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万見
- SASDBZ5: Enzyme I-Ntr (residues 170-424) in complex with NPr (residues 1-85) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBZ5
試料Enzyme I-Ntr (residues 170-424) in complex with NPr (residues 1-85)
  • Phosphocarrier protein NPr (protein), NPr, Escherichia coli
  • Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP (protein), Enzyme I-Ntr, Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / : / kinase activity / phosphorylation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain ...Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein NPr / Phosphoenolpyruvate-dependent phosphotransferase system
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用日付: 2016 Nov 8
タイトル: Structure of the NPr:EIN-Ntr Complex: Mechanism for Specificity in Paralogous Phosphotransferase Systems.
著者: Strickland M / Stanley AM / Wang G / Botos I / Schwieters CD / Buchanan SK / Peterkofsky A
登録者
  • Madeleine Strickland (NIH, National Institutes of Health, Bethesda, MD, Bethesda, Maryland, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #893
タイプ: atomic / ソフトウェア: CRYSOL (2.8.3) / コメント: Fig. 5J / カイ2乗値: 1.248
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Enzyme I-Ntr (residues 170-424) in complex with NPr (residues 1-85)
試料濃度: 3.76 mg/ml / Entity id: 390 / 391
バッファ名称: 10 mM Tris 150 mM NaCl 0.5 mM EDTA / pH: 7.5
要素 #390名称: NPr / タイプ: protein / 記述: Phosphocarrier protein NPr / 分子量: 9.25 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P0A9N0
配列:
MTVKQTVEIT NKLGMHARPA MKLFELMQGF DAEVLLRNDE GTEAEANSVI ALLMLDSAKG RQIEVEATGP QEEEALAAVI ALFNS
要素 #391名称: Enzyme I-Ntr / タイプ: protein / 記述: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP / 分子量: 28.35 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P37177
配列: RIRALPAAPG VAIAEGWQDA TLPLMEQVYQ ASTLDPALER ERLTGALEEA ANEFRRYSKR FAAGAQKETA AIFDLYSHLL SDTRLRRELF AEVDKGSVAE WAVKTVIEKF AEQFAALSDN YLKERAGDLR ALGQRLLFHL DDANQGPNAW PERFILVADE LSATTLAELP ...配列:
RIRALPAAPG VAIAEGWQDA TLPLMEQVYQ ASTLDPALER ERLTGALEEA ANEFRRYSKR FAAGAQKETA AIFDLYSHLL SDTRLRRELF AEVDKGSVAE WAVKTVIEKF AEQFAALSDN YLKERAGDLR ALGQRLLFHL DDANQGPNAW PERFILVADE LSATTLAELP QDRLVGVVVR DGAANSHAAI MVRALGIPTV MGADIQPSVL HRRTLIVDGY RGELLVDPEP VLLQEYQRLI SEEIELSRLA EDDVN

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実験情報

ビーム設備名称: NIDDK, NIH / 地域: Bethesda, MD / 国: USA / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å
スキャン
タイトル: Enzyme I-Ntr (residues 170-424) in complex with NP
測定日: 2015年1月30日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 27 °C / 照射時間: 1800 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0181 0.6797
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 214 /
MinMax
Q0.032546 0.339536
P(R) point1 214
R0 81.56
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量37.6 kDa22 kDa30.6 kDa
体積--52 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I02.87 2.83
慣性半径, Rg 2.373 nm2.319 nm

MinMax
D-8.16
Guinier point7 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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