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- PDB-9zoh: Cryo-EM structure of the complete Sulfolobus acidocaldarius RNA p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zoh
タイトルCryo-EM structure of the complete Sulfolobus acidocaldarius RNA polymerase in open clamp conformation
要素(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 13
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / Conformations / Promoter loading / Crenarchaea
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / iron-sulfur cluster binding / DNA-templated transcription initiation / transcription by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / iron-sulfur cluster binding / DNA-templated transcription initiation / transcription by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 ...RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / HRDC domain superfamily / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 ...IRON/SULFUR CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Fordjour, G.N.R. / Armache, J.-P. / Murakami, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM156623 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2026
タイトル: Clamp conformational flexibility and dynamics in archaeal and eukaryotic RNA polymerases revealed by cryo-EM.
著者: George N R Fordjour / Leon Palao / Kenji Murakami / Jean-Paul Armache / Katsuhiko S Murakami /
要旨: All cellular RNA polymerases (RNAPs) across Bacteria, Archaea, and Eukarya share a conserved catalytic core, yet bacterial and archaeal-eukaryotic RNAPs diverged after separation from the last ...All cellular RNA polymerases (RNAPs) across Bacteria, Archaea, and Eukarya share a conserved catalytic core, yet bacterial and archaeal-eukaryotic RNAPs diverged after separation from the last universal common ancestor. This evolutionary split produced distinct subunit compositions and fundamentally different requirements for external factors during transcription initiation. Bacterial RNAP relies on a σ factor, whereas archaeal-eukaryotic RNAPs require a more extensive set of general transcription factors (GTFs) to bind promoter DNA, unwind the duplex, and position the template strand within the active site cleft. Notably, despite the close structural similarity between archaeal and eukaryotic RNAPs, the requirement for GTFs became further specialized after the emergence of Eukarya. This divergence raises the question of whether differences in intrinsic conformational flexibility and dynamics of these RNAPs contribute to distinct promoter-loading pathways. In this study, we addressed this question using cryo-electron microscopy (cryo-EM) to examine archaeal RNAPs from Euryarchaeota and Crenarchaeota alongside yeast RNAP II. Archaeal RNAP displays a highly dynamic DNA binding clamp domain that samples a broad spectrum of open and closed states, whereas RNAP II predominantly adopts a closed clamp state. Both archaeal and eukaryotic RNAPs can be found in stalk-bound and stalk-less forms. Comparative structural analyses further reveal a unique conformational transition in crenarchaeal RNAP associated with clamp opening. Together, these findings define the intrinsic clamp-conformational landscapes across the archaeal-eukaryotic lineage and suggest that evolutionary tuning of clamp flexibility and dynamics contributes to distinct GTF-dependent promoter-loading mechanisms.
履歴
登録2025年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年8月12日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_modification_feature ...em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.12026年8月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22026年8月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年8月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32026年9月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.32026年9月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N
B: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2
C: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C
E: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7
G: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8
H: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5
K: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6
L: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
N: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13
D: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3
P: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12
F: DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,11119
ポリマ－404,43213
非ポリマー6796
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 13種, 13分子 ABCEGHKLNYDPF

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit A / DNA-directed RNA polymerase subunit A' / Rpo1'


分子量: 99929.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11512, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit B


分子量: 126647.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11513, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit A'' / DNA-directed RNA polymerase subunit C / Rpo1''


分子量: 44507.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11514, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit E


分子量: 20496.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39466, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase / subunit G


分子量: 14463.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAY4, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit H


分子量: 9477.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P11521, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit K


分子量: 10251.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39463, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit L


分子量: 10061.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P46217, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit N


分子量: 7673.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39472, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit F


分子量: 12331.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAJ6, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit D


分子量: 29858.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P39471, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit P


分子量: 5662.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAE8, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit F


分子量: 13070.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JB12, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 6分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA polymerase / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81025 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 118.68 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004627737
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.654937455
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04854268
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00514801
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7423782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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