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- PDB-9zcw: Cryo-EM structure of the engineered vector AAV2.ATX002 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zcw
タイトルCryo-EM structure of the engineered vector AAV2.ATX002
要素Engineered AAV2 capsid protein VP3
キーワードVIRUS / Adeno-Associated Virus / AAV / Engineered AAV / AAV2
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Betegon, M. / Byrne, L.C. / Conway, J.F.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)UH3MH120094 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)UF1MH130881 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)P30 EY08098 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD019995 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD025009 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural dynamics insights into principles underlying the increased fitness of newly engineered and broadly potent AAV capsids
著者: Johnson, M.E. / Ozturk, B.E. / Tugwell, T.H. / Lambros, M. / Janowitz, H. / Sedorovitz, M. / Flohr, K. / Campello, L. / Hartung, J.E. / Hogle, B. / Gillespie, M. / Schriever, H. / Aweidah, H. ...著者: Johnson, M.E. / Ozturk, B.E. / Tugwell, T.H. / Lambros, M. / Janowitz, H. / Sedorovitz, M. / Flohr, K. / Campello, L. / Hartung, J.E. / Hogle, B. / Gillespie, M. / Schriever, H. / Aweidah, H. / Koester, J. / Clausen, I. / Seeber, S. / Revelant, F. / Schreurs, R. / Koechl, F. / Sieving, P.A. / Sahel, J.A. / Stauffer, W.R. / Peixoto, R.T. / Fauser, S. / Lin, R. / Conway, J. / Da Silva, S. / Krol, J. / Betegon, M. / Byrne, L.C.
履歴
登録2025年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Engineered AAV2 capsid protein VP3
2: Engineered AAV2 capsid protein VP3
3: Engineered AAV2 capsid protein VP3
4: Engineered AAV2 capsid protein VP3
5: Engineered AAV2 capsid protein VP3
6: Engineered AAV2 capsid protein VP3
7: Engineered AAV2 capsid protein VP3
8: Engineered AAV2 capsid protein VP3
A: Engineered AAV2 capsid protein VP3
B: Engineered AAV2 capsid protein VP3
C: Engineered AAV2 capsid protein VP3
D: Engineered AAV2 capsid protein VP3
E: Engineered AAV2 capsid protein VP3
F: Engineered AAV2 capsid protein VP3
G: Engineered AAV2 capsid protein VP3
H: Engineered AAV2 capsid protein VP3
I: Engineered AAV2 capsid protein VP3
J: Engineered AAV2 capsid protein VP3
K: Engineered AAV2 capsid protein VP3
L: Engineered AAV2 capsid protein VP3
M: Engineered AAV2 capsid protein VP3
N: Engineered AAV2 capsid protein VP3
O: Engineered AAV2 capsid protein VP3
P: Engineered AAV2 capsid protein VP3
Q: Engineered AAV2 capsid protein VP3
R: Engineered AAV2 capsid protein VP3
S: Engineered AAV2 capsid protein VP3
T: Engineered AAV2 capsid protein VP3
U: Engineered AAV2 capsid protein VP3
V: Engineered AAV2 capsid protein VP3
W: Engineered AAV2 capsid protein VP3
X: Engineered AAV2 capsid protein VP3
Y: Engineered AAV2 capsid protein VP3
Z: Engineered AAV2 capsid protein VP3
a: Engineered AAV2 capsid protein VP3
b: Engineered AAV2 capsid protein VP3
c: Engineered AAV2 capsid protein VP3
d: Engineered AAV2 capsid protein VP3
e: Engineered AAV2 capsid protein VP3
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h: Engineered AAV2 capsid protein VP3
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j: Engineered AAV2 capsid protein VP3
k: Engineered AAV2 capsid protein VP3
l: Engineered AAV2 capsid protein VP3
m: Engineered AAV2 capsid protein VP3
n: Engineered AAV2 capsid protein VP3
o: Engineered AAV2 capsid protein VP3
p: Engineered AAV2 capsid protein VP3
q: Engineered AAV2 capsid protein VP3
r: Engineered AAV2 capsid protein VP3
s: Engineered AAV2 capsid protein VP3
t: Engineered AAV2 capsid protein VP3
u: Engineered AAV2 capsid protein VP3
v: Engineered AAV2 capsid protein VP3
w: Engineered AAV2 capsid protein VP3
x: Engineered AAV2 capsid protein VP3
y: Engineered AAV2 capsid protein VP3
z: Engineered AAV2 capsid protein VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,668,41260
ポリマ－3,668,41260
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Engineered AAV2 capsid protein VP3


分子量: 61140.199 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered AAV2 capsid VP3 protein with a 9AA insertion.
由来: (組換発現) adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: VP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03135
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: adeno-associated virus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: 293AAV
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DPBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.43 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10377
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリFitting-ID
1Topaz0.3粒子像選択
2EPU3.7.1画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
10UCSF ChimeraX1.10.1モデルフィッティング1
11PHENIX1.21モデル精密化1
14RELION5初期オイラー角割当
15RELION5最終オイラー角割当
16RELION5分類
17RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 160533
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14969 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Ewald sphere correction applied in RELION 5.0 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間Target criteria詳細
1FLEXIBLE FITREALCross-correlation
2AB INITIO MODELAb initio model created with ModelAngelo
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ詳細
16U0R

6u0r

16U0R1PDBexperimental model
22OtherotherModelAngelo
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 37.63 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0051260400
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.595355080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043637020
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004247160
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.898834729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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