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万見
- SASDBJ9: Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300 (GstDnaB1-300) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBJ9
試料Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300
  • Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300 (protein), GstDnaB1-300, Geobacillus stearothermophilus
機能・相同性DnaD domain / DnaD-like domain superfamily / Replication initiation and membrane attachment / Replication initiation and membrane attachment protein
機能・相同性情報
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
引用日付: 2017 Sep 22
タイトル: Structural analyses of the bacterial primosomal protein DnaB reveal that it is a tetramer and forms a complex with a primosomal re-initiation protein
著者: Li Y / Naveen V / Lin M
登録者
  • YiChing Li (Academia Sinica, Taipei, Taiwan)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1100
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.30
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300 / 試料濃度: 10.00-18.00
バッファ名称: 20 mM Tris, 300 mM NaCl and 5 mM β-ME / pH: 8
要素 #566名称: GstDnaB1-300 / タイプ: protein / 記述: Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300 / 分子量: 34.508 / 分子数: 4 / 由来: Geobacillus stearothermophilus / 参照: UniProt: A0A0K2H6I1
配列: MQHHWKELIA VDRYTVQSRG VLQEVDRKVL TLLYQPLIGC RALALYMTLW GELELLDGQE ATHHRLMALM QCGLPDIYSE RLKLEGIGLL DTYVHAKEAD EPKLFLYELR PPLAPDQFFR DEMLSVFLRR QVGRHLFIQL SNFFARPSID ETKFTQVTRS FSDVFSAVPA ...配列:
MQHHWKELIA VDRYTVQSRG VLQEVDRKVL TLLYQPLIGC RALALYMTLW GELELLDGQE ATHHRLMALM QCGLPDIYSE RLKLEGIGLL DTYVHAKEAD EPKLFLYELR PPLAPDQFFR DEMLSVFLRR QVGRHLFIQL SNFFARPSID ETKFTQVTRS FSDVFSAVPA EQIVAGLSEE AGPELLEGKD HIRRDEASYV LDDGVFDFEL FFAGLSKQLV PRRAVTAKVK EAIKKLAFLY GIPPLEMQKL VLGVIDPAYH IDIDALRRAA REWYELEHGG VEPRLVERVQ PLAYRTMENI

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実験情報

ビーム設備名称: Taiwan Photon Source 23A / 地域: NSRRC, Hsinchu / 国: Taiwan / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.08285 Å
検出器名称: Flat Panel sensor C10158DK-3957(X) / Pixsize x: 50 mm
スキャン
タイトル: Geobacillus stearothermophilus DnaB1-300 / 測定日: 2015年10月18日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 13 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0075 0.3526
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 244 /
MinMax
Q0.00751 0.3526
P(R) point1 244
R0 110
結果
D max: 11 / カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量34.547 kDa128.78 kDa-
体積--314.75 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I00.868 0.868
慣性半径, Rg 3.544 nm3.542 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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