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万見
- SASDC32: Ethylene Receptor 1 Cytosolic Domain (in 250 mM NDSB) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC32
試料Ethylene Receptor 1 Cytosolic Domain (in 250 mM NDSB)
  • Ethylene Receptor 1Ethylene as a plant hormone (protein), ETR1(-ΔTM), Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect ...ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect / phloem or xylem histogenesis / response to ethylene / cytokinin metabolic process / regulation of stomatal movement / response to auxin / protein histidine kinase activity / response to abscisic acid / hydrogen peroxide biosynthetic process / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / response to salt stress / response to molecule of bacterial origin / defense response / response to heat / defense response to bacterium / 細胞分裂 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ethylene receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
引用日付: 2015 Jan 30
タイトル: Structural Model of the Cytosolic Domain of the Plant Ethylene Receptor 1 (ETR1)
著者: Mayerhofer H / Panneerselvam S / Kaljunen H / Tuukkanen A / Mertens H
登録者
  • Anne Tuukkanen
  • Haydyn Mertens

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1495
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 2.1316
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1496
タイプ: dummy / ソフトウェア: (1.44) / ダミー原子の半径: 4.50 A
コメント: Global refinement of GAF-DHp-CA-RD + DHp-CA-RD + DHp-CA data (3 sets)
カイ2乗値: 1.234321
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Ethylene Receptor 1 Cytosolic Domain (in 250 mM NDSB)
Dry vol: 78367 / 試料濃度: 0.70-2.70 / 濃度測定法: A280
バッファ名称: 20 mM Tris-NDSB 150 mM NaCl 1mM DTT 250 mM NDSB / 濃度: 20.00 mM / pH: 8.8 / 組成: 150 mM NaCl, 1mM DTT, 250 mM NDSB
要素 #515名称: ETR1(-ΔTM) / タイプ: protein / 記述: Ethylene Receptor 1Ethylene as a plant hormone / 分子量: 64.555 / 分子数: 2 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: P49333
配列: DRHTILKTTL VELGRTLALE ECALWMPTRT GLELQLSYTL RHQHPVEYTV PIQLPVINQV FGTSRAVKIS PNSPVARLRP VSGKYMLGEV VAVRVPLLHL SNFQINDWPE LSTKRYALMV LMLPSDSARQ WHVHELELVE VVADQVAVAL SHAAILEESM RARDLLMEQN ...配列:
DRHTILKTTL VELGRTLALE ECALWMPTRT GLELQLSYTL RHQHPVEYTV PIQLPVINQV FGTSRAVKIS PNSPVARLRP VSGKYMLGEV VAVRVPLLHL SNFQINDWPE LSTKRYALMV LMLPSDSARQ WHVHELELVE VVADQVAVAL SHAAILEESM RARDLLMEQN VALDLARREA ETAIRARNDF LAVMNHEMRT PMHAIIALSS LLQETELTPE QRLMVETILK SSNLLATLMN DVLDLSRLED GSLQLELGTF NLHTLFREVL NLIKPIAVVK KLPITLNLAP DLPEFVVGDE KRLMQIILNI VGNAVKFSKQ GSISVTALVT KSDTRAADFF VVPTGSHFYL RVKVKDSGAG INPQDIPKIF TKFAQTQSLA TRSSGGSGLG LAISKRFVNL MEGNIWIESD GLGKGCTAIF DVKLGISERS NESKQSGIPK VPAIPRHSNF TGLKVLVMDE NGVSRMVTKG LLVHLGCEVT TVSSNEECLR VVSHEHKVVF MDVCMPGVEN YQIALRIHEK FTKQRHQRPL LVALSGNTDK STKEKCMSFG LDGVLLKPVS LDNIRDVLSD LLEPRVLYEG M

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: ETR1-delTM_NDSB / 測定日: 2011年3月19日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1409 6.0241
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 400 /
MinMax
Q0.1423 2.328
P(R) point1 400
R0 15.8
結果
カーブのタイプ: extrapolated / Standard: BSA / コメント: Cytosolic domain of ETR1 in 250 mM NBSB
実験値Experimental errorStandardStandard errorPorodPorod error
分子量54.09 kDa5 54.09 kDa5 186 kDa20
体積----316 nm350

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I072.3 0.3 67.8 0.7
慣性半径, Rg 5.2 nm0.1 4.7 nm0.2

MinMaxError
D-15.8 0.5
Guinier point1 47 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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