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- SASDB99: Extracellular assembly of the human TSLP:TSLPR:IL-7Ralpha complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB99
試料Extracellular assembly of the human TSLP:TSLPR:IL-7Ralpha complex
  • Thymic stromal lymphopoietin (protein), TSLP, Homo sapiens
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha (protein), IL-7Rα, Homo sapiens
  • Cytokine receptor-like factor 2 (protein), TSLPR, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway ...positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 1 production / positive regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / interleukin-7 receptor activity / interleukin-7 receptor binding / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of T cell apoptotic process / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / cytokine binding / T cell homeostasis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell homeostasis / positive regulation of interleukin-10 production / hemopoiesis / defense response to fungus / lymph node development / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-7 signaling / cytokine activity / antigen binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of interleukin-6 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / gene expression / T cell differentiation in thymus / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. ...Thymic stromal lymphopoietin / Thymic stromal lymphopoietin superfamily / Thymic stromal lymphopoietin / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D1 domain / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-7 receptor subunit alpha / Thymic stromal lymphopoietin / Cytokine receptor-like factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and antagonism of the receptor complex mediated by human TSLP in allergy and asthma.
著者: Kenneth Verstraete / Frank Peelman / Harald Braun / Juan Lopez / Dries Van Rompaey / Ann Dansercoer / Isabel Vandenberghe / Kris Pauwels / Jan Tavernier / Bart N Lambrecht / Hamida Hammad / ...著者: Kenneth Verstraete / Frank Peelman / Harald Braun / Juan Lopez / Dries Van Rompaey / Ann Dansercoer / Isabel Vandenberghe / Kris Pauwels / Jan Tavernier / Bart N Lambrecht / Hamida Hammad / Hans De Winter / Rudi Beyaert / Guy Lippens / Savvas N Savvides /
要旨: The pro-inflammatory cytokine thymic stromal lymphopoietin (TSLP) is pivotal to the pathophysiology of widespread allergic diseases mediated by type 2 helper T cell (Th2) responses, including asthma ...The pro-inflammatory cytokine thymic stromal lymphopoietin (TSLP) is pivotal to the pathophysiology of widespread allergic diseases mediated by type 2 helper T cell (Th2) responses, including asthma and atopic dermatitis. The emergence of human TSLP as a clinical target against asthma calls for maximally harnessing its therapeutic potential via structural and mechanistic considerations. Here we employ an integrative experimental approach focusing on productive and antagonized TSLP complexes and free cytokine. We reveal how cognate receptor TSLPR allosterically activates TSLP to potentiate the recruitment of the shared interleukin 7 receptor α-chain (IL-7Rα) by leveraging the flexibility, conformational heterogeneity and electrostatics of the cytokine. We further show that the monoclonal antibody Tezepelumab partly exploits these principles to neutralize TSLP activity. Finally, we introduce a fusion protein comprising a tandem of the TSLPR and IL-7Rα extracellular domains, which harnesses the mechanistic intricacies of the TSLP-driven receptor complex to manifest high antagonistic potency.
登録者
  • Kenneth Verstraete (Ghent University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1113
タイプ: atomic / ソフトウェア: AllosMod-FoXS (005772e) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 5.80855488685
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Extracellular assembly of the human TSLP:TSLPR:IL-7Ralpha complex
Entity id: 580 / 581 / 582
バッファ名称: 10 mM Hepes, 150 mM NaCl / pH: 7.4
要素 #580名称: TSLP / タイプ: protein / 記述: Thymic stromal lymphopoietin / 分子量: 14.618 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q969D9
配列:
GSHMYDFTNC DFEKIKAAYL STISKDLITY MSGTKSTEFN NTVSCSNRPH CLTEIQSLTF NPTAGCASLA KEMFAMKTKA ALAIWCPGYS ETQINATQAM KKVTTNKCLE QVSQLQGLWR RFNRPLLKQQ
要素 #581名称: IL-7Rα / タイプ: protein / 記述: Interleukin-7 receptor subunit alpha / 分子量: 25.672 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P16871
配列: GSHMESGYAQ NGDLEDAELD DYSFSCYSQL EVNGSQHSLT CAFEDPDVNI TNLEFEICGA LVEVKCLNFR KLQEIYFIET KKFLLIGKSN ICVKVGEKSL TCKKIDLTTI VKPEAPFDLS VVYREGANDF VVTFNTSHLQ KKYVKVLMHD VAYRQEKDEN KWTHVNLSST ...配列:
GSHMESGYAQ NGDLEDAELD DYSFSCYSQL EVNGSQHSLT CAFEDPDVNI TNLEFEICGA LVEVKCLNFR KLQEIYFIET KKFLLIGKSN ICVKVGEKSL TCKKIDLTTI VKPEAPFDLS VVYREGANDF VVTFNTSHLQ KKYVKVLMHD VAYRQEKDEN KWTHVNLSST KLTLLQRKLQ PAAMYEIKVR SIPDHYFKGF WSEWSPSYYF RTPEINNSSG EMD
要素 #582名称: TSLPR / タイプ: protein / 記述: Cytokine receptor-like factor 2 / 分子量: 24.059 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9HC73
配列: GAAEGVQIQI IYFNLETVQV TWQASKYSRT NLTFHYRFNG DEAYDQCTNY LLQEGHTSGC LLDAEQRDDI LYFSIRNGTH PVFTASRWMV YYLKPSSPKH VRFSWHQDAV TVTCSDLSYG DLLYEVQYRS PFDTEWQSKQ ENTCQVTIEG LDAEKCYSFW VRVKAMEDVY ...配列:
GAAEGVQIQI IYFNLETVQV TWQASKYSRT NLTFHYRFNG DEAYDQCTNY LLQEGHTSGC LLDAEQRDDI LYFSIRNGTH PVFTASRWMV YYLKPSSPKH VRFSWHQDAV TVTCSDLSYG DLLYEVQYRS PFDTEWQSKQ ENTCQVTIEG LDAEKCYSFW VRVKAMEDVY GPDTYPSDWS EVTCWQRGEI RDACAETGTK HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: TSLPΔ127-131:TSLPRN47Q:IL-7R complex / 測定日: 2016年4月8日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 255 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0097 0.6139
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 430 /
MinMax
Q0.011927 0.25541
P(R) point1 430
R0 103.2
結果
カーブのタイプ: other
実験値StandardPorod
分子量64.3 kDa58.7 kDa61.3 kDa
体積--98.02 nm3

P(R)P(R) errorGuinier
前方散乱 I00.0533 1.986E-5 0.053
慣性半径, Rg 3.135 nm0.002 3.12 nm

MinMax
D-10.32
Guinier point5 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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