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万見
- SASDAP7: PBX1-PREB1 complex (Pre-B-cell leukemia transcription factor 1, P... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAP7
試料PBX1-PREB1 complex
  • Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 (protein), PBX1, Homo sapiens
  • Homeobox protein PKNOX1 (protein), PREP1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


urogenital system development / proximal/distal pattern formation / natural killer cell differentiation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / steroid biosynthetic process / camera-type eye development / embryonic limb morphogenesis ...urogenital system development / proximal/distal pattern formation / natural killer cell differentiation / embryonic skeletal system development / sex differentiation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / eye development / steroid biosynthetic process / camera-type eye development / embryonic limb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / embryonic hemopoiesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of stem cell proliferation / T cell differentiation / regulation of ossification / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / embryonic organ development / neuron development / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / spleen development / thymus development / animal organ morphogenesis / transcription corepressor binding / erythrocyte differentiation / stem cell proliferation / transcription coregulator binding / brain development / G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulator complex / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...Homeobox protein PKNOX/Meis, N-terminal / TALE/MEIS homeobox family N-terminal domain / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / : / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 / Homeobox protein PKNOX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2016
タイトル: The flexibility of a homeodomain transcription factor heterodimer and its allosteric regulation by DNA binding.
著者: Lisa Mathiasen / Erica Valentini / Stephane Boivin / Angela Cattaneo / Francesco Blasi / Dmitri I Svergun / Chiara Bruckmann /
要旨: Transcription factors are known to modify the DNA that they bind. However, DNA can also serve as an allosteric ligand whose binding modifies the conformation of transcriptional regulators. Here, we ...Transcription factors are known to modify the DNA that they bind. However, DNA can also serve as an allosteric ligand whose binding modifies the conformation of transcriptional regulators. Here, we describe how heterodimer PBX1:PREP1, formed by proteins playing major roles in embryonic development and tumorigenesis, undergoes an allosteric transition upon DNA binding. We demonstrate through a number of biochemical and biophysical methods that PBX1:PREP1 exhibits a structural change upon DNA binding. Small-angle X-ray scattering (SAXS), circular dichroism (CD), isothermal titration calorimetry (ITC), and limited proteolysis demonstrate a different shape, α-helical content, thermodynamic behavior, and solution environment of the holo-complex (with DNA) compared to the apo-complex (without DNA). Given that PBX1 as such does not have a defined DNA selectivity, structural changes upon DNA binding become major factors in the function of the PBX1:PREP1 complex. The observed changes are mapped at both the amino- and carboxy-terminal regions of the two proteins thereby providing important insights to determine how PBX1:PREP1 dimer functions.
データベース: Small-angle scattering data are available in SASBDB under accession numbers SASDAP7, SASDAQ7, and SASDAR7.
登録者
  • Erica Valentini (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #288
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 4.00 A / カイ2乗値: 1.340964
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: PBX1-PREB1 complex / 試料濃度: 1.50-2.80 / Entity id: 160 / 161
バッファ名称: Tris-HCl / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM DTT
要素 #160名称: PBX1 / タイプ: protein / 記述: Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 / 分子量: 34.455 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P40424
配列: MDEQPRLMHS HAGVGMAGHP GLSQHLQDGA GGTEGEGGRK QDIGDILQQI MTITDQSLDE AQARKHALNC HRMKPALFNV LCEIKEKTVL SIRGAQEEEP TDPQLMRLDN MLLAEGVAGP EKGGGSAAAA AAAAASGGAG SDNSVEHSDY RAKLSQIRQI YHTELEKYEQ ...配列:
MDEQPRLMHS HAGVGMAGHP GLSQHLQDGA GGTEGEGGRK QDIGDILQQI MTITDQSLDE AQARKHALNC HRMKPALFNV LCEIKEKTVL SIRGAQEEEP TDPQLMRLDN MLLAEGVAGP EKGGGSAAAA AAAAASGGAG SDNSVEHSDY RAKLSQIRQI YHTELEKYEQ ACNEFTTHVM NLLREQSRTR PISPKEIERM VSIIHRKFSS IQMQLKQSTC EAVMILRSRF LDARRKRRNF NKQATEILNE YFYSHLSNPY PSEEAKEELA KKCGITVSQV SNWFGNKRIR YKKNIGKFQE EANIYAAK
要素 #161名称: PREP1 / タイプ: protein / 記述: Homeobox protein PKNOX1 / 分子量: 38.339 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P55347
配列: MMATQTLSID SYQDGQQMQV VTELKTEQDP NCSEPDAEGV SPPPVESQTP MDVDKQAIYR HPLFPLLALL FEKCEQSTQG SEGTTSASFD VDIENFVRKQ EKEGKPFFCE DPETDNLMVK AIQVLRIHLL ELEKVNELCK DFCSRYIACL KTEMNSETLL SGEPGSPYSP ...配列:
MMATQTLSID SYQDGQQMQV VTELKTEQDP NCSEPDAEGV SPPPVESQTP MDVDKQAIYR HPLFPLLALL FEKCEQSTQG SEGTTSASFD VDIENFVRKQ EKEGKPFFCE DPETDNLMVK AIQVLRIHLL ELEKVNELCK DFCSRYIACL KTEMNSETLL SGEPGSPYSP VQSQQIQSAI TGTISPQGIV VPASALQQGN VAMATVAGGT VYQPVTVVTP QGQVVTQTLS PGTIRIQNSQ LQLQLNQDLS ILHQDDGSSK NKRGVLPKHA TNVMRSWLFQ HIGHPYPTED EKKQIAAQTN LTLLQVNNWF INARRRILQP MLDSSCSETP KTKKKTAQNR PVQRF

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: The complex between the homeodomain proteins PREP1
測定日: 2013年12月6日 / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0275 4.4504
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 462 /
MinMax
Q0.1275 1.34
P(R) point38 499
R0 19
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量77 kDa77 kDa84 kDa
体積--143 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I01580 1580.53
慣性半径, Rg 5.7 nm5.846 nm

MinMax
D-19
Guinier point29 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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