[日本語] English
万見
- SASDBX4: Albumen gland precursor of perivitellin-2 (PcPV2) (Perivitellin-2... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBX4
試料Albumen gland precursor of perivitellin-2 (PcPV2)
  • Perivitellin-2 31 kDa subunit (protein), PcPV2-31, Pomacea canaliculata
  • Perivitellin-2 67 kDa subunit (protein), PcPV2-67, Pomacea canaliculata
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / toxin activity / carbohydrate binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Propeller / Tectonin domain / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Perivitellin-2 67 kDa subunit / Perivitellin-2 31 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pomacea canaliculata (スクミリンゴガイ)
引用ジャーナル: Physiol Biochem Zool / 年: 2017
タイトル: Apple Snail Perivitellin Precursor Properties Help Explain Predators' Feeding Behavior.
著者: María Pilar Cadierno / Marcos Sebastián Dreon / Horacio Heras /
要旨: In contrast with vitellogenin maturation, it is unknown whether gastropod perivitellin precursors are subject to large structural changes. The gastropod reproductive tract includes an accessory ...In contrast with vitellogenin maturation, it is unknown whether gastropod perivitellin precursors are subject to large structural changes. The gastropod reproductive tract includes an accessory organ, the albumen gland (AG), that produces and secretes perivitelline fluid. In the apple snail Pomacea canaliculata, the large, reddish-pink AG provides eggs with perivitellins that are defensive against predators. Although the AG makes a considerable contribution to apple snail biomass, field observations indicate that it is rejected by avian and mammalian predators, although the underlying reason remains unknown. By analyzing the structure-function properties of P. canaliculata perivitellin precursors, we provide insight into perivitellin maturation and its relationship with apple snail predator feeding behavior. Structural analysis using small-angle X-ray scattering, absorption and fluorescence spectroscopy, circular dichroism, electrophoresis, chromatography, and partial proteolysis showed that the size, shape, and structure of perivitellin precursors resemble those of egg mature forms. Functional analysis indicates that the precursors of the defensive perivitellins ovorubin (PcOvo) and perivitellin-2 (PcPV2) are highly stable and antinutritive, withstanding proteinase digestion and displaying structural stability of their quaternary structure under a wide pH range (4.0-10.0). Furthermore, AG extracts limit a predator's ability to digest nutrients and are toxic to mice (median lethal concentration 96 h after administration: 5.9 mg/kg). Treated mice displayed neurologic signs similar to those produced by egg PcPV2. Results indicate that apple snails store active precursors of egg proteins inside the AG, providing evidence that gastropod perivitellin precursors do not experience the large structural processing of invertebrate vitellogenin maturation. These defensive proteins provide the apple snail AG with neurotoxic, antinutritive, and antidigestive activity, a likely explanation for the predators' feeding behavior.
登録者
  • Marcos Dreon

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #539
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r3695) / ダミー原子の半径: 3.60 A / カイ2乗値: 3.0976
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #540
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r3695) / ダミー原子の半径: 3.60 A / カイ2乗値: 3.010225
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: Albumen gland precursor of perivitellin-2 (PcPV2) / 試料濃度: 0.60-2.40 / Entity id: 346 / 347
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl / 濃度: 20.00 mM / pH: 8.5
要素 #346名称: PcPV2-31 / タイプ: protein / 記述: Perivitellin-2 31 kDa subunit / 分子量: 31.584 / 分子数: 4 / 由来: Pomacea canaliculata / 参照: UniProt: P0C8G7
配列: MVKKIHFIME RHASIVAFLL AVLALTESQA FTSVKLPRDE HWPYNYVSIG PAGVWAVNRQ NKLFYRTGTY GDNANMGSGW QFKQDGVGQV DVGKDKVGYI NLSGGSLFRI DGISQGNPVG GSPKSWEWWT KYIGMSLRED TRFSSRIENQ NKVLTFTFRT CFWASRITNW ...配列:
MVKKIHFIME RHASIVAFLL AVLALTESQA FTSVKLPRDE HWPYNYVSIG PAGVWAVNRQ NKLFYRTGTY GDNANMGSGW QFKQDGVGQV DVGKDKVGYI NLSGGSLFRI DGISQGNPVG GSPKSWEWWT KYIGMSLRED TRFSSRIENQ NKVLTFTFRT CFWASRITNW CFADSSYTET VTAGGSGTWI TKSQLKYKSG TFGNPDTEGG DWITVDSGSF QHVSSGSGVV LAVRSNGELV KRTGITCSLP QGSGWTSMLN GMSRVDTYGT VAWAVDTYGD LYFINL
要素 #347名称: PcPV2-67 / タイプ: protein / 記述: Perivitellin-2 67 kDa subunit / 分子量: 62.517 / 分子数: 4 / 由来: Pomacea canaliculata / 参照: UniProt: P0C8G6
配列: MSQLRWWVVS QLLLLIVVCI LDHSEGARVC PKIVPGLDKL RVGVDITKLD LLPLFDLGDN GFRSAVADYT CDRGQTTVVD GESFDVPDQV DSVVIESSGQ QTSSVTTIKS ESQISQALSI SAGISVDTAK AGFSSSASYA EMQEAITKYG RTVSQMSAVY TTCSANLSPN ...配列:
MSQLRWWVVS QLLLLIVVCI LDHSEGARVC PKIVPGLDKL RVGVDITKLD LLPLFDLGDN GFRSAVADYT CDRGQTTVVD GESFDVPDQV DSVVIESSGQ QTSSVTTIKS ESQISQALSI SAGISVDTAK AGFSSSASYA EMQEAITKYG RTVSQMSAVY TTCSANLSPN LLLGQNPLQT LSRLPSDFTA DTEGYYDFIK TYGTHYFNKG KLGGMFLFTS ETDMSYFQNK NSQQVEANIK ATFASILSTE TGGSSDQSKE VIEFKESSLI TAKFFGGRTN LAADGLTKWQ PTIAKLPYFM SGTLSTISSL IADTTKRASM ELAVKNYLLK AKVANLDRLT YIRLNSWTVG HNELRDLSAQ LQNLKKKTIF SDEDEKLLQS IEDQVSVPAW FSDRTTFCFR STAVGSADQC NGQSTSTLCA EPNRYTQQYM DKTYLGDTGC RLVWKLSTTE SSDWFKSVKV NFRWYPTWSP CACGPVGTPF TISAPANSWT QDYLDVTNPK FGECMLQWMI EVPPTATLWA KNLEFCIDFT CGKKKQCVDA NHWTEPYLDI SAHEACGMSW ALIAK

-
実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS2 Beamline
地域: Campinas / 国: Brazil / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Albumen gland precursor of perivitellin-2 (PcPV2)
測定日: 2014年6月10日 / 保管温度: 25 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 5 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0846 2.0807
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 178 /
MinMax
Q0.1086 1.528
P(R) point3 180
R0 16.96
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量400 kDa-
体積-294 nm3

P(R)GuinierP(R) errorGuinier error
前方散乱 I00.0004835 0.00049 --
慣性半径, Rg 4.86 nm4.84 nm0.009 0.18

MinMax
D-16.96
Guinier point3 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る