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万見
- SASDB47: Full length tetrameric FKBP39 protein from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB47
試料Full length tetrameric FKBP39 protein from Drosophila melanogaster
  • 39 kDa FK506-binding nuclear protein (protein), FKBP39, Drosophila melanogaster
機能・相同性
機能・相同性情報


juvenile hormone response element binding / juvenile hormone mediated signaling pathway / macrolide binding / negative regulation of macroautophagy / FK506 binding / ヘテロクロマチン / negative regulation of autophagy / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / クロマチン / 核小体
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Fpr3/Fpr4-like / Nucleoplasmin-like domain / Nucleoplasmin-like domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
39 kDa FK506-binding nuclear protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
引用日付: 2017 Jan 11
タイトル: Nucleoplasmin-like domain of FKBP39 from Drosophila melanogaster forms a tetramer with partly disordered tentacle-like C-terminal segments
著者: Kozłowska M / Tarczewska A / Jakób M / Bystranowska D / Taube M / Kozak M / Czarnocki-Cieciura M / Dziembowski A / Orłowski M / Tkocz K
登録者
  • Michal Taube (AMU, Adam Mickiewicz University in Poznań, Poznań, Poland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #783
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P4 / カイ2乗値: 0.374544 / P-value: 0.008000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #784
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P4 / カイ2乗値: 0.374544 / P-value: 0.008000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #785
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.374544 / P-value: 0.008000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #786
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.0) / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.374544 / P-value: 0.008000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Full length tetrameric FKBP39 protein from Drosophila melanogaster
試料濃度: 3 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Na2HPO4 150 mM NaCl / pH: 7
要素 #432名称: FKBP39 / タイプ: protein / 記述: 39 kDa FK506-binding nuclear protein / 分子量: 40.826 / 分子数: 4 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: P54397
配列: MGSSMFWGLN MKPERKYSQT IIKSFHISGV ALDKGQEAKL YLAAEKQEYI VATVTKAIPQ VALDLNFSKG DRIMFYTAGD ASVSLLGYLH DIDSEDDEDD DQMTIENLLN SKAIKNSKKS EDDEDENESG EEDEEDTDDD SQIIEEYESF LENGEEEDDD DVDEDNEESG ...配列:
MGSSMFWGLN MKPERKYSQT IIKSFHISGV ALDKGQEAKL YLAAEKQEYI VATVTKAIPQ VALDLNFSKG DRIMFYTAGD ASVSLLGYLH DIDSEDDEDD DQMTIENLLN SKAIKNSKKS EDDEDENESG EEDEEDTDDD SQIIEEYESF LENGEEEDDD DVDEDNEESG EEDEQDSDDS EAEEEQPKAK VAKLSPGASA KKSGKEQNGV AKKEEAKQQQ KKKEKPEAKK EQPKAKEPAK QQPASKDPRT ITGGVKIVDQ VVGKGEEAKQ GKRVSVYYIG RLQSNNKTFD SLLKGKPFKF ALGGGEVIKG WDVGVAGMKV GGKRVITCPP HMAYGARGAP PKIGPNSTLV FEVELKAVHK LHHHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.9 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Full length tetrameric FKBP39 protein / 測定日: 2014年11月14日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 18 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0026 0.4009
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 360 /
MinMax
Q0.004221 0.3
P(R) point6 365
R0 220
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Modeling of the full length FKBP39 protein from low resolution structure was performed using Ensemble Optimization Method (EOM). EOM models were then processed by PD2 ca2main program to ...コメント: Modeling of the full length FKBP39 protein from low resolution structure was performed using Ensemble Optimization Method (EOM). EOM models were then processed by PD2 ca2main program to generate models that have replaced bead residues by C-alpha backbone. The molecular weight of the protein was estimated using I(0) value obtained for the CS domain of barley SGT1. Molecular weight obtained using MoW (Fischer et al) is 158 kDa. In addition, a zip file containing models of the final EOM ensemble as well as the final Rg and Dmax distributions are available in the full entry zip archive.
実験値StandardPorod
分子量158 kDa160.8 kDa161 kDa
体積--275 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.05185 0.0002 0.052 0.0003
慣性半径, Rg 5.796 nm0.032 5.69 nm0.1

MinMax
D-22
Guinier point7 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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