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万見
- SASDAD8: Antiapoptotic membrane protein, (DpV84gp022) Deerpox virus -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAD8
試料Antiapoptotic membrane protein, (DpV84gp022) Deerpox virus
  • Antiapoptotic membrane protein (protein), Deerpox virus W-1170-84
機能・相同性Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Bcl-2-like superfamily / Antiapoptotic membrane protein
機能・相同性情報
生物種Deerpox virus W-1170-84 (ウイルス)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015
タイトル: Structural basis of Deerpox virus-mediated inhibition of apoptosis.
著者: Denis R Burton / Sofia Caria / Bevan Marshall / Michele Barry / Marc Kvansakul /
要旨: Apoptosis is a key innate defence mechanism to eliminate virally infected cells. To counteract premature host-cell apoptosis, poxviruses have evolved numerous molecular strategies, including the use ...Apoptosis is a key innate defence mechanism to eliminate virally infected cells. To counteract premature host-cell apoptosis, poxviruses have evolved numerous molecular strategies, including the use of Bcl-2 proteins, to ensure their own survival. Here, it is reported that the Deerpox virus inhibitor of apoptosis, DPV022, only engages a highly restricted set of death-inducing Bcl-2 proteins, including Bim, Bax and Bak, with modest affinities. Structural analysis reveals that DPV022 adopts a Bcl-2 fold with a dimeric domain-swapped topology and binds pro-death Bcl-2 proteins via two conserved ligand-binding grooves found on opposite sides of the dimer. Structures of DPV022 bound to Bim, Bak and Bax BH3 domains reveal that a partial obstruction of the binding groove is likely to be responsible for the modest affinities of DPV022 for BH3 domains. These findings reveal that domain-swapped dimeric Bcl-2 folds are not unusual and may be found more widely in viruses. Furthermore, the modest affinities of DPV022 for pro-death Bcl-2 proteins suggest that two distinct classes of anti-apoptotic viral Bcl-2 proteins exist: those that are monomeric and tightly bind a range of death-inducing Bcl-2 proteins, and others such as DPV022 that are dimeric and only bind a very limited number of death-inducing Bcl-2 proteins with modest affinities.
登録者
  • Marc Kvansakul (La Trobe University)

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モデル

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試料

試料名称: Antiapoptotic membrane protein, (DpV84gp022) Deerpox virus
試料濃度: 0.22-6.34
バッファ名称: HEPES / 濃度: 25.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 150 mM NaCl
要素 #186タイプ: protein / 記述: Antiapoptotic membrane protein / 分子量: 19.6 / 分子数: 2 / 由来: Deerpox virus W-1170-84 / 参照: UniProt: Q08FF8
配列:
MGSSHHHHHH SQDMEAAIEF DEIVKKLLNI YINDICTTGE KRLLNNYEKS ILDRIYKSCE YIKKNYELDF NSMYNQININ DITTSDIKSK IIEALLIDSR PSVKLATLSF ISLIAEKWGE KNRAKIMEIL SNEIVEKISN NGKDFIDFID RDDDDIVDDY VLITNYLK

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.6 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Antiapoptotic membrane protein (DpV84gp022) / 測定日: 2013年5月4日 / 保管温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.2527 5.954
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 175 /
MinMax
Q0.265615 2.51819
P(R) point1 175
R0 11.13
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量38.5 kDa-
体積-61.43 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.192 0.188 0.0001
慣性半径, Rg 2.79 nm2.64 nm0.003

MinMax
D-11.1
Guinier point4 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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