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万見
- SASDBN3: Highly similar to Actin cross-linking family protein 7 (ACF7) Y25... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBN3
試料Highly similar to Actin cross-linking family protein 7 (ACF7) Y259D mutant Homo Sapiens
  • cDNA FLJ45612 fis, clone BRTHA3025073, highly similar to Actin cross-linking family protein 7 Y259D mutant (protein), ACF7-Y259D, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Plectin / Plakin / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ45612 fis, clone BRTHA3025073, highly similar to Actin cross-linking family protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: In vivo epidermal migration requires focal adhesion targeting of ACF7.
著者: Jiping Yue / Yao Zhang / Wenguang G Liang / Xuewen Gou / Philbert Lee / Han Liu / Wanqing Lyu / Wei-Jen Tang / Shao-Yu Chen / Feng Yang / Hong Liang / Xiaoyang Wu /
要旨: Turnover of focal adhesions allows cell retraction, which is essential for cell migration. The mammalian spectraplakin protein, ACF7 (Actin-Crosslinking Factor 7), promotes focal adhesion dynamics by ...Turnover of focal adhesions allows cell retraction, which is essential for cell migration. The mammalian spectraplakin protein, ACF7 (Actin-Crosslinking Factor 7), promotes focal adhesion dynamics by targeting of microtubule plus ends towards focal adhesions. However, it remains unclear how the activity of ACF7 is regulated spatiotemporally to achieve focal adhesion-specific guidance of microtubule. To explore the potential mechanisms, we resolve the crystal structure of ACF7's NT (amino-terminal) domain, which mediates F-actin interactions. Structural analysis leads to identification of a key tyrosine residue at the calponin homology (CH) domain of ACF7, whose phosphorylation by Src/FAK (focal adhesion kinase) complex is essential for F-actin binding of ACF7. Using skin epidermis as a model system, we further demonstrate that the phosphorylation of ACF7 plays an indispensable role in focal adhesion dynamics and epidermal migration in vitro and in vivo. Together, our findings provide critical insights into the molecular mechanisms underlying coordinated cytoskeletal dynamics during cell movement.
登録者
  • Wenguang Liang (Uchicago, The University of Chicago, Edward H. Levi Hall 5801 South Ellis Avenue Chicago, Illinois 60637 773.702.1234)

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モデル

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試料

試料名称: Highly similar to Actin cross-linking family protein 7 (ACF7) Y259D mutant Homo Sapiens
試料濃度: 0.97 mg/ml
バッファ名称: PBS / pH: 7.4
要素 #301名称: ACF7-Y259D / タイプ: protein
記述: cDNA FLJ45612 fis, clone BRTHA3025073, highly similar to Actin cross-linking family protein 7 Y259D mutant
分子量: 46.294 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q6ZSD7
配列: MFPVLWAGIP GRDVGSLQPL PPGFKQFCTS ASRVAVIADE RDRVQKKTFT KWVNKHLMKV RKHINDLYED LRDGHNLISL LEVLSGIKLP REKGRMRFHR LQNVQIALDF LKQRQVKLVN IRNDDITDGN PKLTLGLIWT IILHFQISDI YISGESGDMS AKEKLLLWTQ ...配列:
MFPVLWAGIP GRDVGSLQPL PPGFKQFCTS ASRVAVIADE RDRVQKKTFT KWVNKHLMKV RKHINDLYED LRDGHNLISL LEVLSGIKLP REKGRMRFHR LQNVQIALDF LKQRQVKLVN IRNDDITDGN PKLTLGLIWT IILHFQISDI YISGESGDMS AKEKLLLWTQ KVTAGYTGIK CTNFSSCWSD GKMFNALIHR YRPDLVDMER VQIQSNRENL EQAFEVAERL GVTRLLDAED VDVPSPDEKS VITYVSSIDD AFPKVPEGGE GISATEVDSR WQEYQSRVDS LIPWIKQHTI LMSDKTFPQN PVELKALYNQ YIHFKETEIL AKEREKGRIE ELYKLLEVWI EFGRIKLPQG YHPNDVEEEW GKLIIEMLER EKSLRPAVER LELLLQIANK

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory 12ID-B SAXS/WAXS
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Actin cross-linking family protein7 mutant Y295D
測定日: 2014年11月7日 / 保管温度: 25 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.2026 10.0488
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 116 /
MinMax
Q0.0023393 0.024926
P(R) point1 116
R0 13.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量44 kDa34.5 kDa
体積-55.2 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.097 0.004 0.094 0.001
慣性半径, Rg 3.68 nm0.18 3.38 nm0.12

MinMax
D-13.5
Guinier point9 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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