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万見
- SASDAA7: Heterotetramer of histidine protein kinase and response regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAA7
試料Heterotetramer of histidine protein kinase and response regulator
  • Histidine protein kinase (protein), ComD, Streptococcus pneumoniae
  • Response regulator (protein), ComE, Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの / phosphorelay response regulator activity / kinase activity / membrane => GO:0016020 / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sensor histidine kinase NatK, C-terminal domain / GHKL domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...Sensor histidine kinase NatK, C-terminal domain / GHKL domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine protein kinase / Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2015
タイトル: Modeling the ComD/ComE/comcde interaction network using small angle X-ray scattering.
著者: Dyana Sanchez / Marion Boudes / Herman van Tilbeurgh / Dominique Durand / Sophie Quevillon-Cheruel /
要旨: The ComD-ComE two-component system controls the competence state of Streptococcus pneumoniae via the phospho-regulation of ComE, which fluctuates between monomeric and dimeric states. We previously ...The ComD-ComE two-component system controls the competence state of Streptococcus pneumoniae via the phospho-regulation of ComE, which fluctuates between monomeric and dimeric states. We previously showed that the non-phosphorylatable ComE(D) (58A) mutant is monomeric in solution, whereas the ComE(D) (58E) active mimic mutant dimerizes via its REC domains. The crystal structure of ComE(D) (58A) revealed an asymmetric dimer that may represent the activated form of ComE. Here, we investigated the binding between the catalytic domain of ComD, ComE and the promoter region comcde, using small angle X-ray scattering. ComD(catdom) is a dimer that adapts two monomers of ComE, one on each side, placing (Com) (E) D58 residue in front of (Com) (D) H248, a location that is convenient for the intermolecular transfer reaction of the phosphoryl group. The LytTR, ComE(D) (58A) and ComE(D) (58E) complexed with comcde are composed of two protein molecules per DNA duplex. Modeling the complexes against small angle X-ray scattering data indicated that ComE(D) (58E) bound to comcde forms a compact dimer similar to the crystal structure, whereas ComE(D) (58A) -comcde adopts more than one conformation with or without dimer contacts. The various oligomeric states of ComE induce different bending angles of the promoter, which provides a mechanistic scenario for the activation of ComE: the phosphorylation of ComE forces additional bending of comcde, and the release of this bending strain on DNA via the disruption of the ComE dimer may signal the shut-off of the competence state.
データベース: The molecular models and experimental SAXS data have been deposited on SASBDB (Small Angle Scattering Biological Data Bank) (see http://www.sasbdb.org/aboutSASBDB/) under the SAS ...データベース: The molecular models and experimental SAXS data have been deposited on SASBDB (Small Angle Scattering Biological Data Bank) (see http://www.sasbdb.org/aboutSASBDB/) under the SAS codes SASDAA7, SASDAB7 and SASDAC7.
登録者
  • Dominique Durand

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #252
タイプ: atomic / ソフトウェア: BUNCH+PD2 / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.978121
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試料

試料名称: Heterotetramer of histidine protein kinase and response regulator
試料濃度: 0.40-1.10 / Entity id: 150 / 151
バッファ名称: Tris / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.5
組成: 200 mM NaCl, 5% (vol/vol) glycerol and 5 mM β-mercaptoethanol
要素 #150名称: ComD / タイプ: protein / 記述: Histidine protein kinase / 分子量: 26.912 / 分子数: 2 / 由来: Streptococcus pneumoniae / 参照: UniProt: Q8DMW4
配列: MEIALKQKKF EQKHLQNYID EIVGLYNEIR GFRHDYAGML VSMQMAIDSG NLQEIDRIYN EVLVKANHKL RSDKYTYFDL NNIEDSALRS LVAQSIVYAR NNGVEFTLEV KDTITKLPIE LLDLVRIMSV LLNNAVEGSA DSYKKQMEVA VIKMETETVI VIQNSCKMTM ...配列:
MEIALKQKKF EQKHLQNYID EIVGLYNEIR GFRHDYAGML VSMQMAIDSG NLQEIDRIYN EVLVKANHKL RSDKYTYFDL NNIEDSALRS LVAQSIVYAR NNGVEFTLEV KDTITKLPIE LLDLVRIMSV LLNNAVEGSA DSYKKQMEVA VIKMETETVI VIQNSCKMTM TPSGDLFALG FSTKGRNRGV GLNNVKELLD KYNNIILETE MEGSTFRQII RFKREFEHHH HHH
要素 #151名称: ComE / タイプ: protein / 記述: Response regulator / 分子量: 30.736 / 分子数: 2 / 由来: Streptococcus pneumoniae / 参照: UniProt: Q8DMW5
配列: MKVLILEDVI EHQVRLERIL DEISKESNIP ISYKTTGKVR EFEEYIENDE VNQLYFLAID IHGIEKKGFE VAQLIRHYNP YAIIVFITSR SEFATLTYKY QVSALDFVDK DINDEMFKKR IEQNIFYTKS MLLENEDVVD YFDYNYKGND LKIPYHDILY IETTGVSHKL ...配列:
MKVLILEDVI EHQVRLERIL DEISKESNIP ISYKTTGKVR EFEEYIENDE VNQLYFLAID IHGIEKKGFE VAQLIRHYNP YAIIVFITSR SEFATLTYKY QVSALDFVDK DINDEMFKKR IEQNIFYTKS MLLENEDVVD YFDYNYKGND LKIPYHDILY IETTGVSHKL RIIGKNFAKE FYGTMTDIQE KDKHTQRFYS PHKSFLVNIG NIREIDRKNL EIVFYEDHRC PISRLKIRKL KDILEKKSQK HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Bruker Nanostar / 地域: Orsay / 国: France / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.7 mm
検出器名称: VANTEC
スキャン
タイトル: Complex ComD-ComE / 測定日: 2012年5月16日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 1200 sec. / フレーム数: 32 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1138 4.0098
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 270 /
MinMax
Q0.01423 0.3967
P(R) point5 274
R0 160
結果
D max: 16 / カーブのタイプ: merged / Standard: water
コメント: Use of SAXS to describe the interaction between ComD and ComE, the two-component system which regulates the competence in S. pneumoniae. The molecular weight is not estimated from I(0) ...コメント: Use of SAXS to describe the interaction between ComD and ComE, the two-component system which regulates the competence in S. pneumoniae. The molecular weight is not estimated from I(0) due to the absence of tryptophan in ComE. It is obtained from the macromolecule volume by using the method developed by Craievich's team (the SAXS Mow program).
実験値Porod
分子量116 kDa116 kDa
体積-175 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I00.07508 0.07466
慣性半径, Rg 4.12 nm3.98 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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