMNA NDLQLRKGDE YFILEESNLP WWRARDKNGQ EGYIPSNYVT EAEDSIEMYE WYSKHMTRSQ AEQLLKQEGK EGGFIVRDSS KAGKYTVSVF AKSTGDPQGV IRHYVVCSTP QSQYYLAEKH LFSTIPELIN YHQHNSAGLI SRLKYPVSQQ NKNAPSTAGL GYGSWEIDPK DLTFLKELGT GQFGVVKYGK WRGQYDVAIK MIKEGSMSED EFIEEAKVMM NLSHEKLVQL YGVCTKQRPI FIITEYMANG CLLNYLREMR HRFQTQQLLE MCKDVCEAME YLESKQFLHR DLAARNCLVN DQGVVKVSDF GLSRYVLDDE YTSSVGSKFP VRWSPPEVLM YSKFSSKSDI WAFGVLMWEI YSLGKMPYER FTNSETAEHI AQGLRLYRPH LASEKVYTIM YSCWHEKADE RPTFKILLSN ILDVMDEES

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: 1D Gas detector
スキャン
タイトル: Bruton tyrosine kinase / 測定日: 2002年4月2日 / 保管温度: 6 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 60 sec. / フレーム数: 15 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0216 0.4575
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 400 /
MinMax
Q0.02164 0.4575
P(R) point1 400
R0 200
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: The Guinier range is very short subject to experimental conditions
実験値StandardStandard errorPorod
分子量76 kDa76 kDa10 75 kDa
体積---130 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0190 13 183 16
慣性半径, Rg 5.6 nm0.35 5 nm4

MinMaxError
D-20 2
Guinier point1 8 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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